ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Nothopuga sp. 1 LP-2008 mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009984	TTC	5	575	590	16	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	160688389
2	NC_009984	AGG	4	666	677	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	160688389
3	NC_009984	TTTAT	3	1399	1414	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	160688389
4	NC_009984	TAA	4	1530	1542	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	160688389
5	NC_009984	AATT	3	1755	1767	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	160688390
6	NC_009984	CAA	4	1823	1834	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	160688390
7	NC_009984	AATA	3	2490	2501	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	160688392
8	NC_009984	CAT	4	2548	2558	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	160688393
9	NC_009984	TCA	4	3434	3444	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	160688391
10	NC_009984	ACAA	3	4104	4114	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	160688395
11	NC_009984	AT	6	4371	4382	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	160688395
12	NC_009984	GTCT	3	4803	4813	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	160688396
13	NC_009984	TAAA	3	4848	4859	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	160688396
14	NC_009984	AATA	4	5309	5324	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	160688396
15	NC_009984	AAC	4	5887	5899	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	160688396
16	NC_009984	TAT	4	6042	6053	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	160688396
17	NC_009984	CAA	4	6220	6230	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	160688396
18	NC_009984	CAAA	3	6416	6426	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	160688396
19	NC_009984	ATA	4	7325	7335	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	160688397
20	NC_009984	AT	6	7409	7419	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	160688397
21	NC_009984	TAT	4	7618	7629	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	160688397
22	NC_009984	ATA	4	7938	7948	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	160688398
23	NC_009984	CAAAAA	3	7981	7999	19	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	160688398
24	NC_009984	TA	6	8398	8409	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	160688399
25	NC_009984	AAAT	3	8429	8439	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	160688399
26	NC_009984	ATA	5	8473	8486	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	160688399
27	NC_009984	TAAA	3	10225	10235	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	160688400
28	NC_009984	AAAC	3	11184	11194	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
29	NC_009984	AAAT	3	11233	11244	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_009984	TAA	4	11565	11575	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_009984	ATA	4	11938	11948	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_009984	CCTT	3	12655	12666	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
33	NC_009984	ATTAA	3	12686	12699	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_009984	ACAA	3	12807	12818	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009984	TA	8	13338	13353	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_009984	TCTT	4	13427	13442	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
37	NC_009984	AAAT	3	13578	13588	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_009984	TTC	4	13904	13915	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	160688401
39	NC_009984	TAA	4	14068	14079	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	160688401
40	NC_009984	ATT	4	14202	14212	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	160688401
41	NC_009984	CAT	4	14450	14461	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	160688401
42	NC_009984	CAA	4	14513	14525	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	160688401
43	NC_009984	TAT	4	14526	14538	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	160688401
44	NC_009984	CCAT	3	14696	14707	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	160688401
45	NC_009984	TTATAA	4	14848	14871	24	50 %	50 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Nothopuga sp. 1 LP-2008 mitochondrion