ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Ceratophyllum demersum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009962	AAGT	3	967	977	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	159161140
2	NC_009962	CTA	4	2574	2585	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	159161141
3	NC_009962	GAAA	3	3131	3141	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	159161141
4	NC_009962	TTCCA	3	3954	3967	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
5	NC_009962	AT	6	4104	4115	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_009962	T	17	4355	4371	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
7	NC_009962	CTAT	4	4669	4684	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
8	NC_009962	TGTT	3	4784	4796	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_009962	CCCT	3	4998	5008	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
10	NC_009962	TCTCT	3	5198	5211	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	159161142
11	NC_009962	TGTAT	3	5351	5364	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	159161142
12	NC_009962	TTTCGA	3	5868	5885	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	159161142
13	NC_009962	TA	6	6593	6603	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_009962	ATCT	4	6772	6787	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
15	NC_009962	A	15	6970	6984	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_009962	ATTCT	3	7308	7321	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
17	NC_009962	A	17	7702	7718	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
18	NC_009962	T	14	7974	7987	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009962	T	14	8344	8357	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_009962	GA	6	8383	8394	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_009962	AT	10	8564	8583	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
22	NC_009962	AT	6	8595	8606	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_009962	GTTA	3	8826	8837	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_009962	GGAAT	3	8886	8900	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_009962	AT	7	8941	8955	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_009962	A	17	9092	9108	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
27	NC_009962	TA	7	9159	9172	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_009962	ATCT	3	9934	9945	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
29	NC_009962	A	17	11996	12012	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
30	NC_009962	T	14	12703	12716	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	159161146
31	NC_009962	AAAG	3	13131	13142	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159161146
32	NC_009962	CT	7	13341	13353	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
33	NC_009962	A	16	14100	14115	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_009962	ATTC	3	14342	14352	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
35	NC_009962	AT	7	14476	14488	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_009962	CTCTT	3	14687	14700	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
37	NC_009962	TAT	4	14710	14720	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_009962	TTA	4	14770	14782	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_009962	TGT	4	16924	16934	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	159161150
40	NC_009962	TCAA	3	17017	17028	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	159161150
41	NC_009962	AT	6	17707	17718	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	159161150
42	NC_009962	T	13	18796	18808	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	159161150
43	NC_009962	GTTCTT	3	19168	19185	18	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	159161150
44	NC_009962	TA	6	21175	21185	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	159161151
45	NC_009962	TCT	4	22410	22420	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	159161151
46	NC_009962	TTCT	3	22891	22901	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	159161151
47	NC_009962	TATT	4	22926	22941	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	159161151
48	NC_009962	GAAT	3	22998	23008	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	159161151
49	NC_009962	GTT	4	23892	23903	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	159161151
50	NC_009962	CAAGA	3	26535	26548	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	159161152
51	NC_009962	T	12	27175	27186	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009962	TACA	3	27874	27885	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_009962	GT	6	28120	28130	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_009962	AAAT	3	28590	28601	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_009962	T	15	29052	29066	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009962	ATG	4	29204	29216	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_009962	T	12	29659	29670	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_009962	TA	6	29681	29691	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_009962	TTAG	3	30675	30685	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_009962	ATC	6	32007	32025	19	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
61	NC_009962	TA	7	32037	32049	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_009962	AT	7	32106	32119	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_009962	AT	11	32163	32184	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_009962	T	19	32362	32380	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
65	NC_009962	GGAA	3	33525	33535	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_009962	ACAA	3	33562	33572	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_009962	ATA	4	33645	33656	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_009962	GTTA	3	33915	33925	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_009962	GAAA	3	35596	35607	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159161156
70	NC_009962	AG	6	36758	36768	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_009962	AT	11	37632	37651	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
72	NC_009962	A	15	37914	37928	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_009962	TC	6	38450	38461	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	159161158
74	NC_009962	GAAT	3	39641	39651	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	159161159
75	NC_009962	ATTG	3	39843	39853	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	159161159
76	NC_009962	AATG	3	41489	41500	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	159161160
77	NC_009962	GCA	4	41894	41905	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	159161160
78	NC_009962	TTCCT	3	43197	43210	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
79	NC_009962	A	14	43362	43375	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_009962	GTTC	3	44573	44584	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	159161161
81	NC_009962	A	13	45820	45832	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_009962	ATCAA	3	46655	46669	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009962	ATT	4	46730	46740	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_009962	G	19	46873	46891	19	0 %	0 %	100 %	0 %	5 %	Non-Coding
85	NC_009962	AGT	4	47289	47300	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	159161162
86	NC_009962	GAGAAA	3	47843	47861	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	Non-Coding
87	NC_009962	ATG	4	48214	48224	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_009962	TTTC	3	48708	48719	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
89	NC_009962	ATTG	3	48868	48878	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_009962	A	15	49675	49689	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
91	NC_009962	TA	8	49812	49826	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_009962	AT	7	49868	49880	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_009962	TA	6	50243	50253	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_009962	T	13	50941	50953	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_009962	GTTT	4	52246	52262	17	0 %	75 %	25 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_009962	ACTT	3	52369	52380	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
97	NC_009962	GATT	3	52502	52514	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_009962	A	12	52604	52615	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_009962	A	15	52641	52655	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_009962	T	13	52681	52693	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_009962	ATT	4	53480	53491	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_009962	TA	7	54464	54479	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_009962	ATA	4	56525	56535	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	159161167
104	NC_009962	T	14	56719	56732	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_009962	T	13	61708	61720	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009962	AT	6	61907	61920	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_009962	ATCC	3	62510	62522	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	159161171
108	NC_009962	A	16	62692	62707	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	159161171
109	NC_009962	GAA	4	62705	62717	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_009962	T	14	62919	62932	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009962	AT	8	63109	63124	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
112	NC_009962	TA	11	63451	63472	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_009962	CAAAAT	3	63922	63940	19	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	159161172
114	NC_009962	AATG	3	64312	64323	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	159161172
115	NC_009962	G	13	65766	65778	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_009962	T	27	66061	66087	27	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
117	NC_009962	TAT	4	66440	66451	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009962	T	12	67989	68000	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009962	T	18	68584	68601	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
120	NC_009962	AAGTT	3	68671	68684	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_009962	ATA	4	69144	69155	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_009962	T	14	69238	69251	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009962	T	16	69856	69871	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
124	NC_009962	T	17	69924	69940	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
125	NC_009962	A	14	70291	70304	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
126	NC_009962	A	13	70789	70801	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
127	NC_009962	AATC	3	71647	71658	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
128	NC_009962	T	12	72294	72305	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	159161184
129	NC_009962	TTC	4	72491	72502	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	159161184
130	NC_009962	A	12	72631	72642	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	159161184
131	NC_009962	TTTA	3	72830	72841	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	159161184
132	NC_009962	TTA	4	73129	73140	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	159161184
133	NC_009962	TTTC	3	73175	73185	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	159161184
134	NC_009962	T	17	73615	73631	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	159161184
135	NC_009962	A	17	73705	73721	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	159161184
136	NC_009962	T	13	76437	76449	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	159161184
137	NC_009962	CATTC	3	77546	77559	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	159161184
138	NC_009962	GATT	3	79901	79911	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	159161184
139	NC_009962	A	15	80197	80211	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	159161184
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222	NC_009962	AGTA	3	154371	154381	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
223	NC_009962	ATC	4	155690	155700	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	159161224

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Ceratophyllum demersum chloroplast