ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Leptosira terrestris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009681	CCGA	3	1012	1024	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
2	NC_009681	TGGT	3	1050	1061	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_009681	AAG	4	2186	2197	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_009681	ATA	4	3324	3335	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_009681	AT	6	3369	3379	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_009681	AGAT	3	3383	3395	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_009681	TA	6	3756	3767	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_009681	AAAT	3	3777	3787	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_009681	TAT	4	3977	3988	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_009681	ACA	4	5568	5579	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	153805559
11	NC_009681	AT	8	6318	6335	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
12	NC_009681	TA	7	6511	6523	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_009681	TA	6	6532	6543	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_009681	AT	6	6545	6556	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_009681	CTAT	3	6660	6671	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	153805635
16	NC_009681	ATAA	4	7839	7853	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_009681	TAAT	4	8254	8269	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_009681	TAA	4	8497	8508	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_009681	AT	6	8558	8570	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_009681	TATG	3	8880	8891	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_009681	AT	8	8981	8995	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_009681	CTA	4	9012	9023	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
23	NC_009681	ATTA	3	9169	9180	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009681	AATA	3	9541	9552	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009681	AT	7	9637	9649	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_009681	AT	7	10934	10949	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_009681	AATA	3	11076	11087	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_009681	TA	6	11173	11183	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_009681	AT	8	11211	11225	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_009681	TA	6	11534	11544	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_009681	TA	23	12511	12554	44	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_009681	AT	7	12610	12624	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_009681	ATA	4	12626	12638	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_009681	TTTA	3	12784	12795	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_009681	AT	7	13045	13058	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_009681	AT	7	13087	13100	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_009681	ATA	4	13340	13352	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_009681	TA	8	14218	14233	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_009681	TTAA	4	14503	14517	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
40	NC_009681	TTATT	3	14748	14761	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	153805563
41	NC_009681	ATT	4	15120	15131	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	153805563
42	NC_009681	AAAT	3	15165	15176	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	153805563
43	NC_009681	TA	6	15864	15875	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_009681	AT	7	16680	16693	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_009681	TA	6	17079	17090	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_009681	AT	8	17513	17527	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
47	NC_009681	AT	6	18070	18080	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_009681	TA	6	18234	18244	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_009681	TAA	4	18354	18365	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_009681	AAAT	3	18449	18460	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_009681	AT	11	18870	18893	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_009681	AT	6	18895	18908	14	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009681	AAAT	3	19178	19189	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_009681	CTT	4	19947	19958	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153805564
55	NC_009681	AATT	3	20328	20338	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_009681	ATTT	3	20360	20370	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_009681	TAT	4	20488	20498	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_009681	TA	9	20595	20611	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
59	NC_009681	TA	6	20693	20704	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_009681	AT	8	20722	20736	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_009681	AT	18	21901	21933	33	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_009681	GAA	4	22681	22692	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	153805565
63	NC_009681	GCA	4	22833	22844	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	153805565
64	NC_009681	GTTT	3	23306	23316	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	153805565
65	NC_009681	AT	6	24223	24234	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_009681	TA	6	24279	24289	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_009681	ATAA	3	24527	24538	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009681	TTA	4	24891	24902	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	153805566
69	NC_009681	AATA	3	25447	25458	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_009681	AT	6	25494	25505	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_009681	AATTT	3	25907	25921	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_009681	TAAA	4	26304	26320	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
73	NC_009681	AT	6	26734	26744	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_009681	TA	6	26801	26811	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_009681	AT	6	26888	26898	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_009681	AT	7	26907	26919	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_009681	TA	7	26959	26971	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_009681	TAT	4	27865	27877	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_009681	AT	6	27914	27924	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_009681	AT	6	27962	27975	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_009681	AT	7	27977	27989	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_009681	AAAT	3	28281	28293	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_009681	AT	7	28413	28426	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_009681	AAAT	4	28701	28715	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
85	NC_009681	CCTG	3	28957	28968	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
86	NC_009681	A	13	29097	29109	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009681	AT	6	29332	29342	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_009681	TTG	4	29494	29504	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_009681	TAAC	3	30820	30830	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	260780629
90	NC_009681	AAAT	3	31134	31145	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_009681	TAAA	3	31415	31425	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_009681	AT	6	31442	31453	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_009681	AT	6	31557	31568	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_009681	AT	6	31717	31728	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_009681	TA	10	31770	31790	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_009681	A	14	31907	31920	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009681	AC	6	33294	33304	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
98	NC_009681	TA	6	33417	33429	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_009681	TAGA	3	33602	33613	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_009681	AAC	4	34069	34080	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	153805572
101	NC_009681	TA	6	34866	34876	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_009681	AT	7	35085	35098	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_009681	TTCATA	3	35264	35282	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
104	NC_009681	AAT	4	35493	35504	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_009681	TTTTTA	3	35537	35554	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
106	NC_009681	CT	6	35555	35566	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
107	NC_009681	AT	8	35565	35581	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
108	NC_009681	AT	11	35589	35611	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_009681	AAATT	3	35911	35924	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_009681	TGA	4	36997	37008	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	153805573
111	NC_009681	TA	6	37516	37527	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_009681	AATA	3	38336	38346	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	153805574
113	NC_009681	TTTA	3	38479	38489	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	153805574
114	NC_009681	TA	6	38594	38604	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_009681	GTTT	3	38663	38674	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009681	AATA	3	39261	39271	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_009681	TAAA	4	39278	39292	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
118	NC_009681	AT	6	40431	40442	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_009681	ATA	4	40627	40637	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_009681	TA	6	40773	40783	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_009681	AT	6	41001	41011	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_009681	TTAA	3	41040	41052	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_009681	TAAT	3	41057	41069	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_009681	CAA	4	41799	41810	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	153805576
125	NC_009681	TCAA	3	45048	45059	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	153805576
126	NC_009681	ATAA	3	47218	47229	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	153805576
127	NC_009681	AC	6	47913	47923	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	153805576
128	NC_009681	TA	6	48478	48488	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	153805576
129	NC_009681	AT	8	49954	49969	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
130	NC_009681	TA	6	50028	50038	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
131	NC_009681	TA	7	50254	50266	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
132	NC_009681	AAAT	3	50637	50647	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_009681	T	12	50903	50914	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_009681	TAA	4	51055	51066	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
135	NC_009681	AT	6	51445	51456	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_009681	AT	6	51985	51996	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
137	NC_009681	AT	9	52198	52214	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
138	NC_009681	AT	8	52224	52240	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
139	NC_009681	TTTA	4	52409	52424	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
140	NC_009681	TA	6	52584	52594	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_009681	AATT	3	52749	52760	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
142	NC_009681	ATTA	3	52800	52811	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009681	AT	9	52866	52883	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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153	NC_009681	TAT	4	57843	57855	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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421	NC_009681	TA	6	145881	145891	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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451	NC_009681	AATC	3	158428	158438	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	153805627
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526	NC_009681	AT	6	194773	194784	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
527	NC_009681	TA	7	194873	194885	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Leptosira terrestris chloroplast