ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Leptosira terrestris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009681	CCGA	3	1012	1024	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
2	NC_009681	TGGT	3	1050	1061	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_009681	AGAT	3	3383	3395	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_009681	AAAT	3	3777	3787	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_009681	CTAT	3	6660	6671	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	153805635
6	NC_009681	ATAA	4	7839	7853	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_009681	TAAT	4	8254	8269	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_009681	TATG	3	8880	8891	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_009681	ATTA	3	9169	9180	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009681	AATA	3	9541	9552	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009681	AATA	3	11076	11087	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_009681	TTTA	3	12784	12795	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_009681	TTAA	4	14503	14517	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_009681	AAAT	3	15165	15176	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	153805563
15	NC_009681	AAAT	3	18449	18460	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_009681	AAAT	3	19178	19189	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_009681	AATT	3	20328	20338	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_009681	ATTT	3	20360	20370	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_009681	GTTT	3	23306	23316	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	153805565
20	NC_009681	ATAA	3	24527	24538	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009681	AATA	3	25447	25458	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_009681	TAAA	4	26304	26320	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
23	NC_009681	AAAT	3	28281	28293	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_009681	AAAT	4	28701	28715	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_009681	CCTG	3	28957	28968	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
26	NC_009681	TAAC	3	30820	30830	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	260780629
27	NC_009681	AAAT	3	31134	31145	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_009681	TAAA	3	31415	31425	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_009681	TAGA	3	33602	33613	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_009681	AATA	3	38336	38346	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	153805574
31	NC_009681	TTTA	3	38479	38489	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	153805574
32	NC_009681	GTTT	3	38663	38674	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009681	AATA	3	39261	39271	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_009681	TAAA	4	39278	39292	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_009681	TTAA	3	41040	41052	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_009681	TAAT	3	41057	41069	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_009681	TCAA	3	45048	45059	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	153805576
38	NC_009681	ATAA	3	47218	47229	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	153805576
39	NC_009681	AAAT	3	50637	50647	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_009681	TTTA	4	52409	52424	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
41	NC_009681	AATT	3	52749	52760	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_009681	ATTA	3	52800	52811	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009681	TAAT	3	55763	55774	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	153805578
44	NC_009681	AAAT	3	56599	56609	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	153805578
45	NC_009681	TAAA	3	56879	56890	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	153805578
46	NC_009681	TTCT	3	59141	59152	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
47	NC_009681	TAAA	3	65104	65115	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_009681	CAAT	3	67410	67420	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	153805581
49	NC_009681	AAAT	4	67601	67617	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	153805581
50	NC_009681	ATTT	3	67997	68007	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	153805581
51	NC_009681	GACT	3	68460	68471	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	153805581
52	NC_009681	ATGT	3	68663	68673	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_009681	AAAT	3	69447	69457	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_009681	TTAA	3	70713	70724	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_009681	AAGA	3	72697	72708	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_009681	TAAT	4	73319	73334	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_009681	TATT	3	75551	75562	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009681	ATTT	3	77948	77958	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_009681	TTAA	3	78495	78506	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	153805588
60	NC_009681	GACA	3	80391	80402	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_009681	AATT	3	83375	83385	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_009681	ATTT	3	83490	83501	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_009681	ATTT	3	83836	83847	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_009681	AAAT	3	84245	84255	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_009681	TAAA	3	84443	84453	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_009681	AAAT	3	84650	84661	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_009681	AAAT	3	85961	85972	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009681	ATTT	3	86010	86020	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_009681	GCAA	3	86849	86860	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009681	TAGA	3	86868	86879	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_009681	TTAT	3	88001	88011	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_009681	TCTA	3	89241	89252	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
73	NC_009681	TTGC	3	89260	89271	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009681	TTAA	3	89508	89518	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_009681	GTAT	3	90040	90051	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_009681	ACTA	3	90161	90171	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
77	NC_009681	TTAG	3	91903	91913	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_009681	GCAA	3	94688	94699	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009681	TAGA	3	94707	94718	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_009681	ATAA	3	95355	95365	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_009681	TTTA	3	95513	95524	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_009681	TTGA	3	95562	95572	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_009681	GTAA	3	96809	96821	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_009681	TTTC	3	100468	100478	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
85	NC_009681	ATAG	3	100677	100689	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_009681	TTAG	3	101742	101752	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_009681	AAAT	3	102422	102432	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_009681	TGTA	5	105428	105448	21	25 %	50 %	25 %	0 %	4 %	Non-Coding
89	NC_009681	TAAA	3	106497	106508	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_009681	GTAT	3	106618	106629	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_009681	CATA	3	106692	106702	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
92	NC_009681	TATC	3	106805	106816	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
93	NC_009681	CTAT	3	107577	107587	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
94	NC_009681	ATTT	3	109781	109792	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_009681	TTTA	6	112495	112519	25	25 %	75 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
96	NC_009681	ACTA	3	113444	113455	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
97	NC_009681	TTTA	4	114248	114262	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_009681	TAAT	3	114933	114944	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009681	AAGA	3	117661	117671	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	153805604
100	NC_009681	TAAC	3	119765	119777	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
101	NC_009681	TTAG	3	119911	119921	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_009681	TTAT	3	120125	120136	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009681	TAAA	3	120450	120460	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_009681	TTTA	3	122376	122388	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_009681	TATT	3	124975	124986	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	153805609
106	NC_009681	TTTA	3	128567	128577	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	153805610
107	NC_009681	AAAT	3	130970	130980	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_009681	AAGA	3	133580	133590	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_009681	AATT	3	137378	137389	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_009681	TAAA	3	138252	138263	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	153805644
111	NC_009681	TTTA	3	146352	146363	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_009681	AACC	3	147909	147920	12	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009681	TTAA	3	149064	149075	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_009681	TAAA	4	149131	149146	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
115	NC_009681	AAAC	3	150411	150421	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	153805619
116	NC_009681	AAAG	3	150561	150572	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	153805619
117	NC_009681	ATTT	3	156764	156775	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_009681	TTTA	3	156823	156833	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	153805626
119	NC_009681	TATT	3	157570	157582	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_009681	AATC	3	158428	158438	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	153805627
121	NC_009681	AATT	3	159220	159231	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	153805627
122	NC_009681	TAAA	4	160664	160679	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_009681	TATT	4	160818	160833	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
124	NC_009681	TAAC	3	161747	161757	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
125	NC_009681	TAAA	3	161999	162009	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_009681	TTAA	3	166331	166342	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_009681	ACAA	3	167472	167482	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	153805631
128	NC_009681	AAAT	3	167697	167707	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	153805631
129	NC_009681	AAAT	3	168305	168316	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	153805631
130	NC_009681	AATT	3	168400	168412	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	153805631
131	NC_009681	CAAA	3	169723	169735	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	153805631
132	NC_009681	TAAA	3	169790	169801	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	153805631
133	NC_009681	TAAA	3	169906	169917	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_009681	CAAA	3	170513	170524	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
135	NC_009681	AAAT	3	170714	170725	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_009681	AAAT	3	170738	170749	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
137	NC_009681	GCAA	3	174698	174709	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	153805633
138	NC_009681	CAAA	3	175518	175528	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	153805633
139	NC_009681	CAAA	3	175921	175932	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	153805633
140	NC_009681	TGGT	3	176177	176188	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	153805633
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Leptosira terrestris chloroplast