ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Chlorokybus atmophyticus mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009630	TGCA	4	4402	4417	16	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009630	CTTT	3	4838	4849	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	15040649
3	NC_009630	GCAT	3	5521	5532	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009630	TAAA	3	11436	11446	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_009630	AAAT	3	11504	11514	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_009630	TGCA	7	12860	12885	26	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
7	NC_009630	GCAT	3	14536	14551	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
8	NC_009630	TGCA	3	15158	15169	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009630	GATA	3	16069	16079	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_009630	TAGA	3	16189	16199	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_009630	ATAA	3	16322	16333	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_009630	AGAT	3	17927	17937	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	15040649
13	NC_009630	CATG	5	25277	25296	20	25 %	25 %	25 %	25 %	5 %	Non-Coding
14	NC_009630	TTCC	7	25569	25596	28	0 %	50 %	0 %	50 %	10 %	Non-Coding
15	NC_009630	AAAG	3	26467	26478	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	15040649
16	NC_009630	ATTT	3	28738	28750	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	15040645
17	NC_009630	AATT	3	28897	28908	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15040645
18	NC_009630	TAAG	3	31378	31388	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_009630	TGCA	9	32848	32882	35	25 %	25 %	25 %	25 %	5 %	Non-Coding
20	NC_009630	TTTA	3	34261	34272	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15040650
21	NC_009630	ATTT	3	35593	35605	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_009630	CGCT	3	39143	39153	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
23	NC_009630	TAAA	3	40181	40192	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_009630	ATGC	3	41431	41441	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
25	NC_009630	TAGA	3	43007	43018	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_009630	TGCA	8	45816	45846	31	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
27	NC_009630	TAAT	4	50291	50309	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
28	NC_009630	GCAT	13	56111	56163	53	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
29	NC_009630	CTTC	3	56433	56444	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
30	NC_009630	AAGA	3	57446	57456	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	15040648
31	NC_009630	TGCA	8	58304	58333	30	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
32	NC_009630	ATTA	3	60849	60860	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_009630	ATTT	3	61736	61747	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009630	ATAG	3	63000	63011	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_009630	AGTT	3	68260	68271	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	15040650
36	NC_009630	GGAA	3	69067	69078	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	15040648
37	NC_009630	TGCA	6	70324	70347	24	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
38	NC_009630	AATT	5	70695	70713	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
39	NC_009630	AGAA	3	71546	71556	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	15040646
40	NC_009630	CATC	3	74475	74485	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
41	NC_009630	ATGC	8	74918	74948	31	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
42	NC_009630	TTTA	3	75647	75658	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15040651
43	NC_009630	TGCA	3	75878	75889	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	15040651
44	NC_009630	TTCT	3	76547	76559	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	15040646
45	NC_009630	ACCT	3	76858	76869	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	15040646
46	NC_009630	TGCA	4	79990	80004	15	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
47	NC_009630	TGCA	4	80138	80153	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
48	NC_009630	TATT	3	87063	87074	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_009630	TGCA	6	88532	88554	23	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_009630	TCAA	3	91291	91301	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_009630	ATCT	3	91815	91825	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_009630	CAAA	3	95680	95690	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	15040646
53	NC_009630	ATCT	3	97352	97364	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
54	NC_009630	ATTT	3	102536	102547	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15040645
55	NC_009630	GCAT	3	107333	107344	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_009630	ATTT	3	107864	107874	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	15040646
57	NC_009630	GATT	3	107979	107989	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	15040646
58	NC_009630	TGCA	16	111983	112045	63	25 %	25 %	25 %	25 %	1 %	Non-Coding
59	NC_009630	TATG	3	112899	112910	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	15040646
60	NC_009630	ATGC	4	116129	116144	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	15040646
61	NC_009630	CCTG	3	118147	118157	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
62	NC_009630	AAAC	3	118644	118654	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_009630	AACT	3	118702	118712	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_009630	CAAA	3	120607	120617	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	15040648
65	NC_009630	AAAG	3	128281	128292	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_009630	AAAG	3	128743	128753	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	15040647
67	NC_009630	ACCT	3	131113	131124	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
68	NC_009630	AATA	3	131511	131522	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_009630	TCTA	3	131982	131993	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
70	NC_009630	TGCA	3	134104	134115	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009630	CATG	3	138417	138432	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
72	NC_009630	ATCT	3	139067	139079	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	15040647
73	NC_009630	TAAT	3	140334	140345	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_009630	TGCA	4	141207	141221	15	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
75	NC_009630	TTAG	3	143235	143246	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_009630	TGCA	3	144646	144657	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
77	NC_009630	TTTC	3	144929	144939	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
78	NC_009630	TTTC	3	150410	150421	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	15040646
79	NC_009630	ATGC	9	153130	153165	36	25 %	25 %	25 %	25 %	5 %	Non-Coding
80	NC_009630	ACCT	3	154577	154588	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
81	NC_009630	ATTT	3	158381	158391	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_009630	ATGC	4	158586	158601	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
83	NC_009630	TTAC	3	166384	166394	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
84	NC_009630	AAAC	3	166430	166441	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
85	NC_009630	TTAT	3	167113	167124	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15040647
86	NC_009630	GCAT	4	170145	170160	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
87	NC_009630	AAAC	3	170473	170483	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_009630	TGCA	5	172394	172414	21	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
89	NC_009630	TACA	3	174922	174932	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
90	NC_009630	AGCC	3	175503	175514	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
91	NC_009630	TGCA	3	175663	175674	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009630	TGCA	5	177987	178006	20	25 %	25 %	25 %	25 %	5 %	Non-Coding
93	NC_009630	GCAT	3	178297	178312	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
94	NC_009630	TGCA	3	178505	178516	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
95	NC_009630	CGAT	3	180884	180895	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
96	NC_009630	TGCA	3	182689	182700	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009630	ATGC	12	182925	182971	47	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
98	NC_009630	AAAT	3	183063	183074	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_009630	AAAT	3	183457	183469	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_009630	ATAC	3	184601	184612	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
101	NC_009630	ATTT	4	184748	184763	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_009630	GCTT	3	187078	187088	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
103	NC_009630	TGCA	3	188530	188541	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009630	CATC	3	191460	191471	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009630	TCGG	3	195134	195145	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	15040646
106	NC_009630	TAAA	3	200416	200426	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	15040646
107	NC_009630	GCAT	6	201287	201310	24	25 %	25 %	25 %	25 %	4 %	Non-Coding
108	NC_009630	TTTA	3	201508	201518	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Chlorokybus atmophyticus mitochondrion