ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cycas taitungensis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009618	CAG	4	594	605	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	150251436
2	NC_009618	A	16	1730	1745	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_009618	CATT	4	2978	2993	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	150251437
4	NC_009618	GA	6	3458	3469	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_009618	ATCT	3	3483	3493	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
6	NC_009618	C	12	5105	5116	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	150251438
7	NC_009618	TCTA	4	5206	5221	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	150251438
8	NC_009618	A	23	5267	5289	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	150251438
9	NC_009618	T	15	5376	5390	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	150251438
10	NC_009618	TTTCC	3	5809	5823	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	150251438
11	NC_009618	T	16	5828	5843	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	150251438
12	NC_009618	CTA	4	7529	7539	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	150251439
13	NC_009618	A	36	8160	8195	36	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
14	NC_009618	GA	6	9513	9524	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_009618	T	22	10000	10021	22	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
16	NC_009618	TTTTA	3	10088	10101	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_009618	TTC	4	11259	11270	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
18	NC_009618	A	19	11592	11610	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
19	NC_009618	TTA	4	11917	11929	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	150251443
20	NC_009618	CCTG	3	12799	12810	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	150251443
21	NC_009618	T	14	14093	14106	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	150251444
22	NC_009618	T	23	15364	15386	23	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	150251446
23	NC_009618	TA	8	15549	15564	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_009618	AT	8	15687	15701	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_009618	TTCA	3	16840	16851	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	150251448
26	NC_009618	ATTT	3	17258	17268	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	150251448
27	NC_009618	C	14	17560	17573	14	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009618	GAAA	3	17586	17597	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_009618	TCAA	3	17994	18005	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	150251449
30	NC_009618	TAGAA	3	20211	20224	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	150251449
31	NC_009618	TTC	4	20278	20288	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	150251449
32	NC_009618	ATG	4	21616	21627	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	150251449
33	NC_009618	TTGAAT	3	23536	23554	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	150251450
34	NC_009618	TA	16	29723	29753	31	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_009618	ATAGAT	3	29828	29845	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
36	NC_009618	AAT	4	32166	32177	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_009618	TTC	4	32551	32562	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
38	NC_009618	TCTTTC	3	32753	32770	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
39	NC_009618	AT	6	32828	32839	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_009618	A	14	33584	33597	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	150251456
41	NC_009618	A	35	33998	34032	35	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	150251457
42	NC_009618	CT	6	36503	36514	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	150251459
43	NC_009618	AG	6	37275	37285	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_009618	ATC	4	37492	37503	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	150251460
45	NC_009618	ATAG	4	38031	38046	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
46	NC_009618	ATG	4	40320	40330	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	150251463
47	NC_009618	AATG	3	41813	41824	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	150251464
48	NC_009618	TG	6	42255	42265	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	150251464
49	NC_009618	ATG	4	42544	42554	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	150251464
50	NC_009618	AGT	4	43297	43308	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	150251464
51	NC_009618	AT	6	43712	43723	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_009618	CTT	4	44563	44575	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	157011962
53	NC_009618	TTG	4	45565	45575	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	157011962
54	NC_009618	AAG	4	46585	46596	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_009618	GAA	4	46676	46687	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_009618	AAAG	3	47111	47121	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_009618	AAGA	3	48413	48424	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_009618	T	18	49136	49153	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
59	NC_009618	C	16	49203	49218	16	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009618	AT	6	50110	50120	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_009618	ATG	4	53704	53714	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_009618	TTGGA	3	56418	56432	15	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
63	NC_009618	ATT	4	56669	56679	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	150251475
64	NC_009618	ATA	4	58375	58386	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	150251476
65	NC_009618	T	12	58704	58715	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009618	GAA	4	63667	63679	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	150251480
67	NC_009618	TTTTAT	3	64391	64408	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
68	NC_009618	ATC	4	66613	66623	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
69	NC_009618	AAGG	3	66851	66863	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_009618	AACGG	3	68136	68150	15	40 %	0 %	40 %	20 %	6 %	150251487
71	NC_009618	GGA	4	69073	69084	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_009618	GA	8	69425	69440	16	50 %	0 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_009618	T	13	69657	69669	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	150251488
74	NC_009618	A	14	69672	69685	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	150251488
75	NC_009618	T	14	69733	69746	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	150251488
76	NC_009618	A	19	69792	69810	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
77	NC_009618	GAAT	3	69840	69851	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_009618	TTCT	4	70870	70884	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	150251491
79	NC_009618	T	18	71020	71037	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	150251492
80	NC_009618	G	13	71575	71587	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_009618	T	22	71730	71751	22	0 %	100 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_009618	AAGT	3	73321	73331	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_009618	A	34	74200	74233	34	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	150251522
84	NC_009618	ATC	4	74986	74996	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	150251522
85	NC_009618	T	14	75200	75213	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	150251522
86	NC_009618	GATCC	3	76479	76492	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	150251522
87	NC_009618	GATGGA	3	77330	77348	19	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	10 %	150251522
88	NC_009618	TCTT	3	77973	77985	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	150251522
89	NC_009618	AGAT	3	81051	81062	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	150251522
90	NC_009618	GTA	4	84345	84356	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	150251522
91	NC_009618	A	14	84973	84986	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	150251522
92	NC_009618	T	23	85644	85666	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	150251522
93	NC_009618	T	24	85953	85976	24	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	150251522
94	NC_009618	T	12	86449	86460	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	150251522
95	NC_009618	TCT	4	87784	87794	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	150251522
96	NC_009618	C	19	87881	87899	19	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	150251522
97	NC_009618	T	19	87901	87919	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	150251522
98	NC_009618	TTC	4	88708	88718	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	150251522
99	NC_009618	CCT	4	89301	89311	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	150251522
100	NC_009618	T	12	89790	89801	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	150251522
101	NC_009618	T	12	89913	89924	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	150251522
102	NC_009618	CTT	4	90293	90303	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	150251522
103	NC_009618	TCAT	3	90567	90579	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	150251522
104	NC_009618	TA	6	90592	90602	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	150251522
105	NC_009618	ATAG	3	90673	90684	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	150251522
106	NC_009618	ATCG	3	92135	92146	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	150251522
107	NC_009618	CTT	4	92420	92431	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	150251522
108	NC_009618	TTCG	3	95296	95306	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	150251522
109	NC_009618	TTTC	3	99884	99895	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	150251522
110	NC_009618	AGAT	3	101487	101497	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	150251522
111	NC_009618	TAC	4	103497	103508	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	150251522
112	NC_009618	GAA	4	103736	103747	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	150251557
113	NC_009618	T	16	104042	104057	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	150251557
114	NC_009618	TTTC	3	104168	104178	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	150251557
115	NC_009618	CTTT	3	105082	105092	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	150251557
116	NC_009618	TTCT	3	107320	107332	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	150251557
117	NC_009618	ATCC	3	107851	107862	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	150251557
118	NC_009618	GAGG	3	111065	111076	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	150251557
119	NC_009618	AGGT	3	111279	111290	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	150251557
120	NC_009618	GAC	4	112475	112485	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	150251557
121	NC_009618	GATC	3	114296	114307	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	150251557
122	NC_009618	CT	6	114372	114383	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	150251557
123	NC_009618	ATAG	4	114865	114880	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	150251557
124	NC_009618	CTAT	4	114877	114892	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	150251557
125	NC_009618	GAAA	3	115922	115933	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	150251557
126	NC_009618	AT	6	116836	116847	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	150251557
127	NC_009618	TA	6	117264	117275	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	150251557
128	NC_009618	T	31	117318	117348	31	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	150251557
129	NC_009618	TCAT	3	118145	118155	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	150251557
130	NC_009618	TAGA	3	118365	118376	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	150251557
131	NC_009618	T	14	119558	119571	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	150251557
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171	NC_009618	TA	6	162660	162670	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
172	NC_009618	ATGA	3	162683	162695	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
173	NC_009618	AAG	4	162959	162969	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cycas taitungensis chloroplast