ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Dioscorea elephantipes chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009601	CAG	4	676	687	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	149390335
2	NC_009601	AAGT	3	782	792	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	149390335
3	NC_009601	TCCA	3	1194	1205	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
4	NC_009601	AGA	4	1441	1452	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009601	TCT	5	1790	1803	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	149390336
6	NC_009601	GATGG	3	2733	2746	14	20 %	20 %	60 %	0 %	7 %	149390336
7	NC_009601	TATT	4	4210	4225	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_009601	CAAT	3	4318	4329	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009601	A	12	4909	4920	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009601	ATGA	3	4967	4978	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_009601	AT	6	6553	6563	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_009601	ATCTT	3	6605	6620	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
13	NC_009601	A	15	7069	7083	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_009601	AT	6	7307	7317	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_009601	AT	7	7349	7363	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_009601	ATA	4	7390	7400	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_009601	T	14	7408	7421	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_009601	ACAT	4	7470	7484	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
19	NC_009601	T	15	8072	8086	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_009601	TGT	4	8348	8359	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_009601	AAAT	3	8910	8921	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009601	GAAA	3	8972	8982	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_009601	T	14	9083	9096	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_009601	A	15	10738	10752	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_009601	TTAA	3	11557	11568	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	149390340
26	NC_009601	TAT	8	11581	11603	23	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	149390340
27	NC_009601	A	13	11625	11637	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	149390340
28	NC_009601	AT	6	12003	12013	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149390340
29	NC_009601	TTCA	3	12027	12038	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	149390340
30	NC_009601	TAA	4	12089	12101	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	149390340
31	NC_009601	A	14	12831	12844	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_009601	GAAA	3	13154	13166	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_009601	AT	6	13496	13506	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_009601	A	12	13583	13594	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009601	A	14	14382	14395	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_009601	TAA	4	14597	14608	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	149390343
37	NC_009601	TTTG	3	15335	15345	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_009601	TTATT	3	15457	15471	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_009601	A	12	15527	15538	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009601	TCTTG	3	15690	15704	15	0 %	60 %	20 %	20 %	0 %	149390344
41	NC_009601	T	13	17556	17568	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	149390344
42	NC_009601	TTA	4	20198	20209	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	149390345
43	NC_009601	TCT	4	21191	21201	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	149390345
44	NC_009601	TTTA	3	21582	21592	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	149390345
45	NC_009601	TTCA	3	21653	21664	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	149390345
46	NC_009601	AATT	3	21690	21701	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	149390345
47	NC_009601	TTTG	3	22063	22074	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	149390345
48	NC_009601	CA	6	22211	22221	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	149390345
49	NC_009601	GTT	4	22620	22631	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	149390345
50	NC_009601	GTTCCA	3	24182	24198	17	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	149390346
51	NC_009601	GAAA	3	25266	25278	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	149390346
52	NC_009601	TTAAT	3	26338	26351	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_009601	A	16	26378	26393	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009601	TATC	3	26497	26508	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
55	NC_009601	TTTC	3	26872	26883	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_009601	TA	6	27853	27863	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_009601	TTTTC	3	27886	27901	16	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
58	NC_009601	AACA	3	27930	27940	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_009601	AAT	4	28411	28422	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_009601	GAAT	3	28550	28560	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_009601	CTATT	3	28584	28597	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
62	NC_009601	TTGT	3	29197	29207	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_009601	AAT	4	29314	29324	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_009601	AAT	4	29359	29369	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_009601	A	16	29641	29656	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_009601	TTG	4	30234	30244	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_009601	T	19	30896	30914	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
68	NC_009601	AT	9	30937	30954	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
69	NC_009601	TTTC	3	31131	31141	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
70	NC_009601	AAT	4	31329	31340	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_009601	TA	6	31437	31448	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_009601	T	12	31999	32010	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_009601	ATTT	3	32019	32030	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_009601	TCTA	3	32250	32260	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
75	NC_009601	GAAA	3	34102	34113	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	149390350
76	NC_009601	AG	6	35204	35214	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_009601	TA	6	35384	35395	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_009601	TCTA	4	35396	35411	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
79	NC_009601	AAAT	3	35452	35463	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_009601	TC	6	35823	35833	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	149390351
81	NC_009601	ATA	4	35979	35989	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_009601	AT	7	36054	36066	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_009601	AT	11	36070	36089	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
84	NC_009601	AAAT	3	36231	36241	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_009601	AACT	3	36945	36956	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
86	NC_009601	ATG	4	38334	38344	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	149390353
87	NC_009601	AAGA	3	39427	39438	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	149390354
88	NC_009601	AATG	3	39826	39837	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	149390354
89	NC_009601	CTA	4	39896	39907	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	149390354
90	NC_009601	GCA	4	40231	40242	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	149390354
91	NC_009601	TTAA	3	42013	42024	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_009601	A	13	42029	42041	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_009601	TTTC	3	42933	42944	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	157011968
94	NC_009601	GTAA	3	43917	43927	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	157011968
95	NC_009601	AAT	4	44239	44249	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_009601	GAAA	3	44538	44549	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_009601	TCTT	3	44660	44671	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
98	NC_009601	T	13	46022	46034	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009601	AT	6	46316	46327	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_009601	ATT	4	46909	46919	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_009601	TA	7	46920	46932	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_009601	TAAA	3	47543	47553	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_009601	TCTTT	3	49415	49428	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
104	NC_009601	TAA	4	50137	50147	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_009601	GAGT	3	51610	51620	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_009601	TTGAT	4	51838	51856	19	20 %	60 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
107	NC_009601	TTCT	3	56115	56125	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
108	NC_009601	TATT	3	56289	56300	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_009601	GTTA	3	56445	56455	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_009601	TATT	3	56532	56543	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149390363
111	NC_009601	ATT	4	59044	59054	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_009601	AATG	3	60946	60957	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	149390366
113	NC_009601	ATCCT	3	61079	61093	15	20 %	40 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009601	AT	7	61094	61106	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_009601	A	14	62197	62210	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_009601	TTTC	3	62593	62603	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
117	NC_009601	ATAA	4	62697	62711	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
118	NC_009601	TA	6	62739	62749	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_009601	A	12	63492	63503	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	149390370
120	NC_009601	ATTC	3	64304	64315	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
121	NC_009601	AC	7	64362	64374	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
122	NC_009601	A	13	64472	64484	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_009601	TTGAA	3	64602	64616	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	149390372
124	NC_009601	TA	7	65395	65407	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_009601	TA	6	65460	65471	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_009601	TCT	4	66168	66179	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
127	NC_009601	AATA	3	66414	66425	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	149390375
128	NC_009601	TACTTA	3	67003	67019	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
129	NC_009601	ATTC	3	67516	67527	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
130	NC_009601	TGA	4	68382	68393	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	149390419
131	NC_009601	ATAA	3	68772	68782	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	149390419
132	NC_009601	T	17	69078	69094	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	149390419
133	NC_009601	TAT	4	69253	69265	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	149390419
134	NC_009601	A	12	69690	69701	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	149390419
135	NC_009601	A	14	69794	69807	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	149390419
136	NC_009601	TA	7	69827	69839	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	149390419
137	NC_009601	AAGA	3	69861	69871	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	149390419
138	NC_009601	ATAAAT	3	70802	70819	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	149390419
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140	NC_009601	T	17	72559	72575	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	149390419
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220	NC_009601	GTA	4	138195	138206	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	149390420
221	NC_009601	ACCGG	3	142096	142110	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
222	NC_009601	CTCCTT	3	144150	144167	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	149390416
223	NC_009601	TGAA	3	144877	144888	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	149390416
224	NC_009601	TCA	4	145754	145765	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	149390416
225	NC_009601	ATCA	3	145804	145816	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	149390416
226	NC_009601	TGAT	3	145899	145911	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	149390416
227	NC_009601	AGA	4	146375	146386	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	149390416
228	NC_009601	TC	6	147060	147070	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	149390416
229	NC_009601	ATC	4	147484	147495	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	149390416
230	NC_009601	ATTT	3	148628	148639	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149390416
231	NC_009601	ATC	4	150435	150445	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
232	NC_009601	CATT	3	152444	152454	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Dioscorea elephantipes chloroplast