ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Buxus microphylla chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009599	ATT	4	109	120	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_009599	AT	6	161	172	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_009599	CAG	4	909	920	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	149390520
4	NC_009599	AAGT	3	1015	1025	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	149390520
5	NC_009599	TGAA	3	1556	1567	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009599	AT	6	1612	1622	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_009599	GAA	4	2805	2816	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	149390521
8	NC_009599	TAAA	3	4226	4238	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_009599	AACA	3	4316	4326	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
10	NC_009599	ATAAA	3	4596	4610	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_009599	TAAA	4	4636	4651	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_009599	TTGT	3	4796	4807	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009599	TAG	4	5034	5045	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_009599	TCTCT	3	5265	5278	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	149390522
15	NC_009599	ATTC	3	5620	5630	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	149390522
16	NC_009599	ATTTT	3	6378	6391	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_009599	A	15	6923	6937	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_009599	CTGA	3	7006	7017	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
19	NC_009599	AAAT	3	7333	7344	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_009599	TATT	3	8167	8178	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_009599	GATAA	3	8206	8220	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_009599	AAAG	3	9340	9351	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_009599	T	23	9538	9560	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_009599	TAT	4	9792	9803	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_009599	ATCT	3	10489	10500	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
26	NC_009599	TAA	4	10653	10664	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_009599	TTTTTC	3	12541	12559	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
28	NC_009599	ATTT	3	13103	13114	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149390526
29	NC_009599	TAT	7	13280	13301	22	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	149390526
30	NC_009599	AAAT	3	14618	14629	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_009599	GTTT	3	15380	15391	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_009599	AT	6	16414	16424	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149390528
33	NC_009599	A	16	17408	17423	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_009599	TGT	5	17736	17749	14	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	149390530
35	NC_009599	T	14	19610	19623	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	149390530
36	NC_009599	GAAT	3	23844	23854	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	149390531
37	NC_009599	TAA	4	24281	24291	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	149390531
38	NC_009599	GTT	4	24713	24724	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	149390531
39	NC_009599	GAAA	3	27359	27371	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	149390532
40	NC_009599	GA	6	28466	28476	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_009599	AGCT	3	28565	28576	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
42	NC_009599	AATAA	3	28994	29007	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_009599	TAG	4	29418	29429	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_009599	T	12	30764	30775	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_009599	ATTC	3	33340	33350	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
46	NC_009599	TA	10	33369	33388	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
47	NC_009599	ATTAT	4	33404	33422	19	40 %	60 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
48	NC_009599	ATTT	3	33690	33700	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_009599	TA	6	34013	34024	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_009599	TTCTA	3	34778	34791	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
51	NC_009599	TA	6	34824	34835	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_009599	AATA	3	35139	35150	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_009599	GAAA	3	37074	37085	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	149390536
54	NC_009599	GCTT	3	37477	37487	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	149390536
55	NC_009599	AG	6	38263	38273	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_009599	TC	6	38864	38874	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	149390537
57	NC_009599	AT	7	39067	39079	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_009599	A	14	40008	40021	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_009599	AATG	3	42889	42900	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	149390540
60	NC_009599	CTA	4	42959	42970	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	149390540
61	NC_009599	GCA	4	43294	43305	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	149390540
62	NC_009599	TCTT	4	46049	46064	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	149390541
63	NC_009599	TAAA	5	47019	47039	21	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	149390541
64	NC_009599	A	18	47033	47050	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	149390541
65	NC_009599	A	13	47292	47304	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_009599	GTA	4	47384	47394	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_009599	TTTTTA	3	47919	47936	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
68	NC_009599	AAT	4	47974	47984	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_009599	TTATT	3	49509	49523	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
70	NC_009599	ATA	5	49589	49602	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_009599	A	13	49802	49814	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_009599	AGA	4	49853	49863	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_009599	TTGA	3	50151	50163	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_009599	TAAC	3	50721	50732	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
75	NC_009599	AT	6	50861	50871	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_009599	TATC	4	51290	51306	17	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
77	NC_009599	CTTT	3	51584	51596	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
78	NC_009599	T	15	51794	51808	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_009599	TAA	4	53807	53819	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_009599	AGA	4	54288	54299	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_009599	AAGA	3	54417	54427	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_009599	GACC	3	54761	54772	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
83	NC_009599	ACAA	4	54781	54795	15	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
84	NC_009599	TTATT	3	55795	55808	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_009599	ATA	5	57856	57869	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	149390547
86	NC_009599	AAAT	4	57910	57924	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_009599	TAT	4	58322	58332	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_009599	GTTA	3	60518	60528	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_009599	ATT	4	62128	62138	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_009599	TCTT	3	62500	62511	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009599	AAT	5	62529	62544	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_009599	TGAAA	3	63782	63796	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	149390551
93	NC_009599	CTT	4	64144	64154	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
94	NC_009599	ATTTAA	3	64313	64329	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
95	NC_009599	TTTA	3	64435	64445	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_009599	ATAA	3	66818	66829	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_009599	G	12	67062	67073	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009599	AAAAT	3	67095	67109	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_009599	TTCT	4	67234	67248	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
100	NC_009599	AATC	3	67294	67305	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009599	T	13	68819	68831	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_009599	AATA	3	68886	68896	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_009599	TTA	4	69393	69404	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_009599	TATC	3	70735	70745	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
105	NC_009599	TTA	4	71289	71300	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_009599	TCT	4	71374	71385	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
107	NC_009599	TAATA	3	71737	71751	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
108	NC_009599	AT	7	71754	71766	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_009599	ATTT	3	72992	73003	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_009599	A	13	73054	73066	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_009599	TAT	5	74706	74721	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	149390586
112	NC_009599	TCT	4	74748	74760	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	149390586
113	NC_009599	ATT	4	76238	76249	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	149390586
114	NC_009599	AATA	3	79351	79361	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	149390586
115	NC_009599	AAAT	3	79369	79379	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	149390586
116	NC_009599	AT	6	81089	81099	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149390586
117	NC_009599	T	14	84507	84520	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	149390586
118	NC_009599	A	14	85009	85022	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	149390586
119	NC_009599	GAAT	3	85874	85885	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	149390586
120	NC_009599	TTCATT	3	86580	86598	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	149390586
121	NC_009599	AT	6	87411	87421	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149390586
122	NC_009599	TTTA	3	87845	87855	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	149390586
123	NC_009599	TTAA	3	87856	87866	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149390586
124	NC_009599	TTTC	3	88054	88064	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149390586
125	NC_009599	CTT	4	88262	88273	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	149390586
126	NC_009599	GAT	4	90107	90117	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	149390586
127	NC_009599	TTCCTA	3	90665	90682	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	149390586
128	NC_009599	TTCT	3	91821	91831	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149390586
129	NC_009599	CTTT	3	93002	93012	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149390586
130	NC_009599	TGAT	3	94824	94836	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	149390586
131	NC_009599	TGA	4	94875	94886	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	149390586
132	NC_009599	AATA	3	95722	95734	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	149390586
133	NC_009599	AAAT	3	97483	97493	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	149390586
134	NC_009599	CGGG	3	97996	98007	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	149390586
135	NC_009599	TTTCG	3	101327	101340	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	149390586
136	NC_009599	TTTGTT	3	101737	101755	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	149390586
137	NC_009599	TTAT	6	103152	103176	25	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149390600
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185	NC_009599	GGAT	3	140174	140185	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	149390600
186	NC_009599	ATTT	3	143136	143147	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149390600
187	NC_009599	ACTAAT	3	143449	143465	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	149390600
188	NC_009599	ATAA	6	143979	144003	25	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	149390600
189	NC_009599	TATT	3	149661	149671	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
190	NC_009599	CATAC	3	149770	149783	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
191	NC_009599	ATCA	3	152319	152331	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	149390603
192	NC_009599	TGAT	3	152414	152426	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	149390603
193	NC_009599	AAAG	3	154143	154153	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	149390603
194	NC_009599	ATTT	3	155197	155208	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149390603
195	NC_009599	ATAGGA	3	156472	156489	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	149390603
196	NC_009599	ATC	4	157038	157048	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
197	NC_009599	GAA	5	158881	158895	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	149390605

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Buxus microphylla chloroplast