ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Chloranthus spicatus chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009598	TCT	4	26	36	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
2	NC_009598	TCT	4	535	545	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	149390248
3	NC_009598	CAG	4	799	810	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	149390248
4	NC_009598	AAGT	3	905	915	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	149390248
5	NC_009598	AT	7	1439	1452	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_009598	GAA	4	1931	1942	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	149390249
7	NC_009598	A	15	4271	4285	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_009598	AATT	3	4752	4763	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	149390250
9	NC_009598	TCTCT	3	4911	4924	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	149390250
10	NC_009598	ATAG	4	5927	5942	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_009598	GATTC	4	6134	6153	20	20 %	40 %	20 %	20 %	10 %	Non-Coding
12	NC_009598	TCA	4	6309	6320	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
13	NC_009598	TCTT	3	6342	6353	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_009598	CAAA	3	6388	6398	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_009598	CAT	4	6712	6722	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
16	NC_009598	A	15	6800	6814	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_009598	ATTCT	3	7713	7726	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
18	NC_009598	TTCT	3	8002	8012	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149390251
19	NC_009598	GA	6	8720	8731	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_009598	TA	8	8926	8941	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_009598	T	17	9217	9233	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
22	NC_009598	TAT	5	9252	9266	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_009598	TCATAA	3	9365	9382	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
24	NC_009598	AGAAT	4	9395	9415	21	60 %	20 %	20 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_009598	CTTA	3	9555	9565	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
26	NC_009598	A	14	12366	12379	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_009598	TTTC	3	13048	13058	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149390254
28	NC_009598	A	13	13454	13466	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	149390254
29	NC_009598	ATTT	3	13827	13837	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_009598	AAAT	3	14407	14418	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_009598	ATT	5	14444	14459	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_009598	TCT	4	14599	14610	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
33	NC_009598	AT	6	14782	14794	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_009598	AT	7	15034	15048	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_009598	TAT	8	15035	15057	23	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_009598	TTA	5	16173	16188	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_009598	T	14	16919	16932	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009598	TTG	4	17250	17260	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	149390258
39	NC_009598	TCAA	3	17341	17352	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	149390258
40	NC_009598	T	15	19126	19140	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	149390258
41	NC_009598	TTTA	3	23240	23251	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149390259
42	NC_009598	GAAT	3	23327	23337	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	149390259
43	NC_009598	GTT	4	24205	24216	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	149390259
44	NC_009598	GAAA	3	26851	26863	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	149390260
45	NC_009598	AGAA	3	27820	27830	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_009598	CAG	4	28760	28771	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
47	NC_009598	TA	7	29568	29580	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_009598	TA	7	29583	29595	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_009598	ATA	7	30248	30269	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_009598	AAAT	3	31513	31523	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_009598	AT	9	31536	31553	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
52	NC_009598	CT	6	32277	32288	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
53	NC_009598	TTTTG	3	32325	32339	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_009598	TA	9	32615	32631	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
55	NC_009598	TAA	4	32834	32845	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_009598	CATT	3	32919	32930	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
57	NC_009598	AACA	3	33639	33649	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
58	NC_009598	AT	14	33669	33694	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_009598	AT	8	33725	33739	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_009598	ATA	5	34123	34136	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_009598	GAAA	3	35643	35654	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	149390264
62	NC_009598	AG	6	36823	36833	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_009598	TC	6	37418	37428	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	149390265
64	NC_009598	TAA	4	37648	37659	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_009598	CTT	4	37945	37955	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
66	NC_009598	TCTTCC	3	38534	38551	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	149390266
67	NC_009598	ATG	4	40080	40090	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	149390267
68	NC_009598	AATG	3	41573	41584	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	149390268
69	NC_009598	GCA	4	41978	41989	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	149390268
70	NC_009598	TTCCT	3	43288	43301	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
71	NC_009598	AT	6	43319	43330	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_009598	TTG	4	45405	45415	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	149390269
73	NC_009598	TCTT	3	45632	45642	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149390269
74	NC_009598	ATA	4	45681	45692	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	149390269
75	NC_009598	A	13	45689	45701	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	149390269
76	NC_009598	AGT	4	47351	47362	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	149390270
77	NC_009598	TA	7	48157	48169	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_009598	TA	6	48174	48184	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_009598	TTGA	3	48817	48829	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_009598	TA	6	49064	49074	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_009598	TTTC	3	50196	50207	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009598	TTTA	3	51778	51788	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	149390272
83	NC_009598	TCAG	3	52446	52456	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
84	NC_009598	TCT	4	53228	53238	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
85	NC_009598	ATTA	3	53669	53680	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_009598	ACT	4	54874	54884	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
87	NC_009598	T	14	54893	54906	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_009598	AAAAT	3	61573	61587	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_009598	AGA	4	61759	61769	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_009598	TA	6	61919	61929	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_009598	AT	9	61944	61960	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_009598	TTA	4	62400	62410	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_009598	TCAG	3	62919	62930	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	149390279
94	NC_009598	ATG	4	63115	63125	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_009598	T	17	63376	63392	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_009598	T	12	66115	66126	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_009598	CTT	4	66228	66240	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
98	NC_009598	TAT	4	66403	66414	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009598	TTCC	3	67555	67566	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
100	NC_009598	TTTG	3	69215	69226	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_009598	AGGA	3	69612	69622	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_009598	ATTG	4	70218	70232	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_009598	TCT	4	70293	70304	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
104	NC_009598	TAAA	3	70553	70564	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	149390289
105	NC_009598	AT	7	70614	70627	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_009598	AAAT	4	70626	70641	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_009598	ATAA	3	70642	70653	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_009598	TTTA	3	73193	73204	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149390333
109	NC_009598	AATA	3	74112	74122	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	149390333
110	NC_009598	T	14	76739	76752	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	149390333
111	NC_009598	TTTC	3	77897	77907	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149390333
112	NC_009598	CTGA	3	80085	80097	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	149390333
113	NC_009598	CTTT	3	80950	80960	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149390333
114	NC_009598	TACG	3	81868	81880	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	149390333
115	NC_009598	ATTT	3	82297	82307	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	149390333
116	NC_009598	GGA	4	82828	82840	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	149390333
117	NC_009598	TTATT	4	83378	83397	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	149390333
118	NC_009598	T	17	83402	83418	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	149390333
119	NC_009598	AGAA	3	83963	83974	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	149390333
120	NC_009598	TTTCAA	3	84720	84736	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	149390333
121	NC_009598	TTA	4	85013	85024	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	149390333
122	NC_009598	CATA	3	85112	85123	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	149390333
123	NC_009598	TC	6	85155	85166	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	149390333
124	NC_009598	CAAT	3	85658	85668	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	149390333
125	NC_009598	AATC	3	86453	86464	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	149390333
126	NC_009598	CTT	4	87133	87144	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	149390333
127	NC_009598	TTCT	3	90687	90697	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149390333
128	NC_009598	CTTT	3	91880	91890	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149390333
129	NC_009598	TGAT	3	93720	93732	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	149390333
130	NC_009598	TGA	4	93771	93782	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	149390333
131	NC_009598	AATA	3	94660	94672	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	149390333
132	NC_009598	GAAGGA	3	95446	95463	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	149390333
133	NC_009598	TCCGG	3	97131	97145	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	149390333
134	NC_009598	TTTCG	3	99725	99738	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	149390333
135	NC_009598	TTTGTT	3	100138	100156	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	149390333
136	NC_009598	TTATT	3	101553	101566	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	149390332
137	NC_009598	AAAT	3	101683	101693	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	149390332
138	NC_009598	TATTAG	3	102099	102115	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	149390332
139	NC_009598	ATTCA	4	102410	102430	21	40 %	40 %	0 %	20 %	9 %	149390332
140	NC_009598	ATCC	3	105385	105396	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	149390332
141	NC_009598	TCTA	3	105775	105786	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	149390332
142	NC_009598	GAGG	3	108639	108650	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	149390332
143	NC_009598	AGGT	3	108856	108867	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	149390332
144	NC_009598	TAAG	3	109976	109986	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	149390332
145	NC_009598	GGAA	3	111990	112000	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	149390332
146	NC_009598	AGGAAG	3	113786	113803	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	149390332
147	NC_009598	ATA	4	114937	114949	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	149390332
148	NC_009598	GAAT	3	115664	115675	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	149390332
149	NC_009598	GAA	4	116581	116592	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	149390332
150	NC_009598	AAT	4	116793	116805	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	149390332
151	NC_009598	GAAT	3	118172	118182	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	149390332
152	NC_009598	ATTC	3	120035	120045	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	149390332
153	NC_009598	GATT	3	120185	120196	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	149390332
154	NC_009598	TTG	4	124232	124242	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	149390332
155	NC_009598	TA	7	125922	125934	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	149390332
156	NC_009598	TTA	4	128059	128070	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	149390332
157	NC_009598	A	14	128654	128667	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	149390332
158	NC_009598	TATTT	3	128819	128832	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	149390332
159	NC_009598	ATTT	3	129297	129309	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	149390332
160	NC_009598	CATT	3	130470	130480	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	149390332
161	NC_009598	TACT	3	130732	130743	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	149390332
162	NC_009598	AAT	4	130869	130881	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	149390332
163	NC_009598	TTCC	3	132761	132771	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	149390332
164	NC_009598	CTTA	3	134775	134785	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	149390332
165	NC_009598	GGAT	3	139365	139376	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	149390332
166	NC_009598	TGAAT	4	142331	142351	21	40 %	40 %	20 %	0 %	9 %	149390332
167	NC_009598	ACTAAT	3	142645	142661	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	149390332
168	NC_009598	TTA	4	143315	143327	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	149390332
169	NC_009598	ACCGG	3	147615	147629	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
170	NC_009598	CTCCTT	3	149297	149314	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	149390329
171	NC_009598	ATCA	3	151029	151041	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	149390329
172	NC_009598	TGAT	3	151124	151136	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	149390329
173	NC_009598	AAAG	3	152871	152881	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	149390329
174	NC_009598	ATTT	3	153937	153948	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149390329

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Chloranthus spicatus chloroplast