ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Rhodomonas salina chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009573	TTGAA	3	250	263	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	149072111
2	NC_009573	AT	6	702	713	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_009573	CTT	4	2509	2521	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	149071968
4	NC_009573	TGAG	3	2642	2653	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	149071968
5	NC_009573	GAT	4	3231	3242	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	149071968
6	NC_009573	TAGA	3	3972	3982	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	149072110
7	NC_009573	CTTT	3	4933	4945	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	149072110
8	NC_009573	CT	6	5499	5509	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
9	NC_009573	TACG	3	6443	6453	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	149071970
10	NC_009573	GCT	4	7131	7142	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	149071971
11	NC_009573	CAATGG	3	7144	7161	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	0 %	149071971
12	NC_009573	TTAA	3	7408	7419	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	149071971
13	NC_009573	TAAAA	3	8795	8809	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_009573	AAATA	3	9051	9065	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	149071972
15	NC_009573	TTTA	3	9086	9097	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149071972
16	NC_009573	CAA	4	9618	9628	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
17	NC_009573	TTAG	3	10907	10918	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	149072106
18	NC_009573	TAA	4	11781	11793	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_009573	AGGA	3	12362	12374	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	149071973
20	NC_009573	AGA	5	13431	13444	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	149071973
21	NC_009573	TAA	4	15091	15101	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	149072101
22	NC_009573	TAA	4	15250	15264	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	149072101
23	NC_009573	ATTT	3	15325	15335	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_009573	TAAA	3	15708	15720	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_009573	ATT	4	15785	15795	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_009573	CAG	4	15867	15878	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	0 %	171259323
27	NC_009573	CCA	4	15996	16006	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	171259323
28	NC_009573	CT	6	16053	16063	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	171259323
29	NC_009573	ATA	4	17956	17970	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	149072099
30	NC_009573	AAAT	3	19559	19570	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_009573	AGCG	3	21590	21600	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
32	NC_009573	AGGT	3	22981	22992	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009573	GTAA	3	25098	25109	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_009573	TGAT	3	25879	25889	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	149072097
35	NC_009573	AT	6	26520	26530	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_009573	TA	6	26950	26960	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_009573	ACA	5	27148	27161	14	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	149071978
38	NC_009573	CAT	4	28690	28700	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	149072095
39	NC_009573	TTGT	3	30295	30305	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	149072094
40	NC_009573	AT	6	30461	30471	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149072094
41	NC_009573	TATT	3	30666	30677	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149072094
42	NC_009573	AATAT	3	30702	30715	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_009573	ATA	4	31092	31102	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_009573	TTCA	3	31564	31575	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
45	NC_009573	GCT	4	32999	33009	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	149072092
46	NC_009573	TTC	4	33914	33926	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	149072090
47	NC_009573	TCA	4	34399	34410	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	149072090
48	NC_009573	TTTTTA	3	36469	36487	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
49	NC_009573	CAA	4	36524	36535	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
50	NC_009573	TTAAA	3	38323	38336	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_009573	AT	6	39009	39020	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_009573	TCT	4	39628	39638	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	149072085
53	NC_009573	ATTT	3	40359	40370	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	149072085
54	NC_009573	TTAA	3	41000	41010	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_009573	CTAC	3	42428	42439	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009573	AT	6	45848	45859	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_009573	ATT	4	46087	46099	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_009573	AAAT	3	46336	46347	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_009573	GAA	4	46959	46970	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	149071982
60	NC_009573	CTCA	3	48203	48213	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	149071983
61	NC_009573	AAAT	3	49126	49136	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_009573	TCT	4	50163	50173	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	149072084
63	NC_009573	GCT	4	52132	52143	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	149071985
64	NC_009573	ACTCT	3	52340	52353	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	149071985
65	NC_009573	ACTA	3	52614	52625	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	149071985
66	NC_009573	ATAA	3	53484	53495	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009573	TAT	5	54702	54716	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_009573	TTTA	3	54908	54919	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_009573	AATA	3	56621	56632	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	149072082
70	NC_009573	AGATTG	3	56875	56893	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	149072082
71	NC_009573	AATT	3	57373	57383	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149072082
72	NC_009573	ACC	4	57615	57625	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	149072081
73	NC_009573	AATT	3	58129	58140	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_009573	TAT	4	58973	58984	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_009573	TA	6	59601	59612	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_009573	TAA	4	60245	60255	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	149072077
77	NC_009573	ACAA	3	61358	61368	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
78	NC_009573	TAAA	4	62777	62792	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_009573	CTT	4	64353	64364	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	149072071
80	NC_009573	TCA	4	66669	66680	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
81	NC_009573	AT	6	67334	67344	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149072067
82	NC_009573	TAAC	3	69525	69535	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	149071991
83	NC_009573	TAG	4	69766	69776	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	149071991
84	NC_009573	GAA	4	69803	69814	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	149071991
85	NC_009573	TAG	4	70379	70390	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	149071992
86	NC_009573	AGAAA	4	70443	70462	20	80 %	0 %	20 %	0 %	5 %	149071992
87	NC_009573	CAAA	3	70736	70746	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_009573	TTTG	3	73057	73067	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	149072064
89	NC_009573	TTTC	3	73184	73195	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	149072064
90	NC_009573	GAAAT	3	75901	75914	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_009573	TTC	4	76484	76494	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	149072060
92	NC_009573	CTTT	3	77018	77029	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	149072059
93	NC_009573	TAG	4	79395	79406	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	149072058
94	NC_009573	TTTTTA	3	79634	79651	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	149072058
95	NC_009573	TCT	4	79976	79987	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	149072058
96	NC_009573	AT	6	81101	81111	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149072058
97	NC_009573	CGTC	3	82720	82730	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	149072057
98	NC_009573	GTT	4	83943	83953	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	149072056
99	NC_009573	AT	6	86266	86276	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149072056
100	NC_009573	CTT	4	86559	86570	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	149072056
101	NC_009573	GTA	4	87555	87565	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	149071993
102	NC_009573	GAAT	3	93294	93304	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_009573	ATTT	3	93628	93638	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	149071998
104	NC_009573	GATA	3	94218	94228	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_009573	CTTT	3	95191	95201	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	149071999
106	NC_009573	ATGC	3	96621	96632	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	149072051
107	NC_009573	TC	6	97182	97193	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	149072000
108	NC_009573	A	12	99194	99205	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_009573	TAAA	3	99639	99650	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_009573	AACTT	3	99675	99688	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
111	NC_009573	ATA	4	100060	100071	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_009573	TCATT	3	100172	100186	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
113	NC_009573	TGTA	3	100583	100593	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	149072049
114	NC_009573	ATT	4	101837	101848	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	149072048
115	NC_009573	ACC	4	103594	103605	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	149072047
116	NC_009573	CATA	3	104218	104230	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	149072047
117	NC_009573	AAGT	3	104508	104519	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	149072047
118	NC_009573	ACTA	3	106334	106345	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
119	NC_009573	TA	6	106388	106398	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_009573	GAAA	3	106495	106506	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	149072008
121	NC_009573	AAAG	3	106513	106524	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	149072008
122	NC_009573	GGT	4	110398	110408	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	149072010
123	NC_009573	TGG	4	111807	111818	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	149072012
124	NC_009573	AATT	3	113888	113899	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	149072017
125	NC_009573	AATG	3	114177	114188	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	149072018
126	NC_009573	AATA	3	114398	114408	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	149072019
127	NC_009573	TAC	4	115490	115501	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	149072021
128	NC_009573	TTAA	3	116076	116086	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_009573	AAG	4	116615	116625	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	149072023
130	NC_009573	GTTGGC	3	117183	117200	18	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	5 %	149072025
131	NC_009573	ATT	4	118283	118294	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	149072026
132	NC_009573	TTAA	3	118580	118590	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149072026
133	NC_009573	GAAA	3	121846	121857	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	149072032
134	NC_009573	TAC	4	122304	122314	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	149072034
135	NC_009573	TA	6	122644	122654	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	149072035
136	NC_009573	AG	6	123296	123306	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	149072036
137	NC_009573	TAC	5	123920	123934	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	149072036
138	NC_009573	AAAG	3	125266	125277	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_009573	TAAA	3	125279	125289	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_009573	TTA	4	125631	125642	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	149072038
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142	NC_009573	AT	6	129798	129808	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
143	NC_009573	AAT	4	130429	130439	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
144	NC_009573	ACT	5	130476	130490	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	149072042
145	NC_009573	TAA	4	130892	130903	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
146	NC_009573	TCT	4	130977	130988	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	149072041
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148	NC_009573	ATC	4	131858	131869	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	149072041
149	NC_009573	N	100	132825	132924	100	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009573	CTTT	3	133038	133048	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
151	NC_009573	TCAT	3	134442	134452	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	149071967
152	NC_009573	TGG	4	134645	134656	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	149071967

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Rhodomonas salina chloroplast