ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Phytophthora ramorum mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009384	TTAA	3	2789	2800	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_009384	ATA	4	3106	3117	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_009384	A	12	3258	3269	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	14593242
4	NC_009384	AAAT	3	3644	3655	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	14593242
5	NC_009384	TTTA	3	3788	3799	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	14593242
6	NC_009384	ATT	5	3982	3996	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	14593242
7	NC_009384	AAATT	3	6264	6277	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_009384	AATTTA	3	6326	6343	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
9	NC_009384	A	12	6352	6363	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_009384	TAATTT	4	6400	6423	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	14593242
11	NC_009384	ACA	12	6616	6651	36	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
12	NC_009384	TAA	4	6667	6678	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_009384	ATTT	3	6807	6817	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_009384	ATA	4	6886	6897	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_009384	AAAT	3	6935	6945	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_009384	A	15	7257	7271	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	14593242
17	NC_009384	TAAA	3	7803	7813	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	14593242
18	NC_009384	TAT	5	7885	7898	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	14593242
19	NC_009384	TAT	4	8405	8416	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	14593242
20	NC_009384	TTAG	3	9038	9049	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	14593242
21	NC_009384	TTTA	3	9087	9097	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	14593242
22	NC_009384	TTAT	3	9322	9332	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	14593242
23	NC_009384	T	14	9473	9486	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	14593242
24	NC_009384	ATT	5	9531	9544	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	14593242
25	NC_009384	TTAA	4	9644	9659	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_009384	AAAT	3	9689	9699	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_009384	TAT	5	9739	9752	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_009384	AATT	3	9768	9779	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_009384	T	15	9896	9910	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_009384	AGTT	3	10293	10304	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	14593243
31	NC_009384	ATT	4	10343	10354	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	14593243
32	NC_009384	CTC	4	10391	10402	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	14593243
33	NC_009384	TTTA	3	10607	10618	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_009384	TAA	4	10833	10844	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	14593243
35	NC_009384	TAA	4	10932	10942	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	14593243
36	NC_009384	AAAAT	3	11113	11126	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	14593243
37	NC_009384	TAA	4	11238	11249	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	14593243
38	NC_009384	CAAT	3	11350	11360	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	14593243
39	NC_009384	A	13	11571	11583	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	14593243
40	NC_009384	TAAAA	3	12320	12334	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	14593243
41	NC_009384	TAAA	3	12477	12488	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_009384	TATTT	3	12489	12503	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_009384	TAAAA	3	12543	12557	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_009384	ATT	5	12559	12572	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_009384	AT	6	12989	13000	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_009384	TAAAAT	3	13284	13301	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	14593242
47	NC_009384	AAT	4	13476	13486	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_009384	ATA	4	13974	13984	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	14593243
49	NC_009384	AAAT	3	14130	14141	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	14593243
50	NC_009384	ACC	4	14270	14280	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	14593243
51	NC_009384	ATA	4	14638	14649	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	14593243
52	NC_009384	ATA	4	15161	15172	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	14593243
53	NC_009384	TAAT	3	15203	15214	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_009384	TTAAA	3	15228	15241	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_009384	T	18	15443	15460	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	14593243
56	NC_009384	TTAAA	3	15562	15575	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	14593243
57	NC_009384	T	14	15974	15987	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	14593243
58	NC_009384	AATT	3	16438	16449	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	14593243
59	NC_009384	ATTT	3	16516	16526	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	14593243
60	NC_009384	T	21	16555	16575	21	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	14593243
61	NC_009384	TTAA	3	16603	16614	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	14593243
62	NC_009384	TAA	4	16699	16710	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_009384	AAATAA	3	16846	16863	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	14593243
64	NC_009384	TAA	4	16882	16892	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	14593243
65	NC_009384	TAAA	3	16969	16979	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	14593243
66	NC_009384	ATA	4	18198	18209	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	14593243
67	NC_009384	ATAA	3	19267	19278	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	14593244
68	NC_009384	AT	7	19694	19707	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	14593244
69	NC_009384	AT	6	19933	19943	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	14593244
70	NC_009384	TTTA	3	20267	20278	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	14593244
71	NC_009384	AATTT	3	20358	20373	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	14593244
72	NC_009384	CATT	3	20689	20699	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	14593244
73	NC_009384	TTA	4	21216	21228	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	14593244
74	NC_009384	AT	6	21808	21818	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	14593244
75	NC_009384	TGT	4	22003	22014	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	14593244
76	NC_009384	TTAT	3	22581	22591	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	14593244
77	NC_009384	T	13	23398	23410	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009384	TA	6	23612	23622	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	14593244
79	NC_009384	ATATT	3	23647	23660	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	14593244
80	NC_009384	ATT	4	24006	24016	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	14593244
81	NC_009384	ATT	4	25314	25324	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	14593244
82	NC_009384	TAT	4	25403	25415	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	14593244
83	NC_009384	TAA	4	25459	25469	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	14593244
84	NC_009384	TAAA	3	25511	25522	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_009384	ATT	4	25667	25679	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	14593244
86	NC_009384	CTTT	3	26080	26090	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	14593244
87	NC_009384	AAAG	3	26148	26158	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	14593244
88	NC_009384	TAAA	3	26244	26255	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	14593244
89	NC_009384	GAG	4	26460	26471	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	14593244
90	NC_009384	ATA	4	26509	26520	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	14593244
91	NC_009384	A	17	26954	26970	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_009384	AAAT	3	27082	27093	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_009384	ATA	5	27110	27123	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_009384	TTAA	4	27203	27218	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_009384	AAAAT	3	27441	27454	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	14593244
96	NC_009384	ATA	5	27467	27481	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	14593244
97	NC_009384	TTCAGC	3	27941	27958	18	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	14593244
98	NC_009384	TCT	4	28460	28470	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	14593244
99	NC_009384	ATTT	4	29524	29539	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	14593244
100	NC_009384	AATC	3	30081	30091	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	14593244
101	NC_009384	TTA	4	30546	30556	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	14593244
102	NC_009384	AAAAT	3	30584	30598	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_009384	AAAT	3	30638	30648	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_009384	T	13	31242	31254	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	14593245
105	NC_009384	ATTT	3	31340	31351	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	14593245
106	NC_009384	TATT	4	31427	31442	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	14593245
107	NC_009384	ATTT	3	31506	31517	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	14593245
108	NC_009384	AAT	4	31521	31532	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	14593245
109	NC_009384	TATTTA	4	31581	31603	23	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	14593245
110	NC_009384	TTTA	3	31722	31733	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	14593245
111	NC_009384	ATTT	3	31834	31844	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	14593245
112	NC_009384	TTTTA	3	32184	32197	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	14593245
113	NC_009384	ATTTT	3	32397	32411	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	14593245
114	NC_009384	T	12	32479	32490	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	14593245
115	NC_009384	TGG	4	33603	33614	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	14593245
116	NC_009384	A	15	33688	33702	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	14593245
117	NC_009384	A	13	33767	33779	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	14593245
118	NC_009384	A	16	33942	33957	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	14593245
119	NC_009384	TAA	5	34247	34261	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	14593245
120	NC_009384	AAAT	3	34760	34770	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	14593245
121	NC_009384	A	13	35347	35359	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	14593245
122	NC_009384	TTATA	3	35545	35559	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	14593245
123	NC_009384	TAA	4	35566	35576	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	14593245
124	NC_009384	AATT	3	35830	35840	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	14593245
125	NC_009384	T	12	36052	36063	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	14593245
126	NC_009384	A	14	36126	36139	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	14593245
127	NC_009384	TA	6	36575	36585	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_009384	TAAA	3	37319	37329	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	14593246
129	NC_009384	TAAAAA	3	37571	37588	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	14593246
130	NC_009384	TAT	4	37689	37700	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	14593246
131	NC_009384	AAAT	3	37888	37899	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	14593246
132	NC_009384	A	14	37915	37928	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	14593246
133	NC_009384	TAA	4	37923	37934	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	14593246
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135	NC_009384	TTAAA	3	38087	38100	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	14593246
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143	NC_009384	A	16	39265	39280	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	14593246

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Phytophthora ramorum mitochondrion