ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Nasturtium officinale chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009275	AATA	3	142	152	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_009275	TACC	3	591	601	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	139389076
3	NC_009275	TCT	4	705	715	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139389076
4	NC_009275	CAG	4	969	980	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139389076
5	NC_009275	T	12	1605	1616	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_009275	T	12	2289	2300	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	270040288
7	NC_009275	TTTA	3	3767	3777	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_009275	AT	7	3804	3817	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_009275	T	13	4099	4111	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009275	A	20	4341	4360	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
11	NC_009275	AAAGA	3	4391	4405	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_009275	GAAAA	3	4514	4528	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_009275	ATA	4	4680	4692	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_009275	TA	11	4687	4708	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_009275	AT	6	4722	4732	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_009275	TTCA	3	5054	5065	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
17	NC_009275	TCTCT	3	5237	5250	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	139389078
18	NC_009275	ATTC	3	5627	5637	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	139389078
19	NC_009275	TGTA	3	6380	6391	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_009275	TA	6	6421	6434	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_009275	CA	6	6506	6516	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
22	NC_009275	TTCT	3	6935	6946	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_009275	T	19	7559	7577	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
24	NC_009275	T	16	7652	7667	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009275	TTCT	3	7730	7741	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139389080
26	NC_009275	TAT	5	8091	8106	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_009275	TA	6	8128	8138	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_009275	TA	6	8148	8158	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_009275	TA	8	8206	8220	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_009275	AT	6	9710	9721	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_009275	TA	8	9746	9762	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
32	NC_009275	TA	6	9874	9886	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_009275	AAGAAT	3	9995	10013	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
34	NC_009275	T	13	10029	10041	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139389081
35	NC_009275	TTTC	3	12326	12337	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139389082
36	NC_009275	TTAT	4	12468	12483	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	139389082
37	NC_009275	T	13	12643	12655	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139389082
38	NC_009275	T	14	12933	12946	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_009275	AAT	4	13078	13089	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009275	AAAT	3	13626	13637	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_009275	ATA	4	13741	13752	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_009275	AT	6	13813	13826	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_009275	TTCT	3	13882	13893	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
44	NC_009275	GAAA	3	14101	14111	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_009275	CA	6	14981	14992	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
46	NC_009275	GAT	4	15317	15329	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	139389085
47	NC_009275	T	13	18038	18050	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139389086
48	NC_009275	TTCA	3	22167	22178	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139389087
49	NC_009275	T	13	22571	22583	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139389087
50	NC_009275	GTT	4	23170	23181	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	139389087
51	NC_009275	TCA	4	25524	25534	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139389088
52	NC_009275	T	12	25797	25808	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139389088
53	NC_009275	GAATA	4	26929	26947	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
54	NC_009275	AAAT	3	27341	27352	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_009275	AT	11	27439	27460	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_009275	A	12	27477	27488	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_009275	TAT	4	28188	28198	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_009275	CAAA	3	28579	28590	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009275	T	14	29002	29015	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_009275	ATTTT	3	29610	29625	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_009275	AAGA	3	30393	30404	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_009275	TTTC	3	30815	30825	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_009275	ATTT	3	30842	30853	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_009275	AT	7	31069	31084	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_009275	TAA	6	31291	31309	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
66	NC_009275	TAT	4	31882	31892	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_009275	GAAA	3	33877	33888	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139389092
68	NC_009275	AG	6	35028	35038	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_009275	TTAT	3	35058	35068	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_009275	ACTA	3	35849	35860	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
71	NC_009275	ATA	5	35986	36001	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_009275	AAAC	3	36436	36447	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
73	NC_009275	ATA	4	36921	36932	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_009275	ATG	4	38402	38412	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389095
75	NC_009275	GCA	4	40300	40311	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139389096
76	NC_009275	TG	6	40337	40347	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	139389096
77	NC_009275	ATG	4	40626	40636	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389096
78	NC_009275	TTTTC	3	41601	41614	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
79	NC_009275	T	15	41736	41750	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009275	TAGA	3	42003	42014	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_009275	ATTT	3	42089	42099	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_009275	A	15	42196	42210	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
83	NC_009275	TTAA	5	42610	42629	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	157011964
84	NC_009275	AGA	5	43787	43802	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	157011964
85	NC_009275	TTG	4	43828	43838	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	157011964
86	NC_009275	TAG	4	43890	43900	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	157011964
87	NC_009275	GTAA	3	44136	44146	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	157011964
88	NC_009275	A	12	44411	44422	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009275	ACAAA	3	45535	45549	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
90	NC_009275	TAAA	3	45992	46003	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009275	T	13	46100	46112	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009275	TAT	6	46165	46181	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
93	NC_009275	TAA	4	46324	46336	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_009275	AATGAT	3	47633	47649	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
95	NC_009275	A	12	48394	48405	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009275	GTTT	3	48467	48478	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009275	CTAA	3	49136	49147	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	139389100
98	NC_009275	TAT	5	49846	49860	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_009275	AAAT	3	50165	50175	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	139389101
100	NC_009275	ATTGG	3	50295	50309	15	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_009275	GATT	3	50404	50415	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_009275	TTAA	3	50437	50448	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_009275	CTA	4	50462	50473	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
104	NC_009275	ATAG	3	50905	50916	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009275	AGAA	3	51035	51046	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_009275	TTA	4	51168	51179	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_009275	ATTT	3	51315	51325	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_009275	CTTTT	3	52102	52115	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
109	NC_009275	TAT	4	54593	54603	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_009275	TTG	4	54823	54833	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_009275	T	13	56761	56773	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009275	TA	6	57129	57139	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389105
113	NC_009275	ATAA	3	58581	58591	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_009275	AT	6	59037	59047	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_009275	T	16	60290	60305	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_009275	AT	6	61631	61641	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389109
117	NC_009275	TCTTG	4	62978	62996	19	0 %	60 %	20 %	20 %	10 %	Non-Coding
118	NC_009275	TA	6	63049	63059	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_009275	AT	13	63066	63091	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_009275	TA	6	63098	63108	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_009275	TAAA	4	63189	63204	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_009275	TTTTTA	3	63317	63335	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
123	NC_009275	AT	7	63718	63732	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
124	NC_009275	CAGC	3	64010	64021	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	139389112
125	NC_009275	TTTCT	3	64524	64538	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
126	NC_009275	A	16	65262	65277	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_009275	T	15	65355	65369	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
128	NC_009275	GAAAA	3	65902	65916	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
129	NC_009275	CTT	4	66555	66566	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
130	NC_009275	T	12	66593	66604	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_009275	TA	6	66834	66844	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_009275	AAG	4	66862	66874	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_009275	A	13	67238	67250	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
134	NC_009275	A	17	68323	68339	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
135	NC_009275	TTGA	3	71270	71281	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	139389143
136	NC_009275	TGTC	3	71491	71501	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	139389143
137	NC_009275	ATTTT	3	71572	71585	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	139389143
138	NC_009275	AT	6	71640	71650	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389143
139	NC_009275	A	12	71985	71996	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	139389143
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231	NC_009275	AAAT	3	140073	140084	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	139389120
232	NC_009275	GAA	4	140102	140113	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	139389120
233	NC_009275	CATA	3	141166	141177	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	139389120
234	NC_009275	ACCGG	3	144505	144519	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
235	NC_009275	AT	6	144755	144766	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
236	NC_009275	CCAT	3	145733	145744	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
237	NC_009275	CTCCTT	3	146594	146611	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	139389160
238	NC_009275	ATCA	3	148275	148287	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	139389160
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241	NC_009275	ATC	4	154408	154418	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139389162

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