ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Lobularia maritima chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009274	AATA	3	133	143	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_009274	TACC	3	578	588	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	139390133
3	NC_009274	TCT	4	692	702	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139390133
4	NC_009274	CAG	4	956	967	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139390133
5	NC_009274	AT	7	3796	3809	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_009274	T	13	4095	4107	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_009274	CAAA	3	4332	4342	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
8	NC_009274	TTTTA	3	4625	4639	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009274	ATGA	3	4641	4651	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_009274	TATTTT	3	4725	4743	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
11	NC_009274	TA	6	4759	4771	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_009274	AAT	4	4914	4925	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_009274	A	13	5248	5260	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_009274	AT	7	5738	5751	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_009274	CA	6	5801	5811	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
16	NC_009274	TTCT	3	6246	6257	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
17	NC_009274	CTT	4	6615	6626	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
18	NC_009274	CTTTT	3	6871	6885	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
19	NC_009274	AGAAA	3	6893	6906	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_009274	T	13	6967	6979	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009274	TTCT	3	7051	7062	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139390136
22	NC_009274	TTAATA	3	7145	7162	18	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009274	TA	7	7409	7421	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_009274	TA	6	7442	7452	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_009274	AT	6	7503	7513	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_009274	CTTT	3	8039	8050	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_009274	AGAA	3	8411	8422	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_009274	TA	7	9043	9055	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_009274	GTTT	3	9185	9196	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	139390137
30	NC_009274	T	15	11991	12005	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_009274	AAT	4	12135	12146	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009274	AAAT	3	12695	12706	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_009274	ATT	4	12811	12821	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_009274	GAT	4	14387	14399	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_009274	AAAATT	3	14926	14943	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
36	NC_009274	A	17	15069	15085	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
37	NC_009274	T	13	17113	17125	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139390142
38	NC_009274	TTCA	3	21242	21253	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139390143
39	NC_009274	T	12	21638	21649	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139390143
40	NC_009274	GTT	4	22235	22246	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	139390143
41	NC_009274	TCA	4	24589	24599	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139390144
42	NC_009274	T	12	24862	24873	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139390144
43	NC_009274	TAAG	3	26011	26022	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009274	AAAT	3	26430	26441	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_009274	A	13	26554	26566	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_009274	AATT	3	26895	26907	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_009274	TAT	4	27242	27253	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_009274	TC	6	27363	27374	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	139390145
49	NC_009274	CAAA	3	27631	27642	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009274	TAC	4	27849	27859	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
51	NC_009274	TTTA	3	28671	28681	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_009274	AAT	4	28871	28882	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_009274	AAGA	3	29477	29488	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_009274	TTTC	3	29824	29834	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_009274	TTCT	5	29835	29853	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
56	NC_009274	ATTT	3	29878	29889	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_009274	AT	11	30163	30183	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_009274	TAA	4	30362	30374	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_009274	TAT	4	30753	30763	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_009274	AAAG	3	30973	30984	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_009274	AATTA	3	31135	31149	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_009274	GAAA	3	32770	32781	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139390148
63	NC_009274	A	22	33878	33899	22	100 %	0 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_009274	AG	6	33915	33925	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_009274	TTAT	3	33945	33955	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_009274	TTAATA	5	34887	34917	31	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_009274	AAAC	3	35331	35342	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
68	NC_009274	T	13	35874	35886	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_009274	AATA	3	36943	36953	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	139390151
70	NC_009274	ATG	4	37297	37307	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139390151
71	NC_009274	GCA	4	39195	39206	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139390152
72	NC_009274	TG	6	39232	39242	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	139390152
73	NC_009274	ATG	4	39521	39531	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139390152
74	NC_009274	TAGA	3	40867	40878	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_009274	A	14	41061	41074	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_009274	AGA	4	42684	42696	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	157011971
77	NC_009274	TAG	4	42784	42794	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	157011971
78	NC_009274	AAATA	3	42988	43001	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	157011971
79	NC_009274	GTAA	3	43027	43037	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	157011971
80	NC_009274	A	13	44722	44734	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009274	T	13	45133	45145	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_009274	TAT	4	45158	45169	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_009274	AT	6	46617	46627	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_009274	CTAA	3	47617	47628	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	139390156
85	NC_009274	GATT	3	48879	48890	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_009274	ACTT	3	48910	48920	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
87	NC_009274	TAATA	4	48970	48988	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
88	NC_009274	A	14	49052	49065	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_009274	TTA	4	49474	49485	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_009274	A	13	49588	49600	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_009274	T	27	50417	50443	27	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
92	NC_009274	CTTT	4	52700	52715	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
93	NC_009274	TAT	4	52870	52881	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_009274	TTG	4	53101	53111	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_009274	AAAGA	3	54751	54764	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_009274	TTTTA	4	54959	54978	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
97	NC_009274	TTACTT	3	55129	55145	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
98	NC_009274	TA	6	55425	55435	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139390161
99	NC_009274	T	12	55636	55647	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139390161
100	NC_009274	AAT	4	55813	55824	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	139390161
101	NC_009274	A	13	57128	57140	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_009274	AT	6	57284	57294	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_009274	AT	6	57325	57335	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_009274	TAT	4	57825	57836	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_009274	ATTT	3	58585	58596	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_009274	AT	6	59978	59988	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139390165
107	NC_009274	TA	7	61405	61419	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
108	NC_009274	TAAA	4	61487	61502	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_009274	A	13	61496	61508	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_009274	TAAGT	3	61665	61678	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_009274	CAGC	3	62289	62300	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	139390168
112	NC_009274	A	15	63414	63428	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
113	NC_009274	TAGA	3	63499	63509	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_009274	T	14	63514	63527	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_009274	TTGAA	3	63565	63578	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_009274	TCTT	3	63646	63657	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
117	NC_009274	GAAAA	3	64085	64099	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
118	NC_009274	AT	7	64776	64788	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_009274	TA	6	64979	64989	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_009274	AT	6	67893	67904	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	139390199
121	NC_009274	TATT	3	67991	68001	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	139390199
122	NC_009274	T	14	68541	68554	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139390199
123	NC_009274	TTGA	3	69358	69369	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	139390199
124	NC_009274	CTT	4	69555	69566	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	139390199
125	NC_009274	TGTC	3	69595	69605	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	139390199
126	NC_009274	AT	6	69759	69769	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139390199
127	NC_009274	AGAA	3	71627	71638	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139390199
128	NC_009274	TAAACA	3	72249	72265	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	139390199
129	NC_009274	T	16	76270	76285	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	139390199
130	NC_009274	TCT	4	76359	76369	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139390199
131	NC_009274	TTTA	3	77123	77134	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	139390199
132	NC_009274	CTTATC	12	77977	78048	72	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	8 %	139390199
133	NC_009274	TTCA	3	78168	78179	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139390199
134	NC_009274	TA	8	78798	78813	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	139390199
135	NC_009274	TAT	7	78842	78861	20	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	139390199
136	NC_009274	TTTC	4	80592	80607	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	139390199
137	NC_009274	TTTATT	3	80667	80685	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	139390199
138	NC_009274	CAAT	3	81110	81120	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	139390199
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208	NC_009274	AATA	3	137624	137635	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	139390176
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211	NC_009274	AAAT	3	139615	139625	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
212	NC_009274	T	12	139629	139640	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
213	NC_009274	CT	8	140468	140483	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	169217773
214	NC_009274	CCGGA	3	142055	142069	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
215	NC_009274	TATT	3	143176	143186	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
216	NC_009274	CATAC	3	143285	143298	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
217	NC_009274	CTCCTT	3	144150	144167	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	139390218
218	NC_009274	ATCA	3	145831	145843	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	139390218
219	NC_009274	TGAT	3	145926	145938	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	139390218
220	NC_009274	AGA	4	147280	147291	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	139390218
221	NC_009274	AAAG	3	147658	147668	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	139390218
222	NC_009274	TATT	3	148753	148764	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	139390218
223	NC_009274	ATC	4	151969	151979	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139390220

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Lobularia maritima chloroplast