ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Lepidium virginicum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009273	TACC	3	487	497	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	139388890
2	NC_009273	TCT	4	601	611	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139388890
3	NC_009273	CAG	4	865	876	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139388890
4	NC_009273	TTTA	3	3651	3662	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_009273	CTAT	3	4315	4326	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_009273	TA	6	4614	4624	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_009273	TTCA	3	4871	4882	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139388892
8	NC_009273	TCTCT	3	5047	5060	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	139388892
9	NC_009273	ATTTTG	3	5426	5444	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	139388892
10	NC_009273	TGTA	3	6182	6193	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_009273	TA	8	6225	6240	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_009273	CA	6	6288	6298	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
13	NC_009273	TTC	4	6357	6367	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
14	NC_009273	T	12	7430	7441	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009273	TTCT	3	7504	7515	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139388894
16	NC_009273	T	12	7843	7854	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009273	TA	6	7887	7898	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_009273	TA	6	7920	7931	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_009273	TA	8	7970	7986	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
20	NC_009273	AGAA	3	8870	8881	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_009273	CAATAT	4	9426	9449	24	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
22	NC_009273	TA	7	9481	9493	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_009273	TTGT	3	11452	11462	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	139388896
24	NC_009273	TATTCA	3	11898	11914	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	139388896
25	NC_009273	AAT	4	12781	12792	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009273	AAAT	3	13329	13340	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_009273	TAAT	3	13381	13392	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009273	ATA	4	13442	13453	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_009273	A	12	13803	13814	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_009273	TTTA	3	14626	14637	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_009273	GAT	4	15006	15018	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	139388899
32	NC_009273	T	13	16974	16986	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139388900
33	NC_009273	T	13	17729	17741	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139388900
34	NC_009273	TTCA	3	21860	21871	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139388901
35	NC_009273	T	12	22253	22264	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139388901
36	NC_009273	GTT	4	22851	22862	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	139388901
37	NC_009273	TCA	4	25205	25215	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139388902
38	NC_009273	T	12	25478	25489	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139388902
39	NC_009273	ATTTT	3	26534	26547	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_009273	TTAA	3	26848	26859	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_009273	TTA	4	26910	26921	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_009273	TC	6	27871	27882	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	139388903
43	NC_009273	CAAA	3	28125	28136	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009273	TAC	4	28331	28342	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009273	TAT	4	28540	28551	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_009273	T	12	28548	28559	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_009273	AATAAA	3	28913	28931	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
48	NC_009273	ATTTT	3	29152	29167	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_009273	T	13	29523	29535	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_009273	AAGA	3	29944	29955	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_009273	ATTT	3	30373	30383	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_009273	ATAA	3	30556	30567	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_009273	AAAAAC	3	30930	30946	17	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
54	NC_009273	AT	11	31035	31055	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_009273	ATTC	3	31209	31221	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
56	NC_009273	TAA	6	31222	31240	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
57	NC_009273	AAT	4	31692	31703	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_009273	TAT	4	31807	31817	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_009273	AAAG	3	32029	32040	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_009273	GAAA	3	33822	33833	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139388906
61	NC_009273	GCA	4	34717	34728	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139388906
62	NC_009273	AG	6	34969	34979	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_009273	TAAA	3	35328	35340	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_009273	ATAA	4	35783	35798	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_009273	ATA	5	35948	35963	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_009273	AAAC	3	36409	36420	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
67	NC_009273	ATG	4	38374	38384	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139388909
68	NC_009273	GCA	4	40272	40283	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139388910
69	NC_009273	TG	6	40309	40319	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	139388910
70	NC_009273	ATG	4	40598	40608	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139388910
71	NC_009273	GAAAA	4	41949	41967	19	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
72	NC_009273	TAGA	3	41973	41985	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_009273	AAAG	3	42219	42230	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_009273	TTAA	5	42625	42644	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	157011963
75	NC_009273	TAG	4	43888	43898	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	157011963
76	NC_009273	AAATA	3	44093	44106	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	157011963
77	NC_009273	GTAA	3	44132	44142	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	157011963
78	NC_009273	ACAAA	3	45514	45528	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
79	NC_009273	T	13	46194	46206	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009273	TTGT	3	46235	46246	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_009273	TAT	6	46260	46276	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
82	NC_009273	CTTTT	3	46278	46291	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
83	NC_009273	A	16	46462	46477	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_009273	CTAA	3	49053	49064	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	139388914
85	NC_009273	TAT	4	49762	49773	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_009273	GATT	3	50314	50325	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_009273	TAATA	4	50388	50406	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
88	NC_009273	TAT	4	50405	50416	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_009273	AATTT	3	50587	50601	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_009273	GATA	3	50807	50818	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009273	TTA	4	51035	51046	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_009273	CTTT	3	51970	51981	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
93	NC_009273	T	12	52025	52036	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009273	TAT	4	54471	54482	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_009273	TTG	4	54702	54712	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_009273	TTTTA	4	56557	56575	19	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
97	NC_009273	T	13	56645	56657	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009273	AATT	3	56709	56720	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_009273	TTACTT	3	56725	56741	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
100	NC_009273	TA	6	57013	57023	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139388919
101	NC_009273	T	12	57224	57235	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139388919
102	NC_009273	AT	6	58906	58916	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_009273	ATTT	3	59387	59398	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_009273	TGAA	3	60060	60072	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	139388921
105	NC_009273	AT	6	61479	61489	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139388923
106	NC_009273	TA	6	62889	62899	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_009273	T	12	62957	62968	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009273	TAAA	4	62986	63001	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_009273	A	17	62995	63011	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
110	NC_009273	CAGC	3	63789	63800	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	139388926
111	NC_009273	GAA	4	64627	64638	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_009273	ATA	7	64675	64696	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_009273	TTTA	3	64743	64754	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_009273	TAAA	3	64895	64907	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_009273	A	13	65088	65100	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_009273	TAGA	3	65166	65176	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_009273	T	13	65181	65193	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_009273	CTT	4	66401	66412	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
119	NC_009273	TA	6	66668	66678	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_009273	AT	8	67556	67571	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_009273	TCTT	3	69163	69173	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
122	NC_009273	AAAG	3	70986	70996	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	139388957
123	NC_009273	TAA	4	71030	71040	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	139388957
124	NC_009273	TTGA	3	71067	71078	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	139388957
125	NC_009273	TGTC	3	71294	71304	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	139388957
126	NC_009273	TGAA	3	71994	72004	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	139388957
127	NC_009273	GCTG	3	73123	73135	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	139388957
128	NC_009273	AGAA	3	73294	73305	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139388957
129	NC_009273	TCTT	4	73885	73900	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	139388957
130	NC_009273	A	17	76613	76629	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	139388957
131	NC_009273	ATTTCA	3	77723	77740	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	139388957
132	NC_009273	T	16	77961	77976	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	139388957
133	NC_009273	TCT	4	78050	78060	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139388957
134	NC_009273	CTATAC	3	79673	79690	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	139388957
135	NC_009273	AAATC	3	79726	79739	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	139388957
136	NC_009273	TCA	4	81630	81640	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139388957
137	NC_009273	A	13	81745	81757	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	139388957
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213	NC_009273	AAAT	3	139734	139745	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	139388934
214	NC_009273	AATA	3	139746	139757	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	139388934
215	NC_009273	GAA	4	139763	139774	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	139388934
216	NC_009273	CATA	3	140827	140838	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	139388934
217	NC_009273	ACCGG	3	144165	144179	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
218	NC_009273	AT	6	144411	144422	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
219	NC_009273	CATAC	3	145383	145396	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
220	NC_009273	CTCCTT	3	146248	146265	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	139388976
221	NC_009273	ATCA	3	147929	147941	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	139388976
222	NC_009273	TGAT	3	148024	148036	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	139388976
223	NC_009273	AGA	4	149366	149377	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	139388976
224	NC_009273	AAAG	3	149744	149754	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	139388976
225	NC_009273	TATT	3	150827	150838	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	139388976
226	NC_009273	ATC	4	154053	154063	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139388978

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Lepidium virginicum chloroplast