ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Crucihimalaya wallichii chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009271	TACC	3	578	588	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	139389781
2	NC_009271	T	12	2946	2957	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139389782
3	NC_009271	TTTA	3	3753	3764	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_009271	AT	8	3791	3806	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_009271	GAAAA	3	4477	4491	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_009271	TTTA	3	4608	4618	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_009271	ATA	4	4638	4650	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_009271	TA	10	4642	4663	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_009271	TAA	4	4804	4815	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_009271	TCTCT	3	5090	5103	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	139389783
11	NC_009271	ATTC	3	5492	5502	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	139389783
12	NC_009271	TACCT	3	6307	6320	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
13	NC_009271	CA	6	6322	6332	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
14	NC_009271	T	16	7359	7374	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_009271	TTCT	3	7489	7500	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139389785
16	NC_009271	TA	7	7863	7875	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_009271	TA	7	7979	7991	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_009271	TCTT	3	8170	8180	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
19	NC_009271	ATTTTG	3	9028	9045	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
20	NC_009271	TA	6	9511	9521	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_009271	TA	8	9533	9547	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_009271	GTTT	3	9838	9849	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	139389786
23	NC_009271	TATTCA	3	11905	11921	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	139389787
24	NC_009271	TTTC	3	12018	12029	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139389787
25	NC_009271	TTAT	3	12048	12059	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	139389787
26	NC_009271	A	12	12085	12096	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	139389787
27	NC_009271	T	18	12334	12351	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	139389787
28	NC_009271	CTTTTT	3	12629	12647	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
29	NC_009271	AAT	4	12764	12775	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009271	AAAT	3	13312	13323	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_009271	T	12	13560	13571	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_009271	GAT	4	14987	14999	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	139389790
33	NC_009271	TCAA	3	15930	15941	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	139389791
34	NC_009271	T	13	17709	17721	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139389791
35	NC_009271	TTCA	3	21840	21851	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139389792
36	NC_009271	T	12	22249	22260	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139389792
37	NC_009271	GTT	4	22847	22858	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	139389792
38	NC_009271	TCA	4	25201	25211	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139389793
39	NC_009271	T	12	25474	25485	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139389793
40	NC_009271	A	23	27038	27060	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_009271	AT	6	27156	27167	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_009271	A	15	27182	27196	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_009271	TC	6	28008	28019	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	139389794
44	NC_009271	T	14	28697	28710	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_009271	TATT	3	28929	28940	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009271	A	24	29570	29593	24	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_009271	AAAG	5	30046	30064	19	75 %	0 %	25 %	0 %	10 %	Non-Coding
48	NC_009271	A	13	30893	30905	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_009271	TA	6	30978	30991	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_009271	AT	7	30992	31005	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_009271	TTCT	3	31129	31141	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
52	NC_009271	TAA	6	31217	31235	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_009271	TAT	4	31815	31825	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_009271	A	15	32044	32058	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_009271	GAAA	3	33839	33850	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139389797
56	NC_009271	GGGA	3	33959	33970	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	139389797
57	NC_009271	AG	6	34989	34999	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_009271	AAAT	3	35790	35801	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_009271	ATTAT	3	35877	35891	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009271	AT	6	35956	35967	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_009271	A	13	36957	36969	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_009271	ATG	4	38364	38374	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389800
63	NC_009271	GCA	4	40262	40273	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139389801
64	NC_009271	TG	6	40299	40309	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	139389801
65	NC_009271	T	18	41814	41831	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
66	NC_009271	TTA	4	41861	41873	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_009271	TAGA	3	41947	41958	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_009271	A	14	42154	42167	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_009271	TTAA	5	42556	42575	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	157011967
70	NC_009271	TAG	4	43817	43827	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	157011967
71	NC_009271	A	12	44029	44040	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	157011967
72	NC_009271	GTAA	3	44066	44076	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	157011967
73	NC_009271	AT	6	45592	45603	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_009271	AACT	3	45605	45616	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
75	NC_009271	TAAA	3	46120	46130	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_009271	TTGT	3	46197	46208	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_009271	TAT	6	46222	46238	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_009271	CTTTT	3	46239	46253	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
79	NC_009271	A	15	46386	46400	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009271	T	13	49667	49679	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_009271	GATT	3	50226	50237	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_009271	TAATA	4	50296	50314	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
83	NC_009271	GATA	3	50697	50708	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009271	AGAA	3	50828	50839	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_009271	TTA	4	50963	50974	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_009271	CTTTT	3	51905	51918	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
87	NC_009271	T	14	51961	51974	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009271	A	12	54094	54105	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_009271	T	15	54239	54253	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009271	TTG	4	54633	54643	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_009271	ATTAG	3	56133	56147	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009271	A	13	56284	56296	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_009271	ATTT	3	56478	56488	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_009271	T	14	56562	56575	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_009271	TA	6	56922	56932	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389810
96	NC_009271	TA	7	58822	58834	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_009271	TTA	4	59297	59307	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_009271	TATT	3	60248	60259	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_009271	TA	7	62841	62853	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_009271	AT	7	62861	62875	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_009271	TA	6	62882	62892	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_009271	ATA	4	62904	62914	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_009271	T	19	62932	62950	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
104	NC_009271	TAAA	4	62968	62983	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
105	NC_009271	TTA	4	63218	63229	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_009271	CAGC	3	63803	63814	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	139389817
107	NC_009271	TTTCT	3	64311	64324	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
108	NC_009271	ATA	7	64673	64693	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_009271	A	15	65076	65090	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
110	NC_009271	TAGA	3	65157	65167	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_009271	GAAAA	3	65739	65753	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
112	NC_009271	TA	6	66662	66672	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_009271	AAAG	3	66685	66695	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_009271	A	18	68130	68147	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
115	NC_009271	TTAT	3	68311	68322	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	139389824
116	NC_009271	TTGA	3	71062	71073	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	139389848
117	NC_009271	TGTC	3	71294	71304	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	139389848
118	NC_009271	A	12	71777	71788	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	139389848
119	NC_009271	GCTG	3	73127	73139	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	139389848
120	NC_009271	AGAA	3	73298	73309	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139389848
121	NC_009271	CTTT	3	73885	73896	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139389848
122	NC_009271	TATAA	3	76163	76176	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	139389848
123	NC_009271	A	15	76611	76625	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	139389848
124	NC_009271	T	16	77946	77961	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	139389848
125	NC_009271	TCT	4	78035	78045	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139389848
126	NC_009271	TTGT	3	79283	79294	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	139389848
127	NC_009271	TTCA	3	79795	79806	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139389848
128	NC_009271	AGATAT	3	81559	81576	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	139389848
129	NC_009271	ATC	4	81702	81712	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139389848
130	NC_009271	TCTT	4	82261	82276	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	139389848
131	NC_009271	ATCT	3	82384	82396	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	139389848
132	NC_009271	TTCT	3	82491	82501	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	139389848
133	NC_009271	CAAT	3	82815	82825	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	139389848
134	NC_009271	AATT	3	83147	83157	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389848
135	NC_009271	TTTC	3	83845	83855	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	139389848
136	NC_009271	GAT	4	84778	84788	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389848
137	NC_009271	ATATG	3	86150	86164	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	139389848
138	NC_009271	TAAAGA	3	87041	87058	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	139389848
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209	NC_009271	GAA	4	140164	140175	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	139389825
210	NC_009271	CATA	3	141228	141239	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	139389825
211	NC_009271	ACCGG	3	144566	144580	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
212	NC_009271	AT	6	144824	144835	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
213	NC_009271	CATAC	3	145795	145808	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
214	NC_009271	CTCCTT	3	146660	146677	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	139389867
215	NC_009271	ATCA	3	148341	148353	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	139389867
216	NC_009271	TGAT	3	148436	148448	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	139389867
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218	NC_009271	AAAG	3	150168	150178	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	139389867
219	NC_009271	TATT	3	151251	151262	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	139389867
220	NC_009271	TCTTTA	3	152239	152256	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	139389867
221	NC_009271	ATC	4	154509	154519	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139389869

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Crucihimalaya wallichii chloroplast