ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Arabis hirsuta chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009268	AT	17	276	312	37	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_009268	TACC	3	725	735	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	139389623
3	NC_009268	TCT	4	841	852	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	139389623
4	NC_009268	CAG	4	1103	1114	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139389623
5	NC_009268	T	18	4251	4268	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009268	CAAA	3	4490	4500	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
7	NC_009268	GAAA	5	4657	4676	20	75 %	0 %	25 %	0 %	10 %	Non-Coding
8	NC_009268	ATGA	5	4795	4813	19	50 %	25 %	25 %	0 %	10 %	Non-Coding
9	NC_009268	AT	8	4822	4836	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_009268	TAAA	3	5011	5021	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_009268	TTCA	3	5136	5147	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
12	NC_009268	TCCT	3	5188	5199	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
13	NC_009268	TTC	4	6591	6601	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
14	NC_009268	AGAA	3	7634	7645	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_009268	T	15	7707	7721	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009268	TTCT	3	7794	7805	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139389626
17	NC_009268	TA	7	8162	8174	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_009268	TA	7	8197	8210	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_009268	TTTTTA	3	8217	8235	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
20	NC_009268	TA	6	8267	8278	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_009268	AT	8	8283	8299	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
22	NC_009268	TAT	4	8309	8321	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_009268	T	14	9671	9684	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009268	AT	6	9797	9808	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_009268	TATT	3	9812	9823	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009268	TAT	4	9844	9855	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_009268	TA	6	9973	9985	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_009268	TTAAA	3	10038	10052	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_009268	GTTT	3	10218	10229	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	139389627
30	NC_009268	A	13	11654	11666	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_009268	CTTTT	3	13003	13017	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
32	NC_009268	AAT	4	13142	13153	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009268	AAAT	3	13688	13699	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_009268	ATT	5	13801	13815	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_009268	A	12	14095	14106	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_009268	TTTA	3	14914	14925	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_009268	T	13	18021	18033	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139389632
38	NC_009268	TTCA	3	22146	22157	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139389633
39	NC_009268	GTT	4	23147	23158	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	139389633
40	NC_009268	TCA	4	25501	25511	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139389634
41	NC_009268	T	12	25774	25785	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139389634
42	NC_009268	TTA	4	27195	27205	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_009268	AAAT	3	27778	27788	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_009268	TC	6	28122	28133	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	139389635
45	NC_009268	CAAA	3	28383	28394	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009268	ATTTAT	3	28437	28454	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
47	NC_009268	TAT	4	28797	28808	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_009268	AAT	4	29616	29627	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_009268	GAAA	3	29703	29713	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_009268	AATA	3	30080	30090	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_009268	AAGA	3	30213	30224	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_009268	A	17	30290	30306	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009268	ATTT	3	30667	30678	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_009268	T	15	30733	30747	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009268	TA	12	30912	30934	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_009268	TTTAC	3	31055	31068	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
57	NC_009268	TAA	6	31144	31162	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
58	NC_009268	GAAT	3	31217	31227	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_009268	AT	6	31256	31267	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_009268	TAT	4	31529	31539	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_009268	GAAA	3	33417	33428	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139389638
62	NC_009268	GGA	4	33619	33630	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	139389638
63	NC_009268	CTGG	3	34497	34509	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
64	NC_009268	AG	6	34597	34607	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_009268	TTAT	3	34627	34637	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_009268	ATAA	3	35415	35426	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_009268	AT	7	35529	35541	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_009268	AT	12	35544	35569	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_009268	AAAC	3	36005	36016	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
70	NC_009268	AT	6	36561	36572	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_009268	AATA	3	36583	36594	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_009268	GAT	4	37969	37979	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389641
73	NC_009268	GCA	4	39868	39879	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139389642
74	NC_009268	TG	6	39905	39915	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	139389642
75	NC_009268	ATG	4	40194	40204	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389642
76	NC_009268	T	17	41521	41537	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
77	NC_009268	AAAG	3	41547	41558	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_009268	A	16	41779	41794	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_009268	TTAA	5	42184	42203	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	157011966
80	NC_009268	AAAG	3	43205	43215	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	157011966
81	NC_009268	AGA	4	43363	43375	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	157011966
82	NC_009268	TAG	4	43464	43474	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	157011966
83	NC_009268	GTAA	3	43702	43712	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	157011966
84	NC_009268	T	17	43899	43915	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
85	NC_009268	ACAAA	3	45076	45090	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
86	NC_009268	TTAT	3	45592	45603	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_009268	TAAA	3	45672	45683	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009268	TTAA	4	45692	45708	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
89	NC_009268	T	18	45789	45806	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009268	TTGTT	3	45834	45847	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_009268	TAT	4	45860	45874	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_009268	AAT	6	46003	46023	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_009268	A	30	46052	46081	30	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_009268	AT	16	46133	46163	31	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_009268	ATTT	3	46961	46972	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_009268	T	13	49080	49092	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_009268	GATT	3	49634	49645	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_009268	ATT	4	49917	49929	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_009268	GATA	3	49964	49975	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009268	AGAA	3	50095	50106	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_009268	TTA	4	50235	50246	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_009268	A	14	50348	50361	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_009268	T	17	51234	51250	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009268	TTTTAT	3	53705	53722	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
105	NC_009268	TTG	4	53935	53945	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_009268	T	14	55498	55511	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009268	T	18	55912	55929	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
108	NC_009268	TA	6	56289	56299	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389651
109	NC_009268	T	12	56500	56511	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139389651
110	NC_009268	ATAG	3	57850	57860	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_009268	AAAAG	3	57872	57885	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_009268	AT	6	58080	58090	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_009268	T	15	58325	58339	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_009268	ATTT	3	58502	58513	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009268	TATT	3	58515	58526	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009268	TATT	3	58529	58540	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009268	CATT	3	59380	59391	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
118	NC_009268	AT	6	60700	60710	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389655
119	NC_009268	C	13	61755	61767	13	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009268	TA	6	62136	62148	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_009268	T	27	62184	62210	27	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
122	NC_009268	TAAA	4	62221	62236	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_009268	CAGC	3	63035	63046	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	139389658
124	NC_009268	T	19	63552	63570	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
125	NC_009268	AT	6	65208	65218	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_009268	AACT	3	65387	65398	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
127	NC_009268	TA	6	65425	65435	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_009268	C	13	65663	65675	13	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009268	ATTT	3	65894	65905	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_009268	ATA	4	66264	66274	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
131	NC_009268	AT	8	66282	66297	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
132	NC_009268	AT	7	66302	66315	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_009268	A	19	66880	66898	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
134	NC_009268	T	15	68994	69008	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	139389689
135	NC_009268	CACC	3	69630	69641	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	139389689
136	NC_009268	TGTC	3	70023	70033	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	139389689
137	NC_009268	AGAA	3	72034	72045	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139389689
138	NC_009268	TAAACA	3	72662	72678	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	139389689
139	NC_009268	A	20	75359	75378	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	139389689
140	NC_009268	ATGT	3	76558	76569	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	139389689
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223	NC_009268	AAAT	3	138643	138654	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	139389666
224	NC_009268	GAA	4	138672	138683	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	139389666
225	NC_009268	CATA	3	139736	139747	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	139389666
226	NC_009268	ACCGG	3	143078	143092	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
227	NC_009268	AT	6	143333	143344	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
228	NC_009268	CATAC	3	144304	144317	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
229	NC_009268	CTCCTT	3	145163	145180	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	139389706
230	NC_009268	ATCA	3	146844	146856	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	139389706
231	NC_009268	TGAT	3	146939	146951	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	139389706
232	NC_009268	AGA	4	148302	148313	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	139389706
233	NC_009268	TATT	3	149775	149786	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	139389706
234	NC_009268	ATT	4	149967	149979	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	139389706

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Arabis hirsuta chloroplast