ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Olimarabidopsis pumila chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009267	AATA	3	143	153	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_009267	TACC	3	590	600	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	139389398
3	NC_009267	T	14	2952	2965	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139389399
4	NC_009267	TTTA	3	3759	3770	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_009267	AT	6	3797	3808	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_009267	T	14	4083	4096	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009267	T	18	4615	4632	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_009267	AT	6	4659	4669	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_009267	TCT	4	4730	4740	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
10	NC_009267	ATTT	3	4769	4779	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_009267	TAA	4	4899	4910	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_009267	TCTCT	3	5200	5213	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	139389400
13	NC_009267	CA	6	6393	6403	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
14	NC_009267	TTC	4	6462	6472	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
15	NC_009267	TATT	4	7452	7467	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_009267	TTCT	3	7586	7597	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139389402
17	NC_009267	TA	7	7942	7954	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_009267	TATAT	4	7968	7988	21	40 %	60 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
19	NC_009267	AT	8	8006	8021	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_009267	TA	8	8030	8044	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_009267	AT	6	8046	8056	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_009267	TA	8	9551	9567	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
23	NC_009267	TATTCA	3	11974	11990	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	139389404
24	NC_009267	T	13	12708	12720	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_009267	AAT	4	12853	12864	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009267	AAAT	3	13402	13413	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_009267	TAAT	3	13454	13465	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_009267	ATA	4	13515	13526	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_009267	TGTT	3	15213	15223	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	139389407
30	NC_009267	T	13	17831	17843	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139389408
31	NC_009267	GAATG	4	18221	18240	20	40 %	20 %	40 %	0 %	5 %	139389408
32	NC_009267	TTCA	3	21962	21973	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139389409
33	NC_009267	T	15	22401	22415	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	139389409
34	NC_009267	TTA	4	22516	22527	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	139389409
35	NC_009267	GTT	4	22965	22976	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	139389409
36	NC_009267	TCA	4	25319	25329	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139389410
37	NC_009267	T	12	25592	25603	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139389410
38	NC_009267	ATAGA	3	26617	26630	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_009267	ACTTT	3	26654	26668	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009267	T	13	26783	26795	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_009267	AAAT	3	27158	27169	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_009267	TCT	4	27788	27800	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
43	NC_009267	TC	6	28101	28112	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	139389411
44	NC_009267	CAAA	3	28380	28391	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009267	TAT	4	28790	28801	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_009267	AAAT	3	29219	29229	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_009267	ATTTT	3	29403	29418	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_009267	AAGA	3	30180	30191	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_009267	TTTC	3	30602	30613	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_009267	ATTTT	3	30630	30643	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_009267	AT	12	31249	31271	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_009267	TAA	6	31464	31482	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_009267	TAT	4	31845	31855	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_009267	AAAG	3	31939	31949	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_009267	AAAAG	3	32068	32082	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_009267	TTA	5	32138	32152	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_009267	GAAA	3	33870	33881	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	193735621
58	NC_009267	AG	6	35019	35029	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_009267	TAGAA	3	35945	35958	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_009267	AT	13	35971	35996	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_009267	AAAC	3	36417	36428	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
62	NC_009267	ATG	4	38385	38395	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389417
63	NC_009267	GCA	4	40283	40294	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139389418
64	NC_009267	TG	6	40320	40330	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	139389418
65	NC_009267	ATG	4	40609	40619	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389418
66	NC_009267	GAAAA	4	41955	41973	19	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
67	NC_009267	TAGA	3	41977	41988	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_009267	AAAG	3	42187	42198	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_009267	TTAA	5	42594	42613	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	139389419
70	NC_009267	AGA	5	43757	43770	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_009267	TAG	4	43856	43866	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_009267	A	16	44059	44074	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_009267	GTAA	3	44099	44109	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_009267	TTTTC	3	45639	45653	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
75	NC_009267	TAAA	3	46057	46068	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009267	T	16	46165	46180	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_009267	TA	6	46225	46235	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_009267	TAA	4	46313	46324	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_009267	A	13	46343	46355	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_009267	TAT	4	49665	49676	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_009267	GATT	3	50217	50228	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_009267	ATT	6	50293	50310	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
83	NC_009267	TAGA	3	50665	50676	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_009267	AGAA	3	50802	50813	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_009267	TTA	4	50937	50948	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_009267	T	15	51869	51883	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_009267	TTA	4	54171	54183	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_009267	TTG	4	54592	54602	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_009267	ATTAG	3	56092	56106	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009267	A	15	56244	56258	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
91	NC_009267	T	12	56525	56536	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009267	AATT	3	56585	56596	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_009267	TA	6	56889	56899	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389427
94	NC_009267	T	12	57100	57111	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139389427
95	NC_009267	T	13	58627	58639	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009267	AT	6	58791	58801	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_009267	AAATA	3	58804	58817	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_009267	AT	6	61379	61389	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389431
99	NC_009267	TA	6	62793	62805	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_009267	ATA	4	62833	62843	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_009267	T	17	62866	62882	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
102	NC_009267	TAAA	3	62906	62921	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009267	TAA	4	62981	62992	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_009267	CAGC	3	63716	63727	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	139389434
105	NC_009267	TTAA	3	64413	64425	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_009267	C	15	64497	64511	15	0 %	0 %	0 %	100 %	6 %	Non-Coding
107	NC_009267	T	14	64512	64525	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009267	ATA	7	64613	64633	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_009267	TAAA	3	64832	64844	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_009267	A	15	65016	65030	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_009267	T	17	65040	65056	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
112	NC_009267	TAGA	3	65098	65108	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_009267	GAAAA	3	65679	65693	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_009267	TTAA	3	65809	65820	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	139389437
115	NC_009267	T	13	66021	66033	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_009267	CTT	4	66233	66244	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
117	NC_009267	TA	6	66499	66509	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_009267	AAAG	3	66522	66532	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_009267	AAAT	4	67391	67406	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
120	NC_009267	A	13	67952	67964	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_009267	TTAT	3	68125	68136	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	139389441
122	NC_009267	T	17	70076	70092	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	139389464
123	NC_009267	TGTC	3	71103	71113	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	139389464
124	NC_009267	AT	6	71240	71250	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389464
125	NC_009267	A	12	71584	71595	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	139389464
126	NC_009267	GCTG	3	72934	72946	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	139389464
127	NC_009267	AGAA	3	73105	73116	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139389464
128	NC_009267	TTCT	4	73702	73717	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	139389464
129	NC_009267	A	13	75046	75058	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	139389464
130	NC_009267	CCGT	3	75513	75524	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	139389464
131	NC_009267	A	17	76430	76446	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	139389464
132	NC_009267	TAAT	4	77461	77476	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	139389464
133	NC_009267	T	16	77764	77779	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	139389464
134	NC_009267	TCT	4	77853	77863	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139389464
135	NC_009267	T	15	79101	79115	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139389464
136	NC_009267	TTCA	3	79610	79621	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139389464
137	NC_009267	ATC	4	81511	81521	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139389464
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139	NC_009267	TTTC	4	82067	82082	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	139389464
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223	NC_009267	AAAG	3	149731	149741	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	139389480
224	NC_009267	TATT	3	150814	150825	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	139389480
225	NC_009267	ATC	4	154047	154057	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139389482

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Olimarabidopsis pumila chloroplast