ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Aethionema cordifolium chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009265	T	12	198	209	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_009265	TACC	3	524	534	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	139390329
3	NC_009265	TCT	4	638	648	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139390329
4	NC_009265	TGAA	3	1546	1557	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_009265	AATAGA	4	1864	1887	24	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_009265	T	12	2233	2244	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139390330
7	NC_009265	TTCCA	3	4134	4147	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
8	NC_009265	GAAAA	3	4440	4454	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_009265	TAT	4	4601	4611	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_009265	T	15	4631	4645	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_009265	TTCA	3	4927	4938	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
12	NC_009265	TGTA	3	6248	6259	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_009265	AT	7	6281	6294	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_009265	TTACC	3	6323	6336	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
15	NC_009265	AGAT	3	6460	6470	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_009265	TCTT	4	6819	6834	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
17	NC_009265	ATT	4	7123	7134	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_009265	TTCT	3	7550	7561	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139390332
19	NC_009265	TA	6	7914	7925	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_009265	TA	6	7962	7972	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_009265	TTA	4	7980	7990	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_009265	TA	7	8006	8021	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_009265	T	12	8256	8267	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_009265	GAAAA	3	9268	9282	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_009265	TA	7	9576	9590	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_009265	AAT	4	12746	12757	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009265	TAA	4	12868	12878	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_009265	AAAT	3	13297	13308	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_009265	ATA	4	13405	13416	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_009265	AT	6	13477	13488	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_009265	AGAT	3	13637	13649	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_009265	TTTA	3	14586	14597	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_009265	GAT	4	14973	14985	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	139390337
34	NC_009265	AAAT	3	15521	15531	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_009265	CAAA	3	15652	15662	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
36	NC_009265	AAAC	3	17514	17524	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	139390338
37	NC_009265	T	13	17697	17709	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139390338
38	NC_009265	CTCTTG	4	18070	18093	24	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	8 %	139390338
39	NC_009265	A	12	22135	22146	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	139390339
40	NC_009265	GTT	4	22783	22794	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	139390339
41	NC_009265	TCA	4	25140	25150	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139390340
42	NC_009265	TTCA	3	26111	26121	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
43	NC_009265	TATT	4	26602	26617	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_009265	TTA	4	26972	26982	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_009265	A	12	27113	27124	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009265	AATC	3	27384	27395	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
47	NC_009265	T	12	28048	28059	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009265	CAAA	3	28195	28206	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009265	AAAG	3	28266	28276	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_009265	TAC	4	28400	28411	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009265	AAGT	3	28963	28973	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_009265	TAAA	3	29059	29070	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_009265	ATTT	3	30415	30426	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_009265	A	13	30507	30519	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_009265	T	17	30746	30762	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
56	NC_009265	TTTAC	3	31177	31190	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
57	NC_009265	ATT	4	31260	31270	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_009265	TAT	4	31769	31779	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_009265	A	13	31997	32009	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_009265	GAAA	3	33790	33801	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139390344
61	NC_009265	AG	6	34943	34953	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_009265	AAAC	3	35663	35673	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_009265	TAA	4	35748	35759	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_009265	ATAA	3	35783	35794	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_009265	AT	6	35929	35940	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_009265	GAAAA	3	36359	36374	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_009265	ATA	4	36852	36863	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_009265	ATG	4	38333	38343	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139390347
69	NC_009265	GCA	4	40231	40242	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139390348
70	NC_009265	TG	6	40268	40278	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	139390348
71	NC_009265	ATG	4	40557	40567	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139390348
72	NC_009265	A	12	41753	41764	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_009265	A	18	41954	41971	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
74	NC_009265	AGA	5	43536	43551	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	157011977
75	NC_009265	TAG	4	43639	43649	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	157011977
76	NC_009265	GTAA	3	43889	43899	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	157011977
77	NC_009265	ATT	4	45395	45406	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_009265	TA	7	45408	45421	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_009265	TTAA	8	45892	45923	32	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_009265	TTGTT	3	46036	46049	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_009265	TAT	4	46062	46073	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_009265	T	15	46070	46084	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
83	NC_009265	A	13	46252	46264	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_009265	TTTCT	3	46887	46901	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
85	NC_009265	GATT	3	49730	49741	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_009265	GATA	3	50227	50238	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009265	TTA	4	50491	50502	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_009265	CTT	4	51420	51431	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
89	NC_009265	AATT	3	55994	56005	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_009265	TA	6	56279	56289	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139390357
91	NC_009265	AT	6	57834	57845	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_009265	ATT	4	57959	57971	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_009265	TA	7	58172	58184	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_009265	ATTT	3	58604	58615	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009265	TTA	4	58658	58668	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_009265	TGAA	3	59363	59375	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	139390359
97	NC_009265	TA	6	60627	60637	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_009265	TA	8	62336	62350	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_009265	T	19	62383	62401	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
100	NC_009265	CAGC	3	63224	63235	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	139390364
101	NC_009265	TTCT	3	63741	63752	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
102	NC_009265	TGT	4	64155	64165	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_009265	TAGA	3	64558	64568	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_009265	TCAA	3	64627	64638	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
105	NC_009265	T	12	64688	64699	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_009265	T	17	65816	65832	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
107	NC_009265	AAAG	3	66111	66121	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_009265	GAAA	3	66856	66867	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139390369
109	NC_009265	T	12	69642	69653	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139390394
110	NC_009265	TCAT	3	70480	70491	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139390394
111	NC_009265	ATA	4	70947	70957	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	139390394
112	NC_009265	A	13	71198	71210	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	139390394
113	NC_009265	AGAA	3	72718	72729	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139390394
114	NC_009265	TCT	4	73061	73071	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139390394
115	NC_009265	TAAA	3	73439	73449	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	139390394
116	NC_009265	AATT	3	74518	74529	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	139390394
117	NC_009265	ATA	4	74750	74760	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	139390394
118	NC_009265	T	16	77309	77324	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	139390394
119	NC_009265	TCT	4	77398	77408	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139390394
120	NC_009265	TACTTT	3	78668	78685	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	139390394
121	NC_009265	ATT	8	79822	79845	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	139390394
122	NC_009265	ATC	4	81072	81082	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139390394
123	NC_009265	A	13	81180	81192	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	139390394
124	NC_009265	TCAGAA	3	81272	81289	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	139390394
125	NC_009265	TTCTT	3	81868	81882	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	139390394
126	NC_009265	CAAT	3	82136	82146	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	139390394
127	NC_009265	AATT	3	82468	82478	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139390394
128	NC_009265	GAT	4	84098	84108	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139390394
129	NC_009265	ATATG	3	85444	85458	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	139390394
130	NC_009265	TTCT	3	87196	87206	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	139390394
131	NC_009265	CTTT	3	88419	88429	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	139390394
132	NC_009265	AGA	4	89257	89267	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	139390394
133	NC_009265	TGAT	3	90295	90307	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	139390394
134	NC_009265	AATA	3	91142	91154	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	139390394
135	NC_009265	GAAGGA	3	91928	91945	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	139390394
136	NC_009265	AAAT	3	92912	92922	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	139390394
137	NC_009265	TA	6	93776	93788	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	139390394
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203	NC_009265	AAAT	3	139161	139172	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	139390372
204	NC_009265	CATA	3	140211	140222	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	139390372
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206	NC_009265	AT	6	143799	143810	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
207	NC_009265	TATT	3	144662	144672	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
208	NC_009265	CATAC	3	144766	144779	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
209	NC_009265	CTCCTT	3	145639	145656	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	139390410
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215	NC_009265	ATC	4	153477	153487	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139390412

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Aethionema cordifolium chloroplast