ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Chlorokybus atmophyticus chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008822	TAT	4	792	803	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	124112128
2	NC_008822	TAA	4	1378	1388	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_008822	TAAA	3	1424	1435	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_008822	TTTCTT	3	1521	1538	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
5	NC_008822	CTA	4	3440	3451	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	124112081
6	NC_008822	AC	6	4399	4409	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
7	NC_008822	TCT	4	8243	8253	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	124112079
8	NC_008822	ACCGA	3	8874	8887	14	40 %	0 %	20 %	40 %	7 %	124112079
9	NC_008822	AATA	3	9194	9204	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_008822	GCTCT	4	9411	9430	20	0 %	40 %	20 %	40 %	10 %	Non-Coding
11	NC_008822	AGGT	3	9460	9472	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	124112053
12	NC_008822	CTAA	3	10338	10349	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	124112053
13	NC_008822	GTTT	3	11324	11334	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	124112053
14	NC_008822	AGAA	3	11392	11403	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	124112053
15	NC_008822	TTTA	3	12612	12622	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_008822	ATTG	3	15020	15031	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_008822	ATA	4	15535	15545	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_008822	AAC	4	19251	19262	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
19	NC_008822	TTTA	3	19407	19418	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_008822	TAAA	3	19432	19442	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_008822	TAA	4	19477	19487	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_008822	GATT	3	19494	19505	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008822	TAAA	3	19519	19530	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_008822	TTA	4	20377	20387	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	124112107
25	NC_008822	T	12	21980	21991	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_008822	TTG	4	22134	22145	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008822	AAT	4	22509	22519	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_008822	GCA	4	23101	23112	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
29	NC_008822	GAA	4	23413	23425	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_008822	AAAG	3	23682	23692	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	124112122
31	NC_008822	TATT	3	24471	24482	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008822	T	12	25915	25926	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_008822	AT	6	26017	26028	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_008822	CTT	4	27223	27233	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
35	NC_008822	T	18	27997	28014	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008822	AACAA	3	29384	29399	16	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
37	NC_008822	CAAT	3	30339	30349	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
38	NC_008822	TTCTTT	3	32290	32307	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
39	NC_008822	TA	6	32426	32437	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_008822	CTTATC	3	33403	33419	17	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
41	NC_008822	TTC	4	33500	33511	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
42	NC_008822	TAA	4	33745	33755	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_008822	TTCT	3	34883	34894	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
44	NC_008822	TTTCA	3	34996	35009	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
45	NC_008822	A	17	35987	36003	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
46	NC_008822	AAG	4	36025	36035	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_008822	GTCT	3	37511	37522	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	124112037
48	NC_008822	CTT	4	38742	38753	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	124112040
49	NC_008822	TAA	4	39220	39231	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_008822	GCAA	3	39514	39525	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
51	NC_008822	TTC	4	41024	41035	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	124112042
52	NC_008822	ATA	4	41142	41153	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	124112042
53	NC_008822	TTTA	3	41560	41570	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	124112118
54	NC_008822	T	13	42273	42285	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008822	TTTCT	3	44273	44287	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	124112110
56	NC_008822	TCTTTT	3	45377	45394	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	124112110
57	NC_008822	ACAA	3	45679	45690	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	124112110
58	NC_008822	GTTT	3	45903	45913	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	124112110
59	NC_008822	TTCTT	3	47325	47338	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
60	NC_008822	GTTGCG	15	47482	47571	90	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	3 %	124112109
61	NC_008822	TTA	4	48281	48291	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	124112109
62	NC_008822	TCT	5	48844	48858	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	124112109
63	NC_008822	TAGC	3	48872	48882	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	124112109
64	NC_008822	CTT	4	49100	49111	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	124112109
65	NC_008822	AAAG	3	49543	49554	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_008822	TTAA	3	54026	54036	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_008822	AAAAG	3	54267	54281	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008822	T	12	54608	54619	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008822	T	12	56148	56159	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_008822	CAAA	3	56175	56186	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
71	NC_008822	CT	6	56853	56863	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
72	NC_008822	AAAG	3	56985	56995	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_008822	TTCT	3	57691	57702	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
74	NC_008822	T	16	60142	60157	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
75	NC_008822	TAA	5	62082	62096	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	124112136
76	NC_008822	GTCT	3	65027	65038	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	124112074
77	NC_008822	TTTC	3	65775	65787	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
78	NC_008822	CTT	4	66002	66014	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	124112113
79	NC_008822	GTT	4	66477	66487	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_008822	ATT	4	67239	67249	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_008822	A	13	67253	67265	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_008822	CA	6	68031	68041	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
83	NC_008822	GCA	4	68858	68869	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	124112068
84	NC_008822	ATA	4	70482	70494	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	124112132
85	NC_008822	AGA	4	72640	72651	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	124112067
86	NC_008822	TAAA	3	74383	74394	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_008822	GAA	4	76393	76404	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	124112052
88	NC_008822	CTTT	3	76719	76729	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	124112052
89	NC_008822	TTC	4	77096	77107	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	124112052
90	NC_008822	TAG	4	77899	77910	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_008822	TTTG	3	78184	78194	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_008822	TGGT	3	78357	78367	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	124112093
93	NC_008822	TCC	4	78849	78860	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	124112140
94	NC_008822	CTT	4	79245	79255	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
95	NC_008822	TCTTTT	3	79382	79400	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
96	NC_008822	TAGA	3	79560	79570	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_008822	AACA	3	80318	80329	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	124112089
98	NC_008822	GCTA	3	80559	80569	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	124112087
99	NC_008822	TA	6	80681	80692	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_008822	TATAAA	3	80813	80830	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
101	NC_008822	TGCA	3	82084	82095	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	124112036
102	NC_008822	A	12	82666	82677	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_008822	TAT	4	84743	84755	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	124112058
104	NC_008822	TTTA	3	85131	85142	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008822	TAT	4	85778	85788	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	124112090
106	NC_008822	AT	6	86651	86661	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	124112134
107	NC_008822	ATTT	3	87218	87228	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_008822	CTAG	4	88287	88302	16	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008822	CGA	4	88549	88559	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	124112116
110	NC_008822	A	13	88589	88601	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_008822	CAA	5	89045	89058	14	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
112	NC_008822	TTC	4	89107	89117	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
113	NC_008822	T	14	89364	89377	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008822	TTTTTC	3	89580	89598	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
115	NC_008822	TA	6	90119	90130	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_008822	ATA	4	90588	90599	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_008822	TAAA	3	90610	90620	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_008822	TCTTT	3	90809	90822	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
119	NC_008822	AAAG	3	90973	90984	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	124112112
120	NC_008822	AAAAT	3	91932	91946	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_008822	AGCCAC	6	94358	94392	35	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	8 %	124112142
122	NC_008822	AAAAG	3	95104	95118	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_008822	A	14	95419	95432	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008822	TAAA	3	95466	95477	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	124112044
125	NC_008822	GAAA	3	95877	95888	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	124112044
126	NC_008822	TGC	4	100555	100566	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	124112046
127	NC_008822	GAA	4	100646	100657	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	124112046
128	NC_008822	TTAA	3	101232	101243	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_008822	TAG	4	103915	103926	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	124112038
130	NC_008822	CTT	4	105433	105445	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	124112145
131	NC_008822	TA	6	105695	105705	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_008822	AG	6	108013	108023	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_008822	AGAGA	5	109216	109240	25	60 %	0 %	40 %	0 %	4 %	Non-Coding
134	NC_008822	TGA	4	111318	111329	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
135	NC_008822	TTG	4	111551	111562	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_008822	CCGA	3	112320	112332	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
137	NC_008822	AGGT	3	113236	113247	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008822	TTA	4	116342	116353	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	124112146
139	NC_008822	GAAA	3	116881	116891	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_008822	GTT	5	118905	118919	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	124112056
141	NC_008822	TTTA	3	119181	119192	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
142	NC_008822	AATTT	3	119454	119467	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
143	NC_008822	TGGT	3	122152	122162	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
144	NC_008822	AAATG	3	122292	122306	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
145	NC_008822	ATA	4	125359	125370	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
146	NC_008822	AG	6	126755	126766	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	124112064
147	NC_008822	TGGT	3	127573	127584	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	124112057
148	NC_008822	TTAT	3	128466	128477	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	124112057
149	NC_008822	GTTTGT	3	129080	129097	18	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	5 %	124112065
150	NC_008822	AGAA	4	129132	129147	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	124112065
151	NC_008822	AAT	4	130232	130242	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	124112063
152	NC_008822	TTA	4	130445	130456	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	124112063
153	NC_008822	GTTT	3	131034	131045	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
154	NC_008822	T	12	132552	132563	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008822	CAAT	3	132565	132576	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
156	NC_008822	A	12	132665	132676	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
157	NC_008822	AG	6	134764	134774	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	124112103
158	NC_008822	AACA	3	135382	135393	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
159	NC_008822	TAAA	3	135461	135472	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_008822	ATAA	3	135671	135681	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
161	NC_008822	GTT	4	135746	135757	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
162	NC_008822	TTAT	4	135898	135912	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	124112051
163	NC_008822	TAA	4	136654	136666	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	124112051
164	NC_008822	TATTT	3	136884	136898	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	124112125
165	NC_008822	TATT	3	137943	137954	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_008822	CTT	4	138928	138939	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	124112048
167	NC_008822	TTAT	3	139577	139587	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
168	NC_008822	TTAC	3	139955	139965	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
169	NC_008822	TAAA	3	140288	140299	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	124112047
170	NC_008822	ATCC	3	141520	141530	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	124112043
171	NC_008822	TAA	4	145000	145011	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	124112149
172	NC_008822	ATA	4	145432	145444	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
173	NC_008822	CTAC	3	148104	148115	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
174	NC_008822	CAA	4	149791	149802	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
175	NC_008822	TCA	4	150024	150035	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
176	NC_008822	TACC	3	151982	151992	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
177	NC_008822	CTCTT	5	152114	152138	25	0 %	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Chlorokybus atmophyticus chloroplast