ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Nuphar advena chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008788	CAG	4	774	785	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	121720593
2	NC_008788	ATA	4	6809	6819	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_008788	TGT	4	7100	7112	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_008788	TCT	4	7467	7477	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
5	NC_008788	CTT	4	15487	15498	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008788	GTT	4	16029	16040	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_008788	ATT	5	16430	16443	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_008788	TTC	4	16937	16948	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	121720601
9	NC_008788	ATT	4	18282	18294	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_008788	ATT	4	19518	19529	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	121720603
11	NC_008788	TTC	4	25264	25275	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	121720604
12	NC_008788	GTT	4	25485	25496	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	121720604
13	NC_008788	CTT	4	27266	27277	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	121720605
14	NC_008788	ATA	4	29231	29241	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_008788	GTT	4	29629	29640	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_008788	CAA	4	30738	30748	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
17	NC_008788	TAT	4	30964	30975	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_008788	ATT	4	33494	33506	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_008788	CTC	4	35153	35164	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
20	NC_008788	ATT	4	35169	35180	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008788	TAT	4	36040	36051	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008788	TCA	4	43128	43138	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	121720612
23	NC_008788	GCA	4	44307	44318	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	121720613
24	NC_008788	CAA	4	46122	46132	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
25	NC_008788	TAT	8	51398	51421	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_008788	CTT	4	52341	52352	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008788	TTA	4	54982	54994	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_008788	TTA	4	59966	59976	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_008788	AAT	4	60082	60093	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_008788	TTA	4	62313	62324	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_008788	GTA	4	64076	64088	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_008788	ATT	4	65227	65238	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_008788	GAT	4	67785	67795	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	121720626
34	NC_008788	TCT	4	73711	73722	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
35	NC_008788	TGA	4	75951	75962	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	121720637
36	NC_008788	TTC	4	76211	76222	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	121720637
37	NC_008788	TAT	4	76848	76860	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	121720637
38	NC_008788	GGA	4	86321	86333	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	121720637
39	NC_008788	TAT	4	88556	88567	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	121720637
40	NC_008788	GAT	4	91139	91149	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	121720637
41	NC_008788	GAT	4	92534	92544	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	121720637
42	NC_008788	GAT	4	95548	95559	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	121720637
43	NC_008788	TGA	4	97203	97214	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	121720637
44	NC_008788	CAT	4	104820	104831	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	121720637
45	NC_008788	TAC	4	104967	104978	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	121720637
46	NC_008788	AAG	5	105391	105404	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	121720660
47	NC_008788	AAT	4	114314	114324	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	121720660
48	NC_008788	TAT	4	115804	115815	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	121720660
49	NC_008788	AAG	4	117574	117585	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	121720660
50	NC_008788	TTG	4	118326	118337	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	121720660
51	NC_008788	ATA	4	118424	118435	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	121720660
52	NC_008788	TCT	4	118441	118452	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	121720660
53	NC_008788	AAT	4	119243	119255	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	121720660
54	NC_008788	TAT	4	121311	121322	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	121720660
55	NC_008788	CAA	4	123037	123047	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	121720660
56	NC_008788	ATA	5	124249	124262	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	121720660
57	NC_008788	AAC	4	124303	124315	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	121720660
58	NC_008788	AAT	4	129542	129553	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	121720660
59	NC_008788	ATA	5	129654	129668	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	121720660
60	NC_008788	ATT	4	130203	130214	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	121720660
61	NC_008788	TTA	4	130544	130554	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	121720660
62	NC_008788	ACT	4	131898	131909	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	121720660
63	NC_008788	TAG	4	131912	131923	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	121720660
64	NC_008788	TCT	4	133585	133596	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	121720660
65	NC_008788	TCC	7	133594	133614	21	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	121720660
66	NC_008788	TCT	4	133768	133779	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	121720660
67	NC_008788	AGA	4	135158	135169	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	121720660
68	NC_008788	ATA	4	135431	135442	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	121720660
69	NC_008788	ATT	4	136922	136932	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	121720660
70	NC_008788	TCT	5	145843	145857	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	121720660
71	NC_008788	GTA	4	146268	146279	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	121720660
72	NC_008788	TGA	4	146416	146427	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	121720660
73	NC_008788	CCT	4	152383	152394	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	121720675
74	NC_008788	TCA	4	154035	154047	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	121720675
75	NC_008788	ATC	4	155687	155698	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	121720675
76	NC_008788	ATC	4	158702	158712	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
77	NC_008788	ATC	4	160097	160107	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	121720677

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Nuphar advena chloroplast