ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Gossypium barbadense chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008641	AAGT	3	1149	1159	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	119368479
2	NC_008641	AAAT	3	2072	2083	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008641	ATCT	3	4731	4742	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
4	NC_008641	TTCA	3	4996	5007	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
5	NC_008641	AAAT	4	6519	6534	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_008641	TTTA	3	6604	6615	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_008641	ATAG	3	8407	8418	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_008641	ATTT	3	8677	8688	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008641	AATC	3	8765	8775	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
10	NC_008641	TCTA	3	13551	13562	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
11	NC_008641	AAAT	3	14172	14183	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_008641	TTTA	4	14791	14805	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_008641	TTTA	3	23460	23471	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	119368490
14	NC_008641	GATA	3	27294	27304	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	119368491
15	NC_008641	CTAA	3	29130	29141	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
16	NC_008641	AGAA	3	29879	29890	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_008641	GAAA	3	31467	31478	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_008641	ATCA	3	31667	31677	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
19	NC_008641	TTCA	4	32535	32550	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
20	NC_008641	AATA	3	33590	33601	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_008641	TCTT	3	33668	33680	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
22	NC_008641	GTTT	3	34006	34017	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_008641	GAAA	3	35994	36005	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	119368495
24	NC_008641	TTGC	3	36395	36405	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	119368495
25	NC_008641	ATCT	3	37414	37425	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
26	NC_008641	AAAT	3	37478	37489	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008641	TGAA	4	38029	38043	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_008641	TAAT	3	38474	38485	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_008641	GATC	3	39103	39113	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
30	NC_008641	AATG	3	42450	42461	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	119368499
31	NC_008641	ATCT	4	44174	44189	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
32	NC_008641	GTAA	3	46944	46954	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	119368500
33	NC_008641	TTTG	3	48464	48475	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_008641	ATAG	3	48594	48605	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_008641	TAAA	4	48632	48647	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_008641	AAAG	3	49829	49840	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_008641	CATA	3	51188	51198	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
38	NC_008641	ACAT	3	51482	51492	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
39	NC_008641	CAAA	3	52621	52632	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	119368502
40	NC_008641	TTTA	3	52664	52674	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_008641	GTCT	3	53232	53243	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	119368503
42	NC_008641	GTTT	3	53997	54009	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_008641	GATT	3	54035	54046	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_008641	AATC	5	54376	54394	19	50 %	25 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
45	NC_008641	AGAA	3	54929	54940	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_008641	AAAG	3	60725	60735	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_008641	ATTT	3	62448	62459	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_008641	TAGT	3	62472	62483	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008641	TTTA	3	62972	62984	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_008641	TCTA	3	63511	63522	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
51	NC_008641	TAAA	3	71959	71970	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	119368520
52	NC_008641	TTTC	3	73326	73337	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_008641	CATT	3	73506	73517	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
54	NC_008641	GAAC	3	73848	73859	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
55	NC_008641	TTTC	3	73904	73914	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_008641	TTTA	3	74776	74787	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	119368545
57	NC_008641	TGAA	3	76586	76596	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	119368545
58	NC_008641	TTGA	3	81635	81647	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	119368545
59	NC_008641	TTTC	3	82570	82580	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	119368545
60	NC_008641	TTTC	3	82668	82678	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	119368545
61	NC_008641	CTTT	3	84514	84524	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	119368545
62	NC_008641	TTAA	3	86644	86655	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	119368545
63	NC_008641	TTTC	3	86897	86908	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	119368545
64	NC_008641	AATT	3	87732	87742	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	119368545
65	NC_008641	TTAT	3	87869	87880	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	119368545
66	NC_008641	AATT	3	88511	88522	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	119368545
67	NC_008641	TTCT	3	92509	92519	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	119368545
68	NC_008641	ATCG	3	93267	93279	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	119368545
69	NC_008641	CTTT	3	93696	93706	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	119368545
70	NC_008641	TGAT	3	95572	95584	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	119368545
71	NC_008641	AATA	3	96455	96467	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	119368545
72	NC_008641	TCTA	3	108172	108183	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	119368523
73	NC_008641	AAGG	3	108321	108331	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	119368523
74	NC_008641	GAGG	3	111060	111071	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	119368523
75	NC_008641	AGGT	3	111272	111283	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	119368523
76	NC_008641	TAAG	3	112392	112402	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	119368523
77	NC_008641	AAAT	3	116123	116133	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	119368523
78	NC_008641	AATA	3	117786	117798	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	119368523
79	NC_008641	TTGT	3	117858	117869	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	119368523
80	NC_008641	AATA	3	117976	117987	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	119368523
81	NC_008641	TTCA	4	118929	118944	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	119368523
82	NC_008641	TAAA	3	119171	119186	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	119368523
83	NC_008641	TAGA	3	120912	120923	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	119368523
84	NC_008641	TTGA	3	122956	122967	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	119368523
85	NC_008641	TTTG	3	124198	124208	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	119368523
86	NC_008641	TTCT	3	125015	125026	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	119368523
87	NC_008641	TAAT	3	130823	130834	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	119368523
88	NC_008641	CATT	3	130985	130996	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	119368523
89	NC_008641	AACT	3	131145	131155	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	119368523
90	NC_008641	ATTT	3	131961	131972	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	119368523
91	NC_008641	AAAG	3	132593	132604	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	119368523
92	NC_008641	ATTG	3	132989	133000	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	119368523
93	NC_008641	CCCT	3	133975	133985	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	119368523
94	NC_008641	CTTA	3	136757	136767	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	119368523
95	NC_008641	CCTT	3	140828	140838	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	119368523
96	NC_008641	GGAT	3	141372	141383	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	119368523
97	NC_008641	AATA	4	145306	145321	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	119368523
98	NC_008641	TTTC	3	149934	149945	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
99	NC_008641	ATCA	3	153617	153629	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	119368560
100	NC_008641	TGAT	3	153712	153724	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	119368560
101	NC_008641	AAAG	3	155453	155463	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	119368560
102	NC_008641	CGAT	3	155880	155892	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	119368560
103	NC_008641	TATT	3	156512	156523	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	119368560

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Gossypium barbadense chloroplast