ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Gossypium barbadense chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008641	AAGT	3	1149	1159	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	119368479
2	NC_008641	AT	7	1734	1746	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_008641	AAAT	3	2072	2083	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_008641	CAATA	3	4633	4648	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
5	NC_008641	ATCT	3	4731	4742	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008641	ATTTT	3	4876	4889	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_008641	ATT	5	4898	4912	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_008641	TTTTA	3	4950	4964	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_008641	TGT	4	4965	4975	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_008641	TTCA	3	4996	5007	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
11	NC_008641	GTT	4	5062	5072	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_008641	GAATAA	3	5125	5143	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
13	NC_008641	A	14	5680	5693	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	119368481
14	NC_008641	AAAT	4	6519	6534	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_008641	TTTA	3	6604	6615	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_008641	TAA	4	6691	6702	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_008641	AAT	4	6709	6720	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_008641	ATAG	3	8407	8418	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_008641	TAT	4	8430	8441	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_008641	ATTT	3	8677	8688	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_008641	AATC	3	8765	8775	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
22	NC_008641	T	16	8869	8884	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_008641	T	12	9436	9447	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008641	CTTAT	3	9819	9834	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
25	NC_008641	ATTCT	3	10019	10032	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
26	NC_008641	TTTCT	3	12754	12767	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	119368485
27	NC_008641	TCTA	3	13551	13562	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
28	NC_008641	ATA	4	13604	13615	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_008641	AAAT	3	14172	14183	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_008641	TTTA	4	14791	14805	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_008641	A	12	14931	14942	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008641	CT	7	17117	17130	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
33	NC_008641	A	12	17141	17152	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_008641	TTA	4	17257	17268	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_008641	ATG	4	18307	18318	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	119368489
36	NC_008641	T	14	19339	19352	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	119368489
37	NC_008641	A	15	21960	21974	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	119368490
38	NC_008641	TTTA	3	23460	23471	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	119368490
39	NC_008641	TAA	4	23998	24008	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	119368490
40	NC_008641	GTT	4	24430	24441	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	119368490
41	NC_008641	T	12	27051	27062	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	119368491
42	NC_008641	GATA	3	27294	27304	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	119368491
43	NC_008641	GAA	4	27876	27887	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_008641	AT	6	28114	28125	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_008641	TAT	4	28557	28567	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_008641	CTAA	3	29130	29141	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
47	NC_008641	AGAA	3	29879	29890	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_008641	TTTTA	3	30037	30051	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_008641	T	14	30303	30316	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_008641	GAAA	3	31467	31478	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_008641	ATCA	3	31667	31677	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_008641	TTCA	4	32535	32550	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
53	NC_008641	TG	6	32661	32672	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_008641	TA	8	32964	32979	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_008641	ATTTTG	3	33347	33363	17	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
56	NC_008641	AATA	3	33590	33601	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_008641	TCTT	3	33668	33680	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
58	NC_008641	GTTT	3	34006	34017	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_008641	GAAA	3	35994	36005	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	119368495
60	NC_008641	TTGC	3	36395	36405	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	119368495
61	NC_008641	TTA	4	37142	37153	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_008641	AG	6	37215	37225	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_008641	ATCT	3	37414	37425	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
64	NC_008641	TA	6	37427	37438	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_008641	AAAT	3	37478	37489	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_008641	TGAA	4	38029	38043	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_008641	AATTA	4	38110	38130	21	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_008641	AAATAA	5	38219	38249	31	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_008641	AT	8	38288	38302	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
70	NC_008641	ATA	5	38313	38328	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_008641	TATAAA	3	38325	38343	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
72	NC_008641	ATA	5	38372	38387	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_008641	TAA	4	38456	38466	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_008641	TAAT	3	38474	38485	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_008641	GATC	3	39103	39113	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
76	NC_008641	AATG	3	42450	42461	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	119368499
77	NC_008641	TG	6	42892	42902	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	119368499
78	NC_008641	ATCT	4	44174	44189	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
79	NC_008641	AT	13	44561	44585	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_008641	TAATT	3	44842	44855	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_008641	ATA	4	44957	44969	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_008641	TAG	4	46630	46640	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	119368500
83	NC_008641	AT	6	46908	46920	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	119368500
84	NC_008641	GTAA	3	46944	46954	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	119368500
85	NC_008641	TTTG	3	48464	48475	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_008641	AT	6	48510	48522	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_008641	AAT	4	48520	48530	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_008641	AT	6	48580	48590	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_008641	ATAG	3	48594	48605	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_008641	TAAA	4	48632	48647	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
91	NC_008641	TA	6	49208	49221	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_008641	TAA	4	49735	49747	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_008641	ATTTTT	3	49753	49770	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_008641	AAAG	3	49829	49840	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_008641	ATT	5	50427	50440	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_008641	TATTT	3	50663	50677	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
97	NC_008641	AGAAT	3	50762	50776	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_008641	AT	8	51131	51145	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_008641	CATA	3	51188	51198	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
100	NC_008641	ACAT	3	51482	51492	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
101	NC_008641	TTATT	3	51530	51543	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_008641	CAAA	3	52621	52632	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	119368502
103	NC_008641	TTTA	3	52664	52674	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_008641	A	12	52755	52766	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008641	GTCT	3	53232	53243	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	119368503
106	NC_008641	TTA	4	53459	53470	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_008641	CAA	4	53964	53974	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
108	NC_008641	GTTT	3	53997	54009	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_008641	GATT	3	54035	54046	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_008641	ATTTCG	3	54079	54095	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
111	NC_008641	TA	6	54142	54154	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_008641	ATTCT	3	54295	54308	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
113	NC_008641	TAGAA	3	54334	54347	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_008641	AATC	5	54376	54394	19	50 %	25 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
115	NC_008641	TTAAT	4	54697	54715	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
116	NC_008641	AGAA	3	54929	54940	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_008641	CTT	4	55754	55765	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
118	NC_008641	TTTCA	3	58178	58193	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
119	NC_008641	AAAG	3	60725	60735	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_008641	ATTT	3	62448	62459	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_008641	TAGT	3	62472	62483	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008641	ATT	5	62570	62584	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_008641	TTTA	3	62972	62984	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_008641	TCTA	3	63511	63522	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
125	NC_008641	TTTTC	4	64613	64632	20	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
126	NC_008641	A	12	65125	65136	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_008641	CTT	4	65645	65656	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	119368511
128	NC_008641	T	17	67326	67342	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
129	NC_008641	G	12	67364	67375	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008641	AAT	4	67596	67607	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_008641	TCT	4	69249	69261	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
132	NC_008641	T	17	69491	69507	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
133	NC_008641	A	12	69566	69577	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_008641	T	12	70396	70407	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008641	T	16	71350	71365	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008641	ATT	6	71582	71600	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
137	NC_008641	TAAA	3	71959	71970	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	119368520
138	NC_008641	AT	6	72122	72133	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_008641	ATA	5	72158	72171	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
140	NC_008641	TTTC	3	73326	73337	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
141	NC_008641	CATT	3	73506	73517	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
142	NC_008641	GAAC	3	73848	73859	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
143	NC_008641	TTTC	3	73904	73914	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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170	NC_008641	AACGG	3	92350	92363	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	119368545
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236	NC_008641	A	16	145258	145273	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	119368523
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239	NC_008641	ACCGG	3	149747	149761	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
240	NC_008641	TTTC	3	149934	149945	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
241	NC_008641	CTTTC	3	150614	150629	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
242	NC_008641	CATAC	3	151024	151037	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
243	NC_008641	CTCCTT	3	151900	151917	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	119368560
244	NC_008641	ATCA	3	153617	153629	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	119368560
245	NC_008641	TGAT	3	153712	153724	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	119368560
246	NC_008641	ACC	4	153821	153831	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	119368560
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248	NC_008641	AAAG	3	155453	155463	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	119368560
249	NC_008641	CGAT	3	155880	155892	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	119368560
250	NC_008641	TATT	3	156512	156523	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	119368560
251	NC_008641	ATC	4	158340	158350	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
252	NC_008641	ATC	4	159727	159737	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	119368562
253	NC_008641	GAA	5	160197	160211	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	119368562

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Gossypium barbadense chloroplast