ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Agrostis stolonifera chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008591	CATT	3	111	121	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_008591	TACC	3	835	845	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	118430282
3	NC_008591	CAG	4	1213	1224	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118430282
4	NC_008591	AAGT	3	1319	1329	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	118430282
5	NC_008591	ATAG	3	1745	1755	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_008591	TCTTT	3	3130	3144	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	118430283
7	NC_008591	A	20	4077	4096	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_008591	TTTA	3	5011	5022	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008591	TCTCT	3	5195	5208	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	118430284
10	NC_008591	TTCT	3	5650	5660	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	118430284
11	NC_008591	CTTT	3	8291	8302	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
12	NC_008591	TTCT	3	8347	8357	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
13	NC_008591	TAA	4	8364	8374	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_008591	GAA	4	8764	8775	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_008591	CAAAT	3	8989	9003	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
16	NC_008591	AAAT	3	9045	9055	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_008591	GAAA	3	10651	10662	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118430288
18	NC_008591	TTG	4	11056	11066	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	118430288
19	NC_008591	TTAT	3	11628	11639	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008591	AG	6	11781	11791	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_008591	AGCGT	3	12704	12717	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
22	NC_008591	TTCC	3	14581	14592	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008591	GATA	3	14677	14687	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_008591	CT	6	14801	14811	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
25	NC_008591	TAT	4	15075	15085	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_008591	CTTT	3	15509	15519	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
27	NC_008591	AAAT	3	17215	17225	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_008591	ATCA	3	17761	17771	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
29	NC_008591	TACCT	3	18083	18096	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
30	NC_008591	A	12	18343	18354	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008591	CCA	4	18463	18474	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
32	NC_008591	T	13	19015	19027	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_008591	ATA	4	19082	19092	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_008591	AAAT	3	19423	19433	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_008591	AGA	4	20507	20518	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118430292
36	NC_008591	A	13	21279	21291	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	118430292
37	NC_008591	AAC	4	23168	23179	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	118430293
38	NC_008591	AAT	4	24856	24867	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	118430293
39	NC_008591	AGAA	3	25084	25095	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118430293
40	NC_008591	TTCA	3	27666	27676	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	118430294
41	NC_008591	A	12	27899	27910	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	118430294
42	NC_008591	AAG	4	28069	28079	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	118430294
43	NC_008591	GAA	4	28191	28202	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118430294
44	NC_008591	TTAA	3	29924	29935	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_008591	ATT	4	29994	30006	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_008591	A	20	30073	30092	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
47	NC_008591	AT	6	30940	30950	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_008591	GTT	5	31674	31688	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	118430296
49	NC_008591	TGC	4	32362	32373	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118430297
50	NC_008591	CTTT	3	32629	32639	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_008591	CTTT	3	33019	33029	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_008591	TCTA	3	33670	33680	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	118430298
53	NC_008591	AGAA	3	33752	33763	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118430298
54	NC_008591	AAAGA	3	33930	33943	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	118430298
55	NC_008591	CAAA	3	37055	37066	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_008591	AAGA	3	39551	39562	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118430302
57	NC_008591	GACT	3	39590	39601	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	118430302
58	NC_008591	AATG	3	39950	39961	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	118430302
59	NC_008591	GCA	4	40355	40366	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118430302
60	NC_008591	TG	6	40392	40402	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	118430302
61	NC_008591	T	12	41698	41709	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008591	TATT	3	42018	42028	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_008591	AAG	4	42513	42524	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118430303
64	NC_008591	AGT	4	42920	42930	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	118430303
65	NC_008591	CTTT	3	42939	42950	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	118430303
66	NC_008591	TCCT	3	42969	42980	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	118430303
67	NC_008591	TTCA	3	44235	44246	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
68	NC_008591	TA	6	45958	45968	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_008591	ATA	4	46512	46524	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_008591	TATT	3	46604	46615	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_008591	A	16	46692	46707	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_008591	G	12	46761	46772	12	0 %	0 %	100 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_008591	TTGA	3	47014	47026	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_008591	TA	6	47326	47336	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_008591	CTT	4	48032	48043	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
76	NC_008591	CTTAT	4	48177	48196	20	20 %	60 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
77	NC_008591	CAGA	3	48657	48667	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	118430305
78	NC_008591	T	13	49768	49780	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	118430306
79	NC_008591	A	13	54045	54057	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_008591	TTTC	3	54070	54081	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
81	NC_008591	AATT	3	54146	54157	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_008591	TGCA	3	55706	55718	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	118430310
83	NC_008591	AATA	3	56502	56513	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_008591	A	22	57249	57270	22	100 %	0 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_008591	AT	6	57480	57490	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_008591	GAA	4	58850	58862	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_008591	GAA	4	58866	58876	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_008591	ATTC	3	60069	60079	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
89	NC_008591	TTC	4	61059	61070	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	118430315
90	NC_008591	A	13	61644	61656	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_008591	TTA	4	63779	63790	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_008591	TAAAA	3	63984	63997	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_008591	TTCA	3	64594	64605	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
94	NC_008591	ACTTT	3	64676	64689	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
95	NC_008591	AAAGA	3	65342	65355	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_008591	A	12	65407	65418	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008591	TTTA	3	65559	65569	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_008591	GAAA	3	65885	65896	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118430323
99	NC_008591	TA	7	66716	66728	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_008591	TTTCTA	3	68086	68104	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	118430347
101	NC_008591	AGAA	6	68870	68891	22	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	118430347
102	NC_008591	ACTT	3	71200	71210	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	118430347
103	NC_008591	AT	6	73237	73247	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	118430347
104	NC_008591	TTTA	3	73759	73769	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	118430347
105	NC_008591	TTTC	3	74766	74776	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	118430347
106	NC_008591	AGA	4	74797	74808	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118430347
107	NC_008591	TAT	4	75855	75865	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	118430347
108	NC_008591	ATT	4	76444	76454	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	118430347
109	NC_008591	AGAA	3	76747	76757	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	118430347
110	NC_008591	T	12	77051	77062	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	118430347
111	NC_008591	T	12	77069	77080	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	118430347
112	NC_008591	TCTA	3	78901	78912	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	118430347
113	NC_008591	TAT	5	79296	79310	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	118430347
114	NC_008591	TTAT	3	80413	80424	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	118430347
115	NC_008591	AATG	3	81492	81502	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	118430347
116	NC_008591	TTC	4	82107	82117	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	118430347
117	NC_008591	TA	6	85378	85389	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	118430347
118	NC_008591	CCAAAT	3	85586	85603	18	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	5 %	118430347
119	NC_008591	TCAAAA	4	86433	86456	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	118430347
120	NC_008591	ATTCTT	3	89199	89217	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	118430347
121	NC_008591	TTTGTT	3	89683	89701	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	118430347
122	NC_008591	TTCT	3	89822	89832	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	118430347
123	NC_008591	TAC	4	90575	90586	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	118430347
124	NC_008591	GTATTA	4	91542	91566	25	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	118430361
125	NC_008591	AAAC	3	94737	94749	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	118430361
126	NC_008591	ATCC	3	94871	94882	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	118430361
127	NC_008591	ACGG	3	97984	97995	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	118430361
128	NC_008591	AGGT	3	98268	98279	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	118430361
129	NC_008591	AACG	3	99594	99605	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	118430361
130	NC_008591	TGGA	3	99729	99740	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	118430361
131	NC_008591	AAAG	4	100908	100923	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	118430361
132	NC_008591	ATCT	3	101147	101157	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	118430361
133	NC_008591	GAAT	3	102529	102539	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	118430361
134	NC_008591	AAGG	3	102541	102552	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	118430361
135	NC_008591	AAAG	3	102835	102845	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	118430361
136	NC_008591	AAG	4	104201	104212	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118430361
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161	NC_008591	GAAAA	3	128924	128939	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
162	NC_008591	AAGAAT	3	128980	128998	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
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164	NC_008591	TTGGAT	3	132596	132613	18	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
165	NC_008591	TGAA	3	133904	133915	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Agrostis stolonifera chloroplast