ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Hordeum vulgare subsp. vulgare chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008590	TTTC	3	100	110	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_008590	CAG	4	1212	1223	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118430368
3	NC_008590	AAGT	3	1318	1328	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	118430368
4	NC_008590	TCTTT	3	3112	3126	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	118430369
5	NC_008590	AT	7	4697	4709	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_008590	TTTA	3	5006	5017	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_008590	TCTCT	3	5190	5203	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	118430370
8	NC_008590	ATAA	3	5862	5872	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	118430370
9	NC_008590	TTCT	3	7402	7412	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	118430371
10	NC_008590	T	15	7984	7998	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_008590	CTTT	3	8249	8260	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
12	NC_008590	TTCT	3	8305	8315	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
13	NC_008590	T	15	8469	8483	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_008590	GAA	4	8725	8736	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_008590	TATAAG	3	8936	8952	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
16	NC_008590	CAAAT	3	8958	8972	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
17	NC_008590	GAAA	3	10620	10631	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118430374
18	NC_008590	TTG	4	11025	11035	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	118430374
19	NC_008590	AG	6	11735	11745	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_008590	CGTAG	3	12643	12656	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
21	NC_008590	CT	6	14742	14752	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
22	NC_008590	TA	8	15124	15138	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_008590	CTTT	3	15362	15372	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_008590	AAAT	3	17196	17206	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_008590	TAT	4	17466	17476	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_008590	TTTC	3	17534	17544	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
27	NC_008590	ATCA	3	18172	18182	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
28	NC_008590	ATA	4	19297	19307	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_008590	TTTC	3	20689	20701	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	118430378
30	NC_008590	AGA	4	20715	20726	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118430378
31	NC_008590	CAACTT	3	21159	21176	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	118430378
32	NC_008590	AAC	4	23371	23382	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	118430379
33	NC_008590	AAT	4	25059	25070	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	118430379
34	NC_008590	AGAA	3	25287	25298	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118430379
35	NC_008590	TTCA	3	27941	27951	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	118430380
36	NC_008590	A	12	29941	29952	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	118430380
37	NC_008590	TTAA	3	30182	30193	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_008590	ATT	4	30265	30278	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_008590	AGAA	3	31172	31182	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_008590	AT	6	31214	31224	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_008590	GTT	5	31948	31962	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	118430382
42	NC_008590	GATATT	3	32433	32449	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
43	NC_008590	TGC	4	32673	32684	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118430383
44	NC_008590	CTTT	3	32942	32952	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
45	NC_008590	A	15	33965	33979	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	118430384
46	NC_008590	ATAA	3	34165	34175	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	118430384
47	NC_008590	AAAG	3	34236	34247	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118430384
48	NC_008590	TAGTT	3	36435	36449	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_008590	ATTG	3	38619	38629	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	118430387
50	NC_008590	AAGA	3	39866	39877	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118430388
51	NC_008590	GACT	3	39905	39916	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	118430388
52	NC_008590	AATG	3	40265	40276	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	118430388
53	NC_008590	CTA	4	40335	40346	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	118430388
54	NC_008590	TG	6	40707	40717	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	118430388
55	NC_008590	CTAG	3	40809	40821	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	118430388
56	NC_008590	TTTA	3	42267	42277	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_008590	AGT	4	43252	43262	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	118430389
58	NC_008590	TCCT	3	43301	43312	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	118430389
59	NC_008590	CCATA	3	44175	44189	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	118430389
60	NC_008590	A	13	44398	44410	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	118430389
61	NC_008590	TTCA	3	44577	44588	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
62	NC_008590	TATCT	3	45313	45327	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
63	NC_008590	GGGGAA	3	45491	45509	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
64	NC_008590	TA	6	46326	46336	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_008590	AGAA	3	46863	46874	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_008590	TTGA	3	47188	47200	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_008590	TAA	4	48271	48283	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_008590	ATAAAT	3	48317	48335	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
69	NC_008590	TTATCT	3	48479	48495	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
70	NC_008590	CAGA	3	48959	48969	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	118430391
71	NC_008590	TAA	4	50799	50810	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008590	ATAAAA	3	50910	50927	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
73	NC_008590	AAACT	3	51125	51139	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
74	NC_008590	AATT	3	54262	54273	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_008590	TGCA	3	55823	55835	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	118430396
76	NC_008590	GATCAT	3	56514	56530	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
77	NC_008590	AT	8	56573	56587	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_008590	AATA	3	56600	56611	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_008590	AAAG	3	57751	57762	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_008590	AAAAT	3	57777	57790	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_008590	A	12	58073	58084	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	118430397
82	NC_008590	TTTTA	3	58242	58255	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_008590	TTGAA	3	58992	59006	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_008590	GAA	4	59025	59035	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_008590	TTC	4	61238	61249	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	118430400
86	NC_008590	T	16	61869	61884	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_008590	TTA	4	63847	63858	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_008590	AAT	4	64188	64199	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008590	T	16	64481	64496	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_008590	TTCA	3	64665	64676	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008590	AAG	4	64783	64795	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_008590	TTTA	3	65104	65114	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_008590	AAAGA	3	65438	65451	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_008590	TATT	3	65656	65666	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_008590	TTC	5	65706	65720	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
96	NC_008590	GAAA	3	65980	65991	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118430408
97	NC_008590	TA	6	66050	66061	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_008590	TAAA	3	66204	66215	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_008590	TA	7	66805	66817	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_008590	ATGT	3	68107	68117	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	118430432
101	NC_008590	AGAA	3	68964	68975	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	118430432
102	NC_008590	TATTCT	3	69000	69016	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	118430432
103	NC_008590	TATTCT	3	69016	69037	22	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	9 %	118430432
104	NC_008590	ACTT	3	71243	71253	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	118430432
105	NC_008590	GAAA	4	72359	72374	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	118430432
106	NC_008590	TTTC	3	74816	74826	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	118430432
107	NC_008590	AGA	4	74852	74863	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118430432
108	NC_008590	TAT	5	75909	75922	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	118430432
109	NC_008590	ATT	4	76498	76508	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	118430432
110	NC_008590	A	16	76785	76800	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	118430432
111	NC_008590	T	12	77109	77120	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	118430432
112	NC_008590	T	12	77127	77138	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	118430432
113	NC_008590	TTTTC	4	77680	77699	20	0 %	80 %	0 %	20 %	5 %	118430432
114	NC_008590	T	16	78846	78861	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	118430432
115	NC_008590	TTAT	3	80478	80489	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	118430432
116	NC_008590	CTT	5	81051	81064	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	118430432
117	NC_008590	AGAAT	3	81537	81550	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	118430432
118	NC_008590	GAAA	3	81562	81572	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	118430432
119	NC_008590	TTC	4	82166	82176	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	118430432
120	NC_008590	TA	6	85456	85467	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	118430432
121	NC_008590	ATAGA	3	85474	85487	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	118430432
122	NC_008590	ATTCTT	3	89151	89169	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	118430432
123	NC_008590	TTTGTT	3	89635	89653	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	118430432
124	NC_008590	TTCT	3	89774	89784	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	118430432
125	NC_008590	TAC	4	90527	90538	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	118430432
126	NC_008590	AAAC	3	94658	94670	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	118430445
127	NC_008590	ATCC	3	94792	94803	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	118430445
128	NC_008590	ACGG	3	97911	97922	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	118430445
129	NC_008590	AGGT	3	98195	98206	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	118430445
130	NC_008590	AACG	3	99520	99531	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	118430445
131	NC_008590	AAAG	4	100843	100858	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	118430445
132	NC_008590	TCTA	4	101420	101434	15	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	118430445
133	NC_008590	GAAT	3	102475	102485	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	118430445
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Hordeum vulgare subsp. vulgare chloroplast