ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Thalassiosira pseudonana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008589	TATT	3	85	95	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_008589	GGT	4	1877	1888	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	118411096
3	NC_008589	AATT	3	2418	2428	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_008589	AT	7	5407	5421	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_008589	ATTA	3	5925	5936	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008589	ACC	4	6665	6675	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	118411100
7	NC_008589	ATTT	3	7198	7209	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	118411101
8	NC_008589	TAA	4	7692	7704	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	118411102
9	NC_008589	A	12	7849	7860	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008589	TCTAA	3	7950	7963	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
11	NC_008589	TAAAAA	3	7993	8011	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
12	NC_008589	AATTG	3	9195	9208	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	118411104
13	NC_008589	CAG	4	9863	9874	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118411104
14	NC_008589	AAATG	4	10523	10542	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	118411105
15	NC_008589	CAAT	3	11077	11087	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	118411105
16	NC_008589	TTTA	3	11637	11647	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	118411105
17	NC_008589	TTAAA	3	12535	12549	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	118411106
18	NC_008589	ATT	4	13401	13412	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_008589	ATTT	3	13825	13836	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008589	TAAATT	3	14337	14355	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	118411109
21	NC_008589	AAGA	3	14567	14578	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	118411110
22	NC_008589	GGT	4	16490	16501	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	118411112
23	NC_008589	AAATTA	3	16706	16723	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	118411112
24	NC_008589	TTG	4	16977	16988	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	118411112
25	NC_008589	GAA	4	17009	17020	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118411112
26	NC_008589	TAAAA	3	17077	17091	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_008589	AATT	3	17164	17175	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008589	TAT	4	17700	17710	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	118411113
29	NC_008589	ATT	4	18651	18662	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411113
30	NC_008589	TAAA	3	18944	18954	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	118411114
31	NC_008589	TTTA	3	18972	18982	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	118411115
32	NC_008589	AAAAAT	3	20171	20188	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	118411117
33	NC_008589	AAAG	5	20189	20208	20	75 %	0 %	25 %	0 %	10 %	Non-Coding
34	NC_008589	AATT	3	20447	20458	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	118411118
35	NC_008589	ATT	4	20541	20552	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411118
36	NC_008589	ATTT	3	21605	21615	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	118411121
37	NC_008589	TTA	4	22024	22035	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411121
38	NC_008589	CAAA	3	22840	22851	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	118411121
39	NC_008589	AT	6	23314	23324	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_008589	AT	6	23381	23391	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_008589	TTGAA	3	24490	24503	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	118411122
42	NC_008589	TA	7	26735	26747	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_008589	TGG	4	26877	26888	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	118411125
44	NC_008589	CAAA	3	27101	27112	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	118411125
45	NC_008589	TA	7	27200	27215	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
46	NC_008589	TTTA	3	27248	27259	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008589	ATTTTT	3	28099	28116	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	118411127
48	NC_008589	TA	6	28410	28420	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	118411127
49	NC_008589	TTTC	3	28836	28846	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	118411127
50	NC_008589	TAA	4	29165	29175	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	118411127
51	NC_008589	AATT	3	30093	30103	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	118411127
52	NC_008589	TAT	4	30116	30127	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411127
53	NC_008589	ATAA	3	30495	30505	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	118411127
54	NC_008589	CATA	3	30659	30669	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	118411127
55	NC_008589	AGA	4	31770	31781	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118411127
56	NC_008589	ATT	4	32776	32787	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411128
57	NC_008589	TAACAT	3	32878	32896	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	118411128
58	NC_008589	TTTCT	4	37658	37678	21	0 %	80 %	0 %	20 %	9 %	118411129
59	NC_008589	TTTA	3	38210	38221	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	118411129
60	NC_008589	ATT	4	38865	38875	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_008589	TTTA	3	39226	39238	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_008589	AT	6	39629	39640	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_008589	TATTTA	3	39646	39662	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
64	NC_008589	ATAA	3	40027	40038	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	118411131
65	NC_008589	TGT	4	41350	41361	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	118411134
66	NC_008589	GGT	4	41495	41506	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	118411134
67	NC_008589	TTCAA	4	41938	41956	19	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	118411134
68	NC_008589	ATTTT	3	42916	42931	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_008589	TTA	4	43301	43312	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411136
70	NC_008589	TAT	5	43692	43705	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	118411136
71	NC_008589	TTA	4	44764	44774	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_008589	AT	7	44954	44967	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_008589	TTG	4	45308	45319	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	118411138
74	NC_008589	TC	6	46610	46621	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	118411140
75	NC_008589	TAT	4	46848	46859	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_008589	AT	7	46892	46905	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_008589	ATTT	3	47528	47538	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	118411141
78	NC_008589	CAA	4	47867	47878	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	118411141
79	NC_008589	CCA	4	47953	47964	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	118411141
80	NC_008589	TA	6	48866	48877	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_008589	AAT	4	49336	49346	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	118411142
82	NC_008589	TAAA	3	50098	50109	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_008589	TAA	4	51111	51122	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	118411146
84	NC_008589	ATA	4	51898	51908	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	118411148
85	NC_008589	TAT	4	52371	52382	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411148
86	NC_008589	ATT	4	53420	53431	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	193735617
87	NC_008589	GTG	4	53479	53490	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	193735617
88	NC_008589	CTT	4	54206	54217	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	193735617
89	NC_008589	TAAA	3	54340	54350	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_008589	TA	6	54389	54400	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_008589	TAAA	3	54544	54555	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_008589	TACT	3	55426	55437	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
93	NC_008589	TAAAA	3	55740	55754	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_008589	CTGG	3	56053	56063	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	118411153
95	NC_008589	TTAAAA	3	57954	57971	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_008589	TAT	4	58383	58393	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	118411156
97	NC_008589	GGTAT	3	58704	58718	15	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	118411156
98	NC_008589	TAAA	3	59233	59243	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	118411156
99	NC_008589	ATG	5	59380	59394	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	118411156
100	NC_008589	ATTT	3	59463	59474	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_008589	ATAA	3	59557	59568	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	118411157
102	NC_008589	TCA	4	61283	61294	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	118411163
103	NC_008589	TTA	4	61739	61751	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	118411164
104	NC_008589	AATT	3	63969	63979	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_008589	ATT	4	64904	64915	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411168
106	NC_008589	GATT	3	65566	65577	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_008589	TTG	4	66323	66333	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	118411170
108	NC_008589	TAGAG	3	67609	67623	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_008589	GAAA	3	67971	67981	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_008589	AGCG	3	68997	69007	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
111	NC_008589	AGGT	3	70400	70411	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_008589	GTAA	3	71550	71561	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_008589	ATT	4	71937	71948	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_008589	ATT	4	72889	72899	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	118411173
115	NC_008589	AGA	5	73298	73312	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	118411173
116	NC_008589	AAT	4	73545	73556	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	118411173
117	NC_008589	GTAAAA	3	73922	73939	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	118411174
118	NC_008589	TTAA	3	76109	76120	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	118411176
119	NC_008589	TGA	4	76455	76466	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	118411176
120	NC_008589	TAA	4	77225	77237	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_008589	ATT	4	77547	77558	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411178
122	NC_008589	ATT	4	77647	77658	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	118411178
123	NC_008589	GATT	3	77756	77767	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	118411178
124	NC_008589	AAAAT	3	79193	79207	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	118411179
125	NC_008589	ATA	4	79298	79309	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	118411179
126	NC_008589	TAAT	4	80063	80078	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	118411179
127	NC_008589	AGC	4	80612	80623	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118411180
128	NC_008589	AAG	4	80884	80895	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118411180
129	NC_008589	ACTT	3	81874	81885	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
130	NC_008589	TA	8	83037	83052	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	118411183
131	NC_008589	TAA	4	83070	83081	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	118411183
132	NC_008589	TAAA	3	83445	83455	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_008589	ATGTAT	3	84523	84540	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
134	NC_008589	CTAT	3	84658	84669	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
135	NC_008589	TA	11	85394	85414	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_008589	TCT	5	87737	87751	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	118411189
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142	NC_008589	AT	6	89703	89714	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_008589	CAAT	3	90052	90063	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	118411190
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158	NC_008589	AAAT	3	100797	100808	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_008589	TAAT	3	100842	100853	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	118411212
160	NC_008589	TTAC	3	103033	103044	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
161	NC_008589	AGTT	4	103554	103569	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	118411217
162	NC_008589	TA	6	104017	104028	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
163	NC_008589	CTG	4	104375	104386	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118411218
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167	NC_008589	TAAT	3	105642	105652	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
168	NC_008589	TAT	4	105693	105704	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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170	NC_008589	TAT	4	109057	109067	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
171	NC_008589	TTAA	3	109109	109120	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_008589	ATCTT	3	110062	110076	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
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198	NC_008589	TA	6	122147	122157	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
199	NC_008589	TTAC	3	122454	122466	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
200	NC_008589	CTTT	3	126083	126093	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
201	NC_008589	CTCTA	3	126442	126456	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
202	NC_008589	CAA	4	127732	127742	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	118411236
203	NC_008589	TA	6	128361	128371	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
204	NC_008589	AATC	3	128488	128499	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
205	NC_008589	AT	7	128622	128634	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Thalassiosira pseudonana chloroplast