ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Phaeodactylum tricornutum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008588	ACC	4	552	563	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	118410963
2	NC_008588	GTA	4	658	670	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	118410963
3	NC_008588	TAT	4	737	748	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118410963
4	NC_008588	ATT	4	1032	1043	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118410963
5	NC_008588	ACC	4	2825	2836	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	118410964
6	NC_008588	ATG	4	3677	3687	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	118410964
7	NC_008588	ATAA	3	4613	4623	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_008588	TTAA	3	4969	4979	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	118410966
9	NC_008588	AATT	3	5924	5935	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008588	AATT	3	6616	6626	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	118410969
11	NC_008588	TAA	4	8009	8020	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	118410970
12	NC_008588	GAA	4	9481	9492	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118410973
13	NC_008588	TAGAA	3	10192	10206	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	118410976
14	NC_008588	TA	6	12130	12143	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_008588	TAA	4	12847	12857	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_008588	CTA	4	14560	14570	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	193735613
17	NC_008588	CCAA	3	15486	15496	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	118410982
18	NC_008588	AAT	4	15517	15528	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	118410982
19	NC_008588	AACT	3	15835	15846	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	118410983
20	NC_008588	TA	7	15979	15992	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_008588	TTA	4	16225	16236	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118410984
22	NC_008588	ATAGT	3	16556	16570	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_008588	TAA	4	17344	17355	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	118410986
24	NC_008588	TAA	5	18057	18073	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
25	NC_008588	TAT	4	18075	18086	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_008588	TTTAA	3	18364	18377	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_008588	TTAA	3	18649	18660	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_008588	TAAA	3	18844	18855	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	118410990
29	NC_008588	TTTA	3	18871	18881	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	118410991
30	NC_008588	AAT	4	20563	20573	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_008588	AAAC	3	20865	20875	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
32	NC_008588	TTAAA	3	21197	21211	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008588	ATT	4	21458	21468	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_008588	CAA	4	22244	22255	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	118410995
35	NC_008588	TATT	3	22798	22809	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	118410996
36	NC_008588	TAAA	3	24151	24161	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_008588	TA	6	24909	24919	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_008588	TTAA	3	25017	25028	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_008588	CAC	4	25308	25319	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	118411000
40	NC_008588	GAC	4	26172	26182	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	118411001
41	NC_008588	TTA	4	28759	28769	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_008588	AAAT	3	28779	28789	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	118411004
43	NC_008588	AATC	3	31301	31312	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	118411008
44	NC_008588	ATAA	3	32525	32537	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	118411010
45	NC_008588	AAAAT	3	32723	32738	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	118411010
46	NC_008588	TAAAAT	3	33203	33220	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	118411010
47	NC_008588	ATA	4	34407	34419	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	118411012
48	NC_008588	TCT	4	35481	35492	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	118411013
49	NC_008588	CTT	4	35767	35778	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	118411013
50	NC_008588	AAT	4	35956	35967	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	118411014
51	NC_008588	TTTG	3	36128	36139	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	118411014
52	NC_008588	AT	6	36465	36475	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_008588	ATTA	4	36506	36521	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_008588	A	13	37497	37509	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	118411017
55	NC_008588	ATTT	3	38008	38018	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	118411017
56	NC_008588	AAG	4	38371	38382	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118411017
57	NC_008588	AGA	4	41509	41520	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118411018
58	NC_008588	ATGTTA	3	42802	42820	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	118411018
59	NC_008588	GAA	4	43025	43036	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118411018
60	NC_008588	ATA	4	44630	44640	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	118411019
61	NC_008588	TAAAAA	3	45878	45895	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	118411019
62	NC_008588	ATT	4	45983	45993	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	118411019
63	NC_008588	CAG	4	50886	50897	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118411023
64	NC_008588	TAA	4	51296	51307	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_008588	AAAG	3	51509	51519	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	118411024
66	NC_008588	AATT	3	53404	53414	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	118411025
67	NC_008588	TAT	4	54657	54668	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411027
68	NC_008588	CTAA	3	55150	55161	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	118411028
69	NC_008588	CAA	4	59230	59241	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	118411032
70	NC_008588	GAAA	3	59764	59774	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	118411032
71	NC_008588	AT	8	60215	60229	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_008588	GTATT	3	60647	60661	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_008588	AAAAC	3	61675	61688	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	118411036
74	NC_008588	TTA	7	63993	64013	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_008588	AATA	3	67164	67175	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_008588	ATAA	3	68610	68621	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_008588	AGGT	3	68643	68654	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_008588	ATATA	3	70353	70367	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_008588	TA	6	70759	70769	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	118411041
80	NC_008588	CGAT	3	73570	73580	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	118411045
81	NC_008588	GAAA	3	74753	74763	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	118411045
82	NC_008588	ATTT	3	74972	74983	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	118411045
83	NC_008588	AAATT	3	75274	75289	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_008588	TAA	4	75482	75494	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_008588	ATT	4	75904	75915	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	118411047
86	NC_008588	TTA	4	77112	77124	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	118411048
87	NC_008588	AGC	4	78856	78867	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118411049
88	NC_008588	AAG	4	79128	79139	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118411049
89	NC_008588	ATT	4	80054	80065	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_008588	TAAC	3	80342	80352	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	118411051
91	NC_008588	GGC	4	80877	80889	13	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	118411052
92	NC_008588	AATT	3	84903	84914	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	118411056
93	NC_008588	ATTAA	3	85530	85544	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	118411056
94	NC_008588	ACTGAA	3	85669	85685	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	118411056
95	NC_008588	GATT	4	86898	86913	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	118411057
96	NC_008588	CTG	4	87198	87209	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118411057
97	NC_008588	TAT	4	87687	87698	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411057
98	NC_008588	TTTTTA	3	87991	88008	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
99	NC_008588	ATA	4	88078	88089	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_008588	ATTC	3	88147	88158	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
101	NC_008588	GGT	4	89161	89172	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	118411059
102	NC_008588	AATAA	3	89254	89267	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	118411059
103	NC_008588	CTAAA	3	91005	91018	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	118411062
104	NC_008588	GAAAT	3	91128	91142	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	118411063
105	NC_008588	AAAT	3	91394	91405	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	118411063
106	NC_008588	TAAAT	3	91559	91573	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008588	TTAA	3	93735	93746	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	118411068
108	NC_008588	TTCA	3	94329	94339	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	118411070
109	NC_008588	AATT	3	94886	94898	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	118411071
110	NC_008588	AAT	4	95086	95098	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	118411071
111	NC_008588	AAAT	3	96226	96236	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	118411074
112	NC_008588	ACTT	3	100097	100108	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	118411080
113	NC_008588	ATA	4	100133	100144	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	118411080
114	NC_008588	TAAA	3	100349	100359	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	118411080
115	NC_008588	TCA	4	100828	100839	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	118411081
116	NC_008588	ATT	4	101051	101062	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	118411082
117	NC_008588	A	15	101689	101703	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	118411084
118	NC_008588	ACA	4	101758	101769	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	118411084
119	NC_008588	AGTT	4	102180	102195	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	118411085
120	NC_008588	ACA	4	103451	103463	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	118411086
121	NC_008588	TTAA	3	103891	103902	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	118411086
122	NC_008588	AACTTA	3	104267	104284	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
123	NC_008588	TAAAAA	3	104394	104412	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
124	NC_008588	GTT	4	106448	106459	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	118411088
125	NC_008588	AATT	3	107666	107677	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_008588	AATA	3	108462	108472	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	118411089
127	NC_008588	ATT	4	110448	110458	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_008588	TAAA	3	116667	116677	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	118411094
129	NC_008588	GGAT	3	116902	116914	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	118411094
130	NC_008588	TAA	7	117031	117051	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
131	NC_008588	TAAA	3	117094	117105	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Phaeodactylum tricornutum chloroplast