ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Coffea arabica chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008535	AAC	5	15087	15104	18	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	5 %	116617096
2	NC_008535	AGC	4	25271	25282	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	116617100
3	NC_008535	TCT	4	28346	28356	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
4	NC_008535	ATT	5	28607	28622	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_008535	TTG	4	35297	35307	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	116617104
6	NC_008535	TTC	4	35742	35753	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116617104
7	NC_008535	GCA	4	41190	41201	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	116617108
8	NC_008535	TAA	4	42872	42883	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008535	ATA	4	43120	43131	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008535	GTA	4	45319	45329	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_008535	TAT	4	45466	45477	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_008535	AGA	4	51699	51710	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_008535	TTA	4	52230	52241	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_008535	ATA	4	55281	55293	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	116617115
15	NC_008535	TAA	5	55898	55912	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_008535	TTG	4	56011	56021	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_008535	TTA	4	57824	57836	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_008535	TAA	4	60319	60329	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_008535	ATA	4	60398	60409	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_008535	TAA	4	61909	61920	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_008535	ATT	4	61976	61986	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_008535	AAT	4	68480	68491	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_008535	ATA	4	71360	71372	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	116617154
24	NC_008535	ATT	4	73135	73146	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	116617154
25	NC_008535	ATT	4	73389	73399	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	116617154
26	NC_008535	ATA	4	80007	80018	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	116617154
27	NC_008535	CTT	4	85363	85374	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	116617154
28	NC_008535	GAT	4	85831	85841	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	116617154
29	NC_008535	GAT	4	87197	87207	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	116617154
30	NC_008535	GAT	4	90242	90253	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	116617154
31	NC_008535	TTC	4	99981	99992	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	116617167
32	NC_008535	TAA	4	112263	112274	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	116617167
33	NC_008535	GAA	4	113249	113260	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	116617167
34	NC_008535	TTA	4	113767	113777	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	116617167
35	NC_008535	TTC	4	128233	128244	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	116617167
36	NC_008535	GAA	4	129525	129536	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	116617167
37	NC_008535	AGA	4	140362	140373	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	116617167
38	NC_008535	ATT	4	148962	148973	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	116617170
39	NC_008535	ATC	4	150102	150113	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	116617170
40	NC_008535	ATC	4	153148	153158	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
41	NC_008535	ATC	4	154514	154524	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	116617172
42	NC_008535	GAA	5	154980	154994	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	116617172

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Coffea arabica chloroplast