ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Coffea arabica chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008535	TTTCT	3	121	135	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
2	NC_008535	A	12	152	163	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008535	TTTA	4	1387	1402	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_008535	AAAT	3	1532	1544	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_008535	CATT	3	3882	3893	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008535	TAAAA	4	4160	4180	21	80 %	20 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_008535	AAAT	3	4408	4419	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_008535	TCAA	3	4470	4481	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008535	AAAT	3	4636	4648	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_008535	AATA	3	4802	4812	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_008535	TCTTT	3	5402	5415	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	116617090
12	NC_008535	A	16	5426	5441	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	116617090
13	NC_008535	ATTT	3	5878	5889	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	116617090
14	NC_008535	AAAT	3	7153	7164	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_008535	GATAA	3	8216	8230	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_008535	T	12	8530	8541	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008535	AT	6	9186	9196	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_008535	AAGA	3	10400	10411	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_008535	AATT	3	12285	12297	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	116617094
20	NC_008535	CTTT	3	12740	12751	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	116617094
21	NC_008535	ATTT	3	12767	12777	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	116617094
22	NC_008535	TTTCC	3	13110	13123	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	116617094
23	NC_008535	AAAG	3	13931	13942	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_008535	CAAC	3	13958	13969	12	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008535	ATTCA	3	14217	14230	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
26	NC_008535	TTTA	3	14440	14451	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008535	TCCC	3	14527	14537	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
28	NC_008535	A	14	14939	14952	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_008535	AAC	5	15087	15104	18	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	5 %	116617096
30	NC_008535	TGTT	3	16256	16266	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	116617097
31	NC_008535	TCGC	3	17249	17261	13	0 %	25 %	25 %	50 %	7 %	116617098
32	NC_008535	T	12	18887	18898	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	116617098
33	NC_008535	AT	7	20250	20262	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	116617098
34	NC_008535	AGC	4	25271	25282	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	116617100
35	NC_008535	AATAAA	3	28189	28206	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
36	NC_008535	TCT	4	28346	28356	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
37	NC_008535	ATT	5	28607	28622	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_008535	T	14	30033	30046	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_008535	TTCT	3	30283	30294	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
40	NC_008535	ACAAA	4	30378	30397	20	80 %	0 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
41	NC_008535	CTCC	3	30469	30479	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
42	NC_008535	TA	7	31514	31527	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_008535	TA	6	32032	32044	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_008535	TTATT	3	32879	32892	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_008535	AAAGAA	3	32984	33002	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
46	NC_008535	ATTT	3	33037	33048	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_008535	GAAA	3	34892	34903	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	116617104
48	NC_008535	TTG	4	35297	35307	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	116617104
49	NC_008535	TTC	4	35742	35753	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116617104
50	NC_008535	AG	6	36090	36100	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_008535	TC	6	36683	36693	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	116617105
52	NC_008535	AT	6	36974	36984	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_008535	CTTT	3	37143	37154	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
54	NC_008535	CAAA	3	37178	37188	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_008535	AATG	3	40785	40796	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	116617108
56	NC_008535	GCA	4	41190	41201	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	116617108
57	NC_008535	TG	6	41227	41237	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	116617108
58	NC_008535	TA	6	42828	42841	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_008535	TAA	4	42872	42883	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_008535	TTGA	3	43024	43035	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_008535	ATA	4	43120	43131	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_008535	AT	6	43891	43901	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	116617109
63	NC_008535	GTA	4	45319	45329	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_008535	TAT	4	45466	45477	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_008535	GAAT	3	46645	46657	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_008535	TA	6	47264	47274	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_008535	AT	6	47450	47461	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_008535	CTTT	3	48559	48570	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
69	NC_008535	T	13	49238	49250	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_008535	CAGA	3	49541	49551	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	116617111
71	NC_008535	ATTTT	3	49912	49925	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_008535	AAAT	3	50977	50987	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	116617113
73	NC_008535	T	13	51407	51419	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_008535	T	15	51547	51561	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
75	NC_008535	AGA	4	51699	51710	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_008535	TTCA	3	52208	52219	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
77	NC_008535	TTA	4	52230	52241	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_008535	ATTT	3	52454	52464	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_008535	TTGAT	3	53302	53315	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_008535	ATA	4	55281	55293	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	116617115
81	NC_008535	TAA	5	55898	55912	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_008535	TTG	4	56011	56021	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_008535	TTA	4	57824	57836	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_008535	AAAT	3	58133	58144	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008535	A	12	59960	59971	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_008535	T	16	59973	59988	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_008535	TAA	4	60319	60329	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_008535	ATA	4	60398	60409	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_008535	AAAT	3	60415	60425	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_008535	TAA	4	61909	61920	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_008535	ATT	4	61976	61986	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_008535	AT	6	63376	63386	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	116617121
93	NC_008535	TATT	3	64375	64386	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_008535	A	15	64962	64976	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_008535	CTTTAT	3	66821	66839	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
96	NC_008535	T	14	67229	67242	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_008535	TA	6	67940	67950	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_008535	AAT	4	68480	68491	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_008535	TAGAA	3	68505	68520	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_008535	ATTT	3	69590	69600	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_008535	TA	6	69684	69695	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	116617131
102	NC_008535	ATA	4	71360	71372	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	116617154
103	NC_008535	TTAT	3	71565	71576	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	116617154
104	NC_008535	TTGT	3	71588	71599	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	116617154
105	NC_008535	GATAA	3	71743	71756	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	116617154
106	NC_008535	TAAA	3	72424	72436	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	116617154
107	NC_008535	T	13	72649	72661	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	116617154
108	NC_008535	ATT	4	73135	73146	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	116617154
109	NC_008535	AT	6	73153	73163	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	116617154
110	NC_008535	ATT	4	73389	73399	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	116617154
111	NC_008535	TTGG	3	74553	74564	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	116617154
112	NC_008535	A	15	75189	75203	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	116617154
113	NC_008535	TA	6	76503	76514	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	116617154
114	NC_008535	TTTC	3	76623	76633	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	116617154
115	NC_008535	TA	6	77435	77445	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	116617154
116	NC_008535	AT	6	77485	77495	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	116617154
117	NC_008535	A	12	77853	77864	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	116617154
118	NC_008535	ACTTA	3	77880	77893	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	116617154
119	NC_008535	ATA	4	80007	80018	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	116617154
120	NC_008535	AAAT	3	82760	82770	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	116617154
121	NC_008535	TTAT	3	82930	82941	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	116617154
122	NC_008535	T	15	82948	82962	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	116617154
123	NC_008535	ACTT	3	83158	83168	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	116617154
124	NC_008535	T	16	83261	83276	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	116617154
125	NC_008535	CAAT	3	83863	83873	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	116617154
126	NC_008535	T	13	85267	85279	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	116617154
127	NC_008535	CTT	4	85363	85374	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	116617154
128	NC_008535	GAT	4	85831	85841	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	116617154
129	NC_008535	GAT	4	87197	87207	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	116617154
130	NC_008535	CT	6	87836	87846	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	116617154
131	NC_008535	ATCG	3	89652	89664	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	116617154
132	NC_008535	GAT	4	90242	90253	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	116617154
133	NC_008535	AATA	3	92798	92810	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	116617154
134	NC_008535	TTGA	3	93687	93699	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	116617154
135	NC_008535	TCCTAA	3	95316	95333	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	116617154
136	NC_008535	TCCGG	3	95436	95450	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	116617154
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194	NC_008535	A	13	155078	155090	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Coffea arabica chloroplast