ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Piper cenocladum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008457	CAG	4	887	898	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	115605002
2	NC_008457	AT	6	1514	1525	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008457	ACT	4	1846	1857	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
4	NC_008457	ATTTT	3	1903	1917	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_008457	TTTG	3	2221	2232	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	115605003
6	NC_008457	ATAA	3	2578	2589	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	115605003
7	NC_008457	T	13	3733	3745	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_008457	ATA	4	4306	4316	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_008457	A	15	4798	4812	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_008457	C	13	5540	5552	13	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	115605004
11	NC_008457	AATT	3	5718	5729	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	115605004
12	NC_008457	TTTATT	3	5959	5977	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	115605004
13	NC_008457	T	14	6663	6676	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_008457	AT	8	7193	7210	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
15	NC_008457	TCT	4	8089	8101	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
16	NC_008457	TAGA	3	8793	8804	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_008457	TTCTTT	3	9056	9074	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
18	NC_008457	C	17	9314	9330	17	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008457	AT	6	9361	9371	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_008457	T	15	10011	10025	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_008457	GTTT	3	10552	10563	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	115605007
22	NC_008457	AT	7	12840	12852	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	115605008
23	NC_008457	TTTCT	3	14748	14761	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
24	NC_008457	GTT	4	14929	14940	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_008457	TCAA	3	16240	16251	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
26	NC_008457	CTTTTT	3	17014	17031	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
27	NC_008457	TGT	4	17372	17382	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	115605012
28	NC_008457	TCAA	3	17465	17476	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	115605012
29	NC_008457	TTGT	3	18839	18850	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	115605012
30	NC_008457	T	13	19241	19253	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	115605012
31	NC_008457	CCTCC	4	19770	19788	19	0 %	20 %	0 %	80 %	5 %	115605012
32	NC_008457	AT	6	20533	20544	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	115605012
33	NC_008457	ATTCC	3	22953	22966	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	115605013
34	NC_008457	GTT	4	24360	24371	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	115605013
35	NC_008457	GAAA	3	27006	27018	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	115605014
36	NC_008457	ACAT	3	28197	28208	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
37	NC_008457	TTCAA	4	28295	28313	19	40 %	40 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
38	NC_008457	CTGT	3	28738	28749	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
39	NC_008457	CAA	4	29115	29125	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
40	NC_008457	AAATC	4	29232	29251	20	60 %	20 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
41	NC_008457	TAT	4	29325	29337	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_008457	T	16	29561	29576	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_008457	TGT	4	29769	29779	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_008457	TTTA	3	29831	29841	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_008457	TGA	4	30620	30631	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_008457	TCTT	3	30798	30809	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
47	NC_008457	AGAT	3	31135	31146	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008457	AATT	5	31154	31173	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
49	NC_008457	TAT	4	32730	32741	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_008457	TA	9	32788	32805	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
51	NC_008457	AT	6	32812	32822	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_008457	ATA	4	33278	33289	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_008457	TTCC	3	33630	33641	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
54	NC_008457	AACA	3	33899	33909	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_008457	TA	10	33965	33984	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
56	NC_008457	TA	7	34000	34013	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_008457	AGA	4	34260	34271	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_008457	AGA	4	34515	34526	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115605017
59	NC_008457	GGTT	3	34582	34594	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	115605017
60	NC_008457	GAAA	3	35950	35961	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	115605018
61	NC_008457	TTC	4	36800	36811	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115605018
62	NC_008457	AG	6	37171	37181	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_008457	TC	6	37799	37809	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	115605019
64	NC_008457	G	13	37863	37875	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_008457	AT	6	38062	38073	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_008457	GAAT	3	40034	40044	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	115605021
67	NC_008457	ATG	4	40389	40399	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	115605021
68	NC_008457	AATG	3	41882	41893	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	115605022
69	NC_008457	TG	6	42324	42334	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	115605022
70	NC_008457	TTAA	3	43668	43678	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_008457	TTTC	3	44519	44529	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	115605023
72	NC_008457	TAT	4	44566	44577	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115605023
73	NC_008457	GTT	4	46597	46608	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_008457	A	13	46970	46982	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_008457	AGT	4	47461	47472	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	115605024
76	NC_008457	AGAA	3	48528	48539	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_008457	AT	8	48685	48700	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_008457	TTGA	3	49003	49015	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_008457	AAT	4	49544	49555	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008457	TAA	4	49903	49914	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_008457	TTTAAT	3	52748	52766	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
82	NC_008457	T	14	52898	52911	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_008457	ATTA	3	53028	53039	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_008457	TTGG	3	53464	53475	12	0 %	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008457	ATTT	3	53998	54008	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_008457	TTTC	3	54751	54762	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
87	NC_008457	ATA	4	56814	56825	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115605029
88	NC_008457	ATTC	3	57150	57160	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
89	NC_008457	TATT	3	57317	57328	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_008457	TTG	4	57564	57574	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_008457	GGAC	3	57818	57829	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	115605030
92	NC_008457	GGTA	3	58599	58609	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	115605030
93	NC_008457	ATAAA	4	59111	59130	20	80 %	20 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_008457	TTATA	3	59434	59448	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_008457	CT	7	59587	59600	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
96	NC_008457	ATT	4	60238	60249	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115605031
97	NC_008457	AAAATA	4	61363	61386	24	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_008457	TTC	4	61580	61590	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
99	NC_008457	GAAA	3	61610	61621	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_008457	A	12	61661	61672	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_008457	TTA	4	61805	61817	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_008457	CAAA	3	62118	62129	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	115605032
103	NC_008457	ATTT	4	62163	62178	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
104	NC_008457	ATCC	3	62978	62990	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	115605033
105	NC_008457	TTTAAT	3	63840	63858	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
106	NC_008457	AATG	3	64867	64878	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	115605034
107	NC_008457	TCTT	3	66692	66702	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
108	NC_008457	ATAG	3	68015	68025	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_008457	ATGA	3	68032	68043	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_008457	AAAT	3	68263	68274	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_008457	AAAT	3	68285	68296	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_008457	TTCT	3	68531	68541	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
113	NC_008457	TGAA	3	68876	68887	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_008457	CAAA	3	68897	68908	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
115	NC_008457	ATA	6	69753	69769	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
116	NC_008457	AGA	4	69813	69823	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_008457	ATA	5	70003	70017	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
118	NC_008457	TAGAG	3	70774	70787	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	115605043
119	NC_008457	TA	12	70839	70861	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_008457	ATAA	4	70897	70912	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_008457	TTAA	3	71941	71951	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_008457	AGA	4	73282	73293	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115605088
123	NC_008457	TCT	4	73818	73829	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115605088
124	NC_008457	AAAAAT	3	74211	74229	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	115605088
125	NC_008457	TTCT	3	74809	74820	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	115605088
126	NC_008457	AATA	4	75435	75449	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	115605088
127	NC_008457	TTAG	3	77903	77914	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	115605088
128	NC_008457	TTTC	3	78277	78287	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	115605088
129	NC_008457	A	15	78551	78565	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	115605088
130	NC_008457	TGAAA	3	80952	80966	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	115605088
131	NC_008457	T	16	81366	81381	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	115605088
132	NC_008457	T	15	83823	83837	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	115605088
133	NC_008457	GAAA	4	84405	84419	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	115605088
134	NC_008457	AGAAAT	3	84432	84448	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	115605088
135	NC_008457	A	15	84451	84465	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	115605088
136	NC_008457	CAAT	3	86219	86229	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	115605088
137	NC_008457	TA	6	86850	86860	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	115605088
138	NC_008457	TTTTCT	3	87679	87696	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	115605088
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143	NC_008457	CTTT	3	92575	92585	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	115605088
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220	NC_008457	A	14	145413	145426	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	115605086
221	NC_008457	TAAGTA	4	145473	145498	26	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	7 %	115605086
222	NC_008457	CGAAA	3	147368	147381	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
223	NC_008457	AT	6	150207	150218	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
224	NC_008457	CTCCTT	3	152155	152172	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	115605084
225	NC_008457	TGAA	3	152885	152896	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	115605084
226	NC_008457	TGAT	3	153955	153967	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	115605084
227	NC_008457	T	12	155150	155161	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	115605084
228	NC_008457	AAAG	3	155708	155718	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	115605084
229	NC_008457	ATTT	3	156771	156782	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	115605084
230	NC_008457	ATC	4	158598	158608	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
231	NC_008457	GTTTC	3	160544	160557	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
232	NC_008457	AAAAAG	3	160599	160616	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Piper cenocladum chloroplast