ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Jasminum nudiflorum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008407	TCAA	3	347	357	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_008407	CTTTT	3	369	382	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
3	NC_008407	AAGT	3	1264	1274	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	115391882
4	NC_008407	AATG	5	1835	1854	20	50 %	25 %	25 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_008407	TAAT	3	2346	2357	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008407	AAG	4	3302	3313	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115391883
7	NC_008407	GAA	4	3332	3343	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115391883
8	NC_008407	CATT	3	4407	4418	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008407	AAAATC	4	4930	4954	25	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008407	AAAC	4	5073	5088	16	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
11	NC_008407	TGAAA	3	5321	5334	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_008407	TTC	4	5918	5930	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	115391884
13	NC_008407	TTCTAT	3	6785	6801	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
14	NC_008407	AAAT	3	7172	7183	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_008407	AAAG	3	7194	7204	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_008407	GA	6	7799	7810	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_008407	ATTCT	3	7850	7863	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
18	NC_008407	ATAA	3	8099	8109	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_008407	GAAAA	3	9668	9683	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_008407	TC	6	9786	9796	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
21	NC_008407	A	13	10010	10022	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_008407	CAA	4	10218	10229	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
23	NC_008407	ATTTGA	3	10264	10280	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
24	NC_008407	AAAC	3	10298	10310	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
25	NC_008407	TGAAA	3	10430	10444	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008407	ATGA	3	13750	13762	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	115391888
27	NC_008407	TTTCT	3	13880	13893	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	115391888
28	NC_008407	TTC	4	13913	13925	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	115391888
29	NC_008407	T	25	14567	14591	25	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_008407	TGTT	3	17473	17483	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	115391891
31	NC_008407	TACCTT	3	17730	17748	19	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	115391891
32	NC_008407	A	15	17898	17912	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_008407	T	16	18239	18254	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	115391892
34	NC_008407	AATGT	3	18890	18903	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	115391892
35	NC_008407	T	12	19758	19769	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	115391892
36	NC_008407	T	13	20157	20169	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	115391892
37	NC_008407	T	17	20690	20706	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	115391892
38	NC_008407	TA	6	21535	21546	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	115391892
39	NC_008407	TTA	4	22837	22848	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	270045278
40	NC_008407	CTT	4	23830	23841	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	270045278
41	NC_008407	GAAT	3	24403	24413	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	270045278
42	NC_008407	CCTA	3	26216	26226	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	115391894
43	NC_008407	TAGTAA	3	28822	28839	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008407	TCT	5	29914	29927	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
45	NC_008407	CTT	4	30457	30468	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
46	NC_008407	AAT	4	31227	31237	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_008407	TCTT	3	31805	31816	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008407	TTAT	3	32347	32357	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_008407	ATTTC	3	33414	33429	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
50	NC_008407	A	15	33431	33445	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_008407	AGA	4	33516	33526	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_008407	TCTA	3	34649	34660	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008407	AAAGAA	3	34960	34978	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
54	NC_008407	GAAA	3	36899	36910	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	115391898
55	NC_008407	AG	6	38108	38118	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_008407	TC	6	38712	38722	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	115391899
57	NC_008407	GAT	4	41340	41351	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	115391901
58	NC_008407	ATGG	3	42839	42851	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	115391902
59	NC_008407	GCA	4	43239	43250	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	115391902
60	NC_008407	ATCT	3	44560	44570	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
61	NC_008407	TA	6	44882	44893	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_008407	CATTT	3	44912	44925	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
63	NC_008407	ATTTCG	3	44934	44951	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
64	NC_008407	ATA	5	45009	45023	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_008407	A	17	45020	45036	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
66	NC_008407	TTTC	3	45037	45048	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008407	TTAATA	3	46461	46479	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
68	NC_008407	AATT	3	46501	46511	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_008407	CCT	4	46668	46679	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
70	NC_008407	CTT	4	46960	46971	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
71	NC_008407	CTCAAG	3	47242	47259	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
72	NC_008407	ATTT	3	48010	48021	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_008407	AT	7	48061	48076	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_008407	T	15	49017	49031	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	115391905
75	NC_008407	GTA	4	50266	50276	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_008407	GAAA	3	50571	50581	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_008407	TCTTT	3	50698	50711	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
78	NC_008407	T	17	51884	51900	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008407	ATAGAA	3	52077	52095	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
80	NC_008407	ATTT	3	52467	52478	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_008407	AT	6	53238	53248	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_008407	A	17	54289	54305	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
83	NC_008407	AACC	3	57380	57392	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
84	NC_008407	TATT	3	60737	60747	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_008407	TGCA	3	62084	62096	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	115391912
86	NC_008407	TAA	4	63559	63569	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_008407	ATA	4	64424	64434	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_008407	GAAT	3	64557	64567	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_008407	ATGA	3	64763	64775	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_008407	GAAT	3	64830	64840	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_008407	ATGA	3	64859	64871	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_008407	GAT	4	64929	64940	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_008407	AATG	3	64956	64966	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_008407	GAAT	3	65118	65128	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_008407	GAAT	3	65202	65212	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_008407	GAAT	3	65394	65404	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_008407	GAAT	3	65586	65596	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_008407	GAAT	3	65634	65644	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_008407	ATGGTA	3	65785	65802	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
100	NC_008407	TCT	4	66148	66159	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
101	NC_008407	TTTTGA	3	66450	66467	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
102	NC_008407	AT	6	67688	67698	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	115391914
103	NC_008407	TGT	4	68625	68636	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_008407	TTTAT	3	68684	68697	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_008407	A	24	69288	69311	24	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_008407	TTTC	3	70696	70707	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
107	NC_008407	ATCAAA	3	71299	71315	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
108	NC_008407	AGA	4	72718	72729	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_008407	AAAGA	4	72973	72993	21	80 %	0 %	20 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_008407	ATAA	6	74282	74304	23	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	115391922
111	NC_008407	TTG	4	75423	75433	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_008407	T	13	75506	75518	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_008407	TGAA	3	75996	76007	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_008407	TTTC	3	76037	76049	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
115	NC_008407	T	14	76173	76186	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008407	AGAAAT	3	76257	76273	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
117	NC_008407	TACTGA	3	76745	76763	19	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
118	NC_008407	ATC	4	77121	77131	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	115391948
119	NC_008407	TCTT	5	77175	77194	20	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	115391948
120	NC_008407	TA	6	79274	79285	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	115391948
121	NC_008407	CGT	4	79459	79470	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	115391948
122	NC_008407	TTGT	3	80166	80177	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	115391948
123	NC_008407	GGTT	3	81869	81880	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	115391948
124	NC_008407	TCT	4	82240	82251	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115391948
125	NC_008407	CAAA	5	82534	82552	19	75 %	0 %	0 %	25 %	10 %	115391948
126	NC_008407	AGAT	3	82856	82867	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	115391948
127	NC_008407	TCT	4	85128	85138	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	115391948
128	NC_008407	AGTA	3	85357	85367	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	115391948
129	NC_008407	T	14	86578	86591	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	115391948
130	NC_008407	CTTT	3	86592	86603	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	115391948
131	NC_008407	G	15	88302	88316	15	0 %	0 %	100 %	0 %	6 %	115391948
132	NC_008407	T	13	90723	90735	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	115391948
133	NC_008407	ATTTC	3	90765	90778	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	115391948
134	NC_008407	TTCT	3	90890	90901	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	115391948
135	NC_008407	T	14	92725	92738	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	115391948
136	NC_008407	GAT	4	93443	93453	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	115391948
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138	NC_008407	TCT	4	95319	95330	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115391948
139	NC_008407	ATCG	3	96600	96612	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	115391948
140	NC_008407	GAT	4	96983	96994	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	115391948
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215	NC_008407	CATAC	3	156646	156659	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
216	NC_008407	TCTT	3	156851	156863	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	115391966
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220	NC_008407	TTGGA	3	158025	158039	15	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	115391966
221	NC_008407	T	13	158540	158552	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	115391966
222	NC_008407	CAATAT	3	158613	158630	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	0 %	115391966
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225	NC_008407	CGAT	3	161387	161399	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	115391966
226	NC_008407	GAA	4	162670	162681	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	115391966
227	NC_008407	AACTA	5	163007	163030	24	60 %	20 %	0 %	20 %	8 %	Non-Coding
228	NC_008407	ATC	4	164546	164556	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	115391968

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Jasminum nudiflorum chloroplast