ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Stigeoclonium helveticum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008372	AAT	4	2779	2790	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350034
2	NC_008372	CTT	4	12138	12149	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350009
3	NC_008372	CTT	4	14238	14248	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	115350009
4	NC_008372	ATT	4	14371	14382	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350009
5	NC_008372	ATT	4	20985	20997	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_008372	ATA	8	23450	23472	23	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
7	NC_008372	GCT	4	26901	26912	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	115350026
8	NC_008372	ATT	5	34849	34863	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	115350026
9	NC_008372	TAA	4	41389	41401	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	115350026
10	NC_008372	GAA	4	41866	41876	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	115350026
11	NC_008372	AAT	4	45498	45509	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
12	NC_008372	TAA	4	45716	45728	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	115350026
13	NC_008372	AGA	4	45949	45959	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	115350026
14	NC_008372	AGT	4	47705	47717	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	115350026
15	NC_008372	ATT	4	48221	48232	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
16	NC_008372	TAT	4	48450	48461	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
17	NC_008372	GAA	4	52067	52078	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
18	NC_008372	ATA	4	53369	53380	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
19	NC_008372	AGA	4	54058	54070	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	115350026
20	NC_008372	ATA	4	54345	54356	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	115350026
21	NC_008372	CTT	4	54756	54767	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
22	NC_008372	TGT	4	54871	54882	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
23	NC_008372	GTA	4	55546	55557	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
24	NC_008372	TAT	4	55672	55683	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	115350026
25	NC_008372	AAT	4	61756	61767	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
26	NC_008372	GCT	4	64415	64426	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	115350026
27	NC_008372	TAA	4	64986	64996	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	115350026
28	NC_008372	GAA	4	65769	65779	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	115350026
29	NC_008372	TTC	4	66271	66282	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
30	NC_008372	ATC	4	68218	68229	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
31	NC_008372	TAT	4	68267	68279	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	115350026
32	NC_008372	CTT	4	68751	68761	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	115350026
33	NC_008372	AGA	4	70285	70296	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
34	NC_008372	TCT	4	72965	72976	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115350026
35	NC_008372	ATT	4	74643	74654	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
36	NC_008372	TCG	4	74794	74805	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	115350026
37	NC_008372	ATA	4	75404	75416	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	115350026
38	NC_008372	TTA	4	77734	77745	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
39	NC_008372	GTT	4	79882	79892	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	115350026
40	NC_008372	GAA	4	80911	80922	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
41	NC_008372	ATT	4	85077	85088	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
42	NC_008372	GAA	4	86629	86640	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
43	NC_008372	TTA	4	88179	88190	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
44	NC_008372	TCT	4	89290	89301	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
45	NC_008372	GAA	4	91113	91124	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
46	NC_008372	ATT	4	92068	92079	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
47	NC_008372	TGG	4	94546	94557	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	115350026
48	NC_008372	ATA	4	96448	96458	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	115350026
49	NC_008372	GAA	4	97528	97538	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	115350026
50	NC_008372	TAA	4	97894	97905	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
51	NC_008372	GAA	4	98252	98263	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
52	NC_008372	TCT	4	98291	98302	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
53	NC_008372	ATA	4	101732	101744	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	115350026
54	NC_008372	TAA	4	102447	102457	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	115350026
55	NC_008372	ATT	4	105266	105277	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
56	NC_008372	TAA	4	106925	106936	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
57	NC_008372	AGA	4	107014	107025	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
58	NC_008372	TAA	4	107992	108002	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	115350026
59	NC_008372	ATT	5	108604	108618	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	115350026
60	NC_008372	TAT	5	109740	109760	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	115350026
61	NC_008372	ATT	4	110527	110538	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
62	NC_008372	CTT	4	112329	112340	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
63	NC_008372	GAA	4	112742	112753	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
64	NC_008372	TCT	5	112760	112773	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	115350026
65	NC_008372	TAT	4	114360	114371	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
66	NC_008372	ATT	4	114745	114756	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
67	NC_008372	CTT	4	114954	114965	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
68	NC_008372	GAA	4	117722	117733	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
69	NC_008372	ATA	4	119114	119125	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
70	NC_008372	AAT	4	119573	119584	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
71	NC_008372	TAA	4	121404	121415	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
72	NC_008372	ATA	4	121418	121429	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
73	NC_008372	TAC	4	122247	122258	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
74	NC_008372	ATA	4	124633	124644	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
75	NC_008372	ACA	4	125758	125769	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
76	NC_008372	TCT	4	126804	126816	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	115350026
77	NC_008372	ATA	4	127243	127255	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	115350026
78	NC_008372	TAA	4	130477	130488	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
79	NC_008372	GAA	4	130610	130620	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	115350026
80	NC_008372	AAT	4	132118	132128	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	115350026
81	NC_008372	TAT	4	132211	132222	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
82	NC_008372	TAA	4	132217	132231	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	115350026
83	NC_008372	AGC	4	132492	132503	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	115350026
84	NC_008372	ATA	4	132814	132824	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	115350026
85	NC_008372	TAT	4	133787	133799	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	115350026
86	NC_008372	TAT	4	134147	134158	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
87	NC_008372	AAG	4	134511	134521	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	115350026
88	NC_008372	AGA	4	134734	134746	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	115350026
89	NC_008372	TCT	4	134761	134771	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	115350026
90	NC_008372	CTT	4	138446	138457	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
91	NC_008372	TAT	4	140141	140151	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	115350026
92	NC_008372	AAT	4	140174	140185	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
93	NC_008372	TCT	4	141564	141575	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
94	NC_008372	AGA	4	141849	141859	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	115350026
95	NC_008372	TCT	4	143137	143148	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
96	NC_008372	ATA	4	144070	144080	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	115350026
97	NC_008372	TCT	5	150717	150731	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	115350026
98	NC_008372	TAT	5	152153	152166	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	115350026
99	NC_008372	TGT	4	163860	163872	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	115350026
100	NC_008372	TAT	4	163940	163951	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
101	NC_008372	TAA	4	165000	165011	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
102	NC_008372	AAT	5	172863	172878	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	115350026
103	NC_008372	ATT	4	181524	181535	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
104	NC_008372	ACC	4	186457	186468	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	115350026
105	NC_008372	TAA	4	187247	187258	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
106	NC_008372	AAT	8	188183	188205	23	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	4 %	115350026
107	NC_008372	TTC	4	190002	190013	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
108	NC_008372	ACG	4	192238	192248	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	115350031
109	NC_008372	GAA	4	193503	193513	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_008372	TTC	4	193528	193538	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
111	NC_008372	AAC	4	198240	198250	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	115349985
112	NC_008372	TTA	4	198925	198936	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115349985
113	NC_008372	TCT	4	199473	199484	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115349985
114	NC_008372	CAG	4	200143	200154	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	115349985
115	NC_008372	TAT	4	200981	200992	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115349985
116	NC_008372	CTT	4	211207	211218	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
117	NC_008372	ACA	4	211434	211445	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	115350023
118	NC_008372	GAA	4	211604	211614	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_008372	TAA	4	220354	220365	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Stigeoclonium helveticum chloroplast