ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Stigeoclonium helveticum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008372	CGGA	3	109	119	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_008372	AGCG	3	322	332	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
3	NC_008372	TTTTA	3	1321	1336	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_008372	AGAA	3	1339	1350	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_008372	AT	6	1351	1361	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_008372	CAAAA	3	2266	2280	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
7	NC_008372	AAT	4	2779	2790	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350034
8	NC_008372	GAGG	3	3814	3825	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008372	TA	7	5362	5374	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_008372	ACAA	3	5510	5520	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
11	NC_008372	ATGG	3	6116	6126	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	115350035
12	NC_008372	ATTT	3	7018	7028	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_008372	ATTAGA	3	7083	7099	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
14	NC_008372	TTTAA	3	7670	7684	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_008372	TA	6	7819	7829	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_008372	AAAT	4	8689	8704	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_008372	ATTT	5	8703	8722	20	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
18	NC_008372	AAAT	4	8852	8867	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_008372	ATTT	5	8866	8885	20	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
20	NC_008372	AATA	3	9312	9322	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_008372	ATTT	3	9482	9493	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008372	TA	8	9565	9579	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_008372	ATCA	3	10474	10485	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	115350009
24	NC_008372	CT	6	11455	11465	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	115350009
25	NC_008372	AGAA	3	11497	11509	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	115350009
26	NC_008372	CTT	4	12138	12149	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350009
27	NC_008372	AAGG	3	13218	13228	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	115350009
28	NC_008372	GAAA	3	13390	13400	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	115350009
29	NC_008372	AAAG	3	13825	13835	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	115350009
30	NC_008372	CT	6	13846	13857	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	115350009
31	NC_008372	AG	6	14182	14193	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	115350009
32	NC_008372	CTT	4	14238	14248	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	115350009
33	NC_008372	TTTC	3	14319	14330	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	115350009
34	NC_008372	ATT	4	14371	14382	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350009
35	NC_008372	AAAG	5	15241	15259	19	75 %	0 %	25 %	0 %	10 %	115350009
36	NC_008372	CTTT	3	15266	15276	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	115350009
37	NC_008372	ATTT	3	15313	15324	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	115350009
38	NC_008372	GGAAAA	3	15608	15625	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	115350009
39	NC_008372	ATTT	4	16759	16774	16	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008372	ATTT	3	16959	16970	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_008372	A	13	18060	18072	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_008372	ATGT	3	18607	18617	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_008372	ATTT	3	18828	18839	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008372	AAAG	3	19120	19131	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_008372	CTTT	3	19168	19178	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
46	NC_008372	CTTT	3	19804	19814	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
47	NC_008372	TTAA	3	20112	20123	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_008372	AAAT	3	20930	20940	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_008372	ATT	4	20985	20997	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_008372	TAAA	3	21110	21121	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_008372	GAAA	3	21621	21633	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	115350029
52	NC_008372	ATTT	3	21663	21674	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	115350029
53	NC_008372	TTTCT	3	21787	21801	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008372	ATA	8	23450	23472	23	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
55	NC_008372	ATAAA	3	25860	25873	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	115350026
56	NC_008372	A	12	26019	26030	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	115350026
57	NC_008372	GCT	4	26901	26912	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	115350026
58	NC_008372	A	12	27131	27142	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	115350026
59	NC_008372	ATTT	3	27701	27711	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	115350026
60	NC_008372	AATT	3	27926	27936	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	115350026
61	NC_008372	TTTA	3	27965	27976	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	115350026
62	NC_008372	ATTT	3	28256	28267	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	115350026
63	NC_008372	ATTT	5	28315	28335	21	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	115350026
64	NC_008372	T	13	28928	28940	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	115350026
65	NC_008372	AAAT	4	29146	29161	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	115350026
66	NC_008372	ATTT	5	29160	29179	20	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	115350026
67	NC_008372	CTTTT	3	29339	29352	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	115350026
68	NC_008372	AAAAG	3	29449	29462	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	115350026
69	NC_008372	TTTC	3	29474	29485	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	115350026
70	NC_008372	TTTG	3	29664	29675	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	115350026
71	NC_008372	A	13	30040	30052	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	115350026
72	NC_008372	AG	6	30177	30188	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	115350026
73	NC_008372	T	13	30229	30241	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	115350026
74	NC_008372	CTTT	3	30725	30735	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	115350026
75	NC_008372	AG	6	30884	30896	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	115350026
76	NC_008372	TTTA	3	32316	32327	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	115350026
77	NC_008372	CTTTT	3	32360	32373	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	115350026
78	NC_008372	TAAA	3	32908	32919	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	115350026
79	NC_008372	CAAT	3	33440	33451	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	115350026
80	NC_008372	AAAT	3	33766	33777	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	115350026
81	NC_008372	TTTA	3	34717	34727	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	115350026
82	NC_008372	TAAA	3	34755	34765	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	115350026
83	NC_008372	ATT	5	34849	34863	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	115350026
84	NC_008372	TTAAA	3	36146	36159	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	115350026
85	NC_008372	TTAAA	3	37580	37593	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	115350026
86	NC_008372	TTAT	3	37803	37814	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	115350026
87	NC_008372	TAA	4	41389	41401	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	115350026
88	NC_008372	CTTT	3	41633	41644	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	115350026
89	NC_008372	AAAT	5	41722	41741	20	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	115350026
90	NC_008372	GAA	4	41866	41876	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	115350026
91	NC_008372	TAAA	3	41939	41951	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	115350026
92	NC_008372	TTTA	3	41952	41963	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	115350026
93	NC_008372	TCTT	3	42571	42582	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	115350026
94	NC_008372	TATT	3	43312	43323	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	115350026
95	NC_008372	AAAT	5	43574	43593	20	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	115350026
96	NC_008372	AAAAAC	3	43728	43746	19	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	10 %	115350026
97	NC_008372	AAAG	3	44650	44660	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	115350026
98	NC_008372	AAT	4	45498	45509	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
99	NC_008372	TAA	4	45716	45728	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	115350026
100	NC_008372	AGA	4	45949	45959	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	115350026
101	NC_008372	ATTT	5	46531	46551	21	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	115350026
102	NC_008372	TATT	3	47264	47275	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	115350026
103	NC_008372	AGT	4	47705	47717	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	115350026
104	NC_008372	ATT	4	48221	48232	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
105	NC_008372	TAT	4	48450	48461	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	115350026
106	NC_008372	ATTT	3	48469	48480	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	115350026
107	NC_008372	ATTA	3	48499	48509	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	115350026
108	NC_008372	TAAAA	4	48967	48986	20	80 %	20 %	0 %	0 %	5 %	115350026
109	NC_008372	TTTAT	3	49276	49289	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	115350026
110	NC_008372	A	15	49862	49876	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	115350026
111	NC_008372	GTTT	3	51045	51055	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	115350026
112	NC_008372	TTTAA	3	51110	51124	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	115350026
113	NC_008372	A	15	51716	51730	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	115350026
114	NC_008372	TTTTA	3	51770	51783	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	115350026
115	NC_008372	GTTT	3	51882	51893	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	115350026
116	NC_008372	TTTTA	3	51926	51939	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	115350026
117	NC_008372	GAA	4	52067	52078	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
118	NC_008372	AGAAA	3	52136	52150	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	115350026
119	NC_008372	AAAT	5	52255	52274	20	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	115350026
120	NC_008372	TTTC	3	53301	53312	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	115350026
121	NC_008372	ATA	4	53369	53380	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	115350026
122	NC_008372	CTTTTT	3	54000	54018	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	115350026
123	NC_008372	AGA	4	54058	54070	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	115350026
124	NC_008372	ATA	4	54345	54356	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	115350026
125	NC_008372	TGTTT	3	54556	54569	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	115350026
126	NC_008372	CTT	4	54756	54767	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	115350026
127	NC_008372	TGT	4	54871	54882	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
128	NC_008372	CT	6	54942	54953	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	115350026
129	NC_008372	ATTT	4	55119	55134	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	115350026
130	NC_008372	TTTA	3	55499	55509	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	115350026
131	NC_008372	GTA	4	55546	55557	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	115350026
132	NC_008372	GTTT	3	55646	55657	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	115350026
133	NC_008372	TAT	4	55672	55683	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	115350026
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559	NC_008372	AATA	3	223284	223295	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
560	NC_008372	TACA	3	223339	223349	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Stigeoclonium helveticum chloroplast