ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Ustilago maydis mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008368	TTAA	3	64	75	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_008368	TTA	4	909	920	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008368	TA	6	2864	2874	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_008368	T	12	3625	3636	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_008368	AAATA	4	4324	4343	20	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008368	ATGG	3	4761	4771	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	11530440
7	NC_008368	ATA	4	6491	6503	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_008368	TAAAG	3	6862	6875	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_008368	AAG	4	8050	8061	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008368	GTAA	3	8090	8102	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_008368	ATTT	3	8125	8136	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_008368	TTA	4	8243	8253	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_008368	TAT	4	8276	8288	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_008368	ATA	4	8842	8853	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_008368	TTTC	3	9236	9246	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
16	NC_008368	ACA	4	10215	10226	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11530438
17	NC_008368	TA	6	11249	11259	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_008368	GAAA	3	11324	11336	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_008368	ACT	4	11934	11944	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11530438
20	NC_008368	TATT	3	13947	13958	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_008368	AAAT	3	14811	14822	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_008368	CTTA	3	14994	15006	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
23	NC_008368	TTAA	3	15048	15059	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_008368	TAT	5	15231	15244	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_008368	AT	6	15793	15803	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_008368	TAA	4	16762	16773	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008368	TA	8	16889	16904	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_008368	TCT	4	17111	17122	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
29	NC_008368	TA	12	17260	17283	24	50 %	50 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
30	NC_008368	TAC	4	17388	17398	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
31	NC_008368	GTT	4	18079	18091	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	11530438
32	NC_008368	ATAGA	3	18296	18310	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008368	TTAT	3	18634	18645	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_008368	TAA	4	18751	18761	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_008368	CTA	4	21592	21602	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11530439
36	NC_008368	AAAC	3	22780	22791	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	11530439
37	NC_008368	CTT	4	25503	25515	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11530439
38	NC_008368	TAG	4	25888	25899	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11530439
39	NC_008368	TTA	4	27228	27239	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11530439
40	NC_008368	TAA	4	27469	27480	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11530439
41	NC_008368	TAG	4	28836	28848	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	11530439
42	NC_008368	TAAA	3	29122	29132	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11530439
43	NC_008368	TAG	4	29505	29517	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	11530439
44	NC_008368	TAT	4	29761	29773	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11530439
45	NC_008368	TA	6	30546	30556	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_008368	TATT	3	31495	31506	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_008368	TTTTTA	3	31614	31631	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
48	NC_008368	AT	12	31959	31981	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_008368	TA	11	32283	32303	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_008368	TTA	4	32369	32379	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_008368	ATTA	3	32443	32453	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_008368	ACT	4	32587	32598	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11530439
53	NC_008368	CTA	4	33552	33562	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11530439
54	NC_008368	A	12	34096	34107	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_008368	TTTA	3	34420	34432	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_008368	TTAA	3	35743	35753	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_008368	TTTC	3	36285	36295	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
58	NC_008368	GTA	4	36428	36438	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_008368	ATT	4	36535	36546	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_008368	GTAT	3	36928	36939	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_008368	ATA	4	38041	38053	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_008368	AT	7	38764	38777	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_008368	TA	6	38780	38791	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_008368	TTAT	3	39024	39036	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_008368	TA	6	39294	39304	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_008368	ATT	4	39398	39409	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_008368	TA	6	39465	39475	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_008368	ACT	4	39911	39922	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11530439
69	NC_008368	TTC	4	40116	40126	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11530439
70	NC_008368	TTG	4	40258	40269	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	11530439
71	NC_008368	TTAT	3	40358	40368	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_008368	TAT	4	40400	40410	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_008368	AAAATA	3	40721	40739	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
74	NC_008368	CTT	5	41119	41133	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	11530439
75	NC_008368	AATT	3	42102	42113	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	11530439
76	NC_008368	TAA	4	42198	42209	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11530439
77	NC_008368	ATGT	3	42487	42497	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	11530439
78	NC_008368	TACC	3	42919	42929	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	11530439
79	NC_008368	ATT	4	43357	43368	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_008368	TTAA	3	44195	44206	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_008368	TA	7	45101	45114	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_008368	ATTT	3	45672	45683	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008368	TATT	3	46004	46016	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	11530439
84	NC_008368	CTA	4	46118	46129	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11530439
85	NC_008368	CTA	4	46742	46756	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	11530439
86	NC_008368	TTA	4	48020	48031	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11530439
87	NC_008368	TTAT	3	48132	48143	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11530439
88	NC_008368	GCT	4	49514	49525	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
89	NC_008368	CTAT	3	49553	49564	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
90	NC_008368	ATA	4	50616	50627	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_008368	AATA	4	50790	50805	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_008368	TTTA	3	50841	50853	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_008368	TAT	4	50952	50964	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_008368	TA	6	51014	51024	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_008368	ATT	4	51224	51235	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_008368	TTAT	3	51779	51789	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_008368	TTAG	3	52266	52277	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_008368	TTAA	3	52562	52574	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_008368	ATAG	3	52983	52994	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008368	TTA	4	53386	53397	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_008368	AGC	4	53761	53773	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	11530439
102	NC_008368	TA	6	53828	53838	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_008368	AATA	3	53911	53922	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_008368	TA	6	54255	54265	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_008368	AATAGC	4	54774	54796	23	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
106	NC_008368	TAT	4	55290	55300	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_008368	A	12	56498	56509	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_008368	CTA	4	56622	56632	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
109	NC_008368	ATT	4	56648	56659	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_008368	TA	6	56766	56776	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Ustilago maydis mitochondrion