ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Hexa-nucleotide Imperfect Repeats of Tripsacum dactyloides mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008362	TGTATC	3	11728	11744	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
2	NC_008362	TTTGAC	6	12594	12629	36	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008362	ATAAGA	36	14942	15157	216	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008362	GCCAAT	3	17430	17447	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
5	NC_008362	TTAGTA	5	22976	23005	30	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_008362	TCTTTA	28	39043	39210	168	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008362	ATAGAG	7	72825	72865	41	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	7 %	11527861
8	NC_008362	TAAGTG	5	76987	77016	30	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	3 %	11527861
9	NC_008362	TATTGG	4	78271	78294	24	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	0 %	11527861
10	NC_008362	CTAAAT	9	79002	79060	59	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	6 %	11527861
11	NC_008362	AAGAAA	3	81150	81168	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	11527861
12	NC_008362	TACTTA	19	88553	88666	114	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	9 %	11527861
13	NC_008362	CTAATA	44	104331	104593	263	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	11527861
14	NC_008362	ATAAAA	34	113270	113473	204	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	0 %	11527861
15	NC_008362	TCCAAA	3	118004	118021	18	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	5 %	11527861
16	NC_008362	GAATCA	3	118064	118081	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	11527861
17	NC_008362	CGTAAA	3	142773	142791	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	10 %	11527861
18	NC_008362	AGATAG	3	146446	146463	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	11527861
19	NC_008362	AGATTA	12	164201	164272	72	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	8 %	11527861
20	NC_008362	CCCAAG	3	192630	192647	18	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	5 %	11527861
21	NC_008362	TTCCTT	4	204520	204543	24	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11527861
22	NC_008362	TCTAAG	9	208018	208070	53	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	9 %	11527861
23	NC_008362	TATAAG	26	208018	208173	156	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	7 %	11527861
24	NC_008362	TATTAG	28	230659	230826	168	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	11527861
25	NC_008362	AGGAAG	3	232942	232960	19	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	11527861
26	NC_008362	CCATTT	27	245627	245787	161	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	4 %	11527861
27	NC_008362	AGAGAT	3	248592	248609	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	11527861
28	NC_008362	GGATAC	3	250935	250952	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	5 %	11527861
29	NC_008362	TAGCCC	7	259877	259918	42	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	0 %	11527861
30	NC_008362	CTAAGT	15	261316	261405	90	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	0 %	11527861
31	NC_008362	ATTAAG	21	284210	284335	126	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	2 %	11527861
32	NC_008362	CTTCTG	4	298663	298686	24	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	11527861
33	NC_008362	TCTTTC	3	306345	306362	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	11527861
34	NC_008362	GGAACT	3	307231	307248	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	5 %	11527861
35	NC_008362	TCTAAT	9	316946	316999	54	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	7 %	11527861
36	NC_008362	ATACGA	13	328941	329017	77	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	7 %	11527861
37	NC_008362	ACTGAA	3	329903	329920	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	11527861
38	NC_008362	GTATTC	4	331007	331029	23	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	8 %	11527861
39	NC_008362	AAGGAA	10	358785	358845	61	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	11527861
40	NC_008362	TGGTAA	3	365048	365064	17	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	11527861
41	NC_008362	CAGAGA	3	366292	366308	17	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	5 %	11527861
42	NC_008362	GAAAGA	3	377865	377882	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	11527861
43	NC_008362	TATAAG	3	385562	385579	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	0 %	11527861
44	NC_008362	TTAGTA	8	397207	397254	48	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	11527861
45	NC_008362	AGCCAA	3	413919	413936	18	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11527861
46	NC_008362	CTATGG	3	417380	417397	18	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	0 %	11527861
47	NC_008362	TAACCT	17	418499	418601	103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	11527861
48	NC_008362	TCATAG	3	425072	425088	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	11527861
49	NC_008362	TTTCAC	4	433256	433279	24	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	0 %	11527861
50	NC_008362	AGTAAG	3	437577	437593	17	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	11527861
51	NC_008362	CTGAAA	6	438026	438061	36	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	8 %	11527861
52	NC_008362	TTTAGA	3	445078	445095	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	11527861
53	NC_008362	AACTTA	3	451151	451167	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	11527861
54	NC_008362	CGTAAA	3	454473	454491	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	10 %	11527861
55	NC_008362	AGATAG	3	458146	458163	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	11527861
56	NC_008362	AGATTA	12	475901	475972	72	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	8 %	11527861
57	NC_008362	CCCAAG	3	504330	504347	18	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	5 %	11527861
58	NC_008362	TTCCTT	4	516220	516243	24	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11527861
59	NC_008362	TCTAAG	9	519718	519770	53	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	9 %	11527861
60	NC_008362	TATAAG	26	519718	519873	156	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	7 %	11527861
61	NC_008362	TATTAG	28	542359	542526	168	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	11527861
62	NC_008362	AGGAAG	3	544642	544660	19	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	11527861
63	NC_008362	CCATTT	27	557327	557487	161	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	4 %	11527861
64	NC_008362	TTCCTA	3	570581	570598	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	11527861
65	NC_008362	TGGTAT	3	576454	576472	19	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	10 %	11527861
66	NC_008362	AGGCAG	3	579406	579423	18	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	0 %	11527861
67	NC_008362	GCAGAA	4	601282	601304	23	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	8 %	11527861
68	NC_008362	TTCTGG	3	603530	603547	18	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	11527861
69	NC_008362	CACTTT	10	610954	611018	65	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	7 %	11527861
70	NC_008362	TTCACT	3	611050	611067	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	11527861
71	NC_008362	TTTAGT	3	613413	613431	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	11527861
72	NC_008362	TAAGTT	7	615466	615508	43	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	6 %	11527861
73	NC_008362	TTCTTT	3	617796	617814	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	11527861
74	NC_008362	TTCAAT	28	619798	619964	167	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	7 %	11527861
75	NC_008362	CTATGG	17	625646	625747	102	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	5 %	11527861
76	NC_008362	ACCATA	16	629244	629337	94	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11527861
77	NC_008362	TGGTGA	3	630781	630798	18	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	5 %	11527861
78	NC_008362	TTAGTT	15	631839	631928	90	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	0 %	11527861
79	NC_008362	ACTTTC	3	642022	642038	17	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	11527861
80	NC_008362	CTTATC	24	645609	645752	144	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	1 %	11527861
81	NC_008362	ATAGAA	29	647750	647924	175	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	4 %	11527861
82	NC_008362	TTCTTT	3	653950	653968	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
83	NC_008362	GCCCCA	11	656262	656327	66	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008362	CCATTG	3	668410	668427	18	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
85	NC_008362	GGCTAG	3	687811	687827	17	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	5 %	11527861
86	NC_008362	ATTGAA	5	702090	702119	30	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

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Hexa-nucleotide Imperfect Repeats of Tripsacum dactyloides mitochondrion