ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Tripsacum dactyloides mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008362	AATG	3	1729	1741	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_008362	GCTT	3	2643	2653	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
3	NC_008362	CCTT	3	2868	2879	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
4	NC_008362	GATC	3	3237	3248	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
5	NC_008362	CTTT	3	3384	3395	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008362	CGAA	3	3773	3783	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
7	NC_008362	TTCG	3	4462	4473	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_008362	AGAA	3	6472	6483	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008362	GGCC	3	10301	10312	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008362	ACAG	3	10696	10708	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
11	NC_008362	CTTT	3	15475	15486	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008362	TGAG	3	17370	17381	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_008362	AGCT	3	18528	18538	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
14	NC_008362	TTAG	3	22604	22614	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_008362	TTTC	5	31284	31303	20	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
16	NC_008362	AAAG	3	31421	31431	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_008362	GGAT	3	31929	31941	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_008362	TTTC	3	32132	32143	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
19	NC_008362	TTAT	3	35596	35606	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_008362	CTTT	3	35991	36001	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
21	NC_008362	GGTT	3	36944	36954	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_008362	TGCT	3	37019	37031	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
23	NC_008362	ATAC	3	37054	37064	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_008362	AGAC	4	38698	38712	15	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
25	NC_008362	CCTA	3	40645	40657	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	11527862
26	NC_008362	CTTC	3	40984	40995	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11527862
27	NC_008362	AATG	3	41597	41608	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	11527862
28	NC_008362	AAGC	3	42556	42566	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11527862
29	NC_008362	AGAA	4	42943	42958	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	11527862
30	NC_008362	AATA	3	44501	44511	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_008362	TCTA	4	46369	46384	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
32	NC_008362	TCTT	3	46707	46718	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
33	NC_008362	TTCA	3	49383	49394	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_008362	TTGC	3	49760	49771	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
35	NC_008362	AGCA	3	50996	51008	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
36	NC_008362	AAGC	4	51976	51991	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
37	NC_008362	TGGA	3	54581	54592	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_008362	TGAA	3	55079	55090	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_008362	AAAG	3	55487	55498	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_008362	ATAA	3	57131	57142	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11527860
41	NC_008362	GAAT	3	57258	57269	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_008362	AGTC	3	61635	61646	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008362	ATAA	3	65668	65678	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_008362	CAAG	4	66115	66130	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
45	NC_008362	TTTC	3	67944	67955	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
46	NC_008362	AAAG	3	73029	73040	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11527861
47	NC_008362	CTTG	3	74198	74209	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	11527861
48	NC_008362	TCAA	3	77476	77486	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11527861
49	NC_008362	CGAT	3	77682	77692	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11527861
50	NC_008362	CAAG	3	78190	78200	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11527861
51	NC_008362	TCGT	3	79996	80008	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	11527861
52	NC_008362	TACC	3	86313	86324	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	11527861
53	NC_008362	AAAG	3	86966	86978	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11527861
54	NC_008362	TAAC	3	87366	87376	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11527861
55	NC_008362	CTGA	3	88083	88094	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	11527861
56	NC_008362	GAAA	3	90735	90746	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11527861
57	NC_008362	AAGT	3	91113	91123	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11527861
58	NC_008362	TCAA	3	91975	91986	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11527861
59	NC_008362	TTTC	3	92759	92769	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11527861
60	NC_008362	AAGG	3	100665	100676	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	11527861
61	NC_008362	CTGT	3	102040	102051	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	11527861
62	NC_008362	TGAC	3	107979	107990	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	11527861
63	NC_008362	TTTA	3	112405	112415	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11527861
64	NC_008362	GCGA	3	112533	112544	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	11527861
65	NC_008362	ACTC	3	113029	113039	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	11527861
66	NC_008362	GCCC	3	113853	113863	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	11527861
67	NC_008362	TAGC	3	122173	122184	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	11527861
68	NC_008362	TGTT	3	127185	127196	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	11527861
69	NC_008362	TTTC	3	129664	129674	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11527861
70	NC_008362	ACCT	5	130218	130237	20	25 %	25 %	0 %	50 %	5 %	11527861
71	NC_008362	CAAG	3	131475	131485	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11527861
72	NC_008362	TTAC	5	132013	132032	20	25 %	50 %	0 %	25 %	10 %	11527861
73	NC_008362	AGAA	3	133328	133338	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11527861
74	NC_008362	ACCC	3	134442	134452	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	11527861
75	NC_008362	CAAG	3	135328	135339	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	11527861
76	NC_008362	ACCC	3	139520	139530	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	11527861
77	NC_008362	TTTC	3	140169	140179	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11527861
78	NC_008362	TTTC	3	147884	147894	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11527861
79	NC_008362	CTTT	3	149890	149900	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11527861
80	NC_008362	AATA	3	150347	150358	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11527861
81	NC_008362	TGGA	4	151551	151566	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	11527861
82	NC_008362	TCTA	3	151567	151578	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11527861
83	NC_008362	CCTT	3	153248	153258	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11527861
84	NC_008362	GAGC	3	156600	156611	12	25 %	0 %	50 %	25 %	0 %	11527861
85	NC_008362	AGAA	3	157427	157438	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11527861
86	NC_008362	TAAG	3	161652	161664	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	11527861
87	NC_008362	AAAT	3	166674	166685	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11527861
88	NC_008362	CCAG	3	168530	168540	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	11527861
89	NC_008362	AAGC	3	175575	175586	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	11527861
90	NC_008362	AACT	3	176160	176171	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11527861
91	NC_008362	AGTG	3	176700	176711	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	11527861
92	NC_008362	CGAA	3	177442	177453	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	11527861
93	NC_008362	CTTC	3	181775	181786	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11527861
94	NC_008362	CAAT	3	181963	181973	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11527861
95	NC_008362	AGTA	3	184876	184887	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	11527861
96	NC_008362	GTAT	3	189144	189155	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	11527861
97	NC_008362	TTTC	3	191494	191505	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11527861
98	NC_008362	AGAA	3	192729	192741	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11527861
99	NC_008362	CTGG	3	193014	193026	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	11527861
100	NC_008362	GCAA	3	195056	195067	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	11527861
101	NC_008362	TAGG	3	195693	195704	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	11527861
102	NC_008362	AAAG	3	197561	197571	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11527861
103	NC_008362	TGAA	4	199132	199148	17	50 %	25 %	25 %	0 %	5 %	11527861
104	NC_008362	GCAT	3	199153	199163	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11527861
105	NC_008362	CTCG	3	201139	201149	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	11527861
106	NC_008362	AAGA	5	203053	203073	21	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11527861
107	NC_008362	TGGT	3	204724	204735	12	0 %	50 %	50 %	0 %	0 %	11527861
108	NC_008362	GCAT	3	204896	204906	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11527861
109	NC_008362	TCCT	3	204912	204923	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11527861
110	NC_008362	AATG	3	209505	209515	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11527861
111	NC_008362	TCCC	3	213588	213598	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	11527861
112	NC_008362	TTGT	3	217506	217517	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	11527861
113	NC_008362	TTCT	3	220037	220048	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11527861
114	NC_008362	TGGT	3	221220	221231	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	11527861
115	NC_008362	TCCT	3	221316	221326	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11527861
116	NC_008362	TCAT	3	223191	223202	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11527861
117	NC_008362	TAAA	3	225455	225466	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	11527861
118	NC_008362	AAGA	3	225663	225674	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	11527861
119	NC_008362	CTAT	3	227542	227553	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11527861
120	NC_008362	AGAA	3	228684	228695	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11527861
121	NC_008362	GAAA	4	230912	230927	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	11527861
122	NC_008362	ACAG	3	231018	231029	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	11527861
123	NC_008362	TCTA	3	231053	231063	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11527861
124	NC_008362	CTTG	3	235678	235689	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	11527861
125	NC_008362	CTTG	3	240366	240376	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	11527861
126	NC_008362	CGAT	3	240597	240607	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11527861
127	NC_008362	ACTC	3	242859	242870	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	11527861
128	NC_008362	GCAA	3	243166	243176	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11527861
129	NC_008362	TAGA	6	246629	246651	23	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11527861
130	NC_008362	TAAC	3	246838	246848	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11527861
131	NC_008362	CTTA	3	251902	251912	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11527861
132	NC_008362	AAGT	4	254463	254477	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	11527861
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Tripsacum dactyloides mitochondrion