ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Morus indica chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008359	AAAG	3	183	194	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_008359	TAA	4	215	227	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_008359	CAG	4	926	937	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	114804245
4	NC_008359	AAGT	3	1032	1042	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	114804245
5	NC_008359	ATTT	3	1602	1613	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008359	AAAAT	3	1750	1764	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_008359	AAAT	3	3418	3429	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	114804246
8	NC_008359	A	14	4603	4616	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_008359	ATTC	3	4695	4706	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008359	T	13	5031	5043	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_008359	TA	7	5295	5308	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_008359	CTCTT	3	5488	5501	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	114804247
13	NC_008359	TTCTTT	3	5725	5742	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	114804247
14	NC_008359	AATT	3	6220	6231	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	114804247
15	NC_008359	TA	6	6401	6411	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	114804247
16	NC_008359	ACAT	3	6663	6674	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
17	NC_008359	AAAT	3	6701	6712	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_008359	AT	9	7387	7403	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
19	NC_008359	GATAA	3	8154	8168	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_008359	AAAATA	5	8428	8458	31	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_008359	A	15	8772	8786	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008359	T	14	8994	9007	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008359	TTTATT	3	9023	9040	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
24	NC_008359	TTTA	4	9296	9310	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_008359	A	14	9370	9383	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_008359	TATT	3	9492	9503	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008359	AT	7	10588	10601	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_008359	T	12	12475	12486	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008359	T	15	13057	13071	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	114804251
30	NC_008359	TTTC	3	13188	13199	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	114804251
31	NC_008359	A	13	13367	13379	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	114804251
32	NC_008359	AAGGA	3	13792	13806	15	60 %	0 %	40 %	0 %	0 %	114804251
33	NC_008359	ATTT	4	13957	13972	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_008359	AAGAAA	3	14231	14249	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
35	NC_008359	AAAT	3	14546	14557	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_008359	ATA	4	14647	14657	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_008359	TTA	4	15201	15213	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_008359	TGTT	3	17001	17011	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	114804254
39	NC_008359	GTTA	3	17543	17553	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_008359	GAATA	3	19043	19056	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	114804255
41	NC_008359	TA	7	21016	21028	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	114804255
42	NC_008359	TTCTTT	3	23775	23792	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	114804256
43	NC_008359	GAAT	3	23880	23890	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	114804256
44	NC_008359	TTTCT	5	24079	24102	24	0 %	80 %	0 %	20 %	8 %	114804256
45	NC_008359	TATT	3	24175	24186	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	114804256
46	NC_008359	GTT	4	24783	24794	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	114804256
47	NC_008359	T	12	27404	27415	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	114804257
48	NC_008359	TCAT	3	28094	28104	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
49	NC_008359	ATA	4	28372	28383	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_008359	TTA	4	28593	28603	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_008359	TGAA	3	29992	30003	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_008359	AAATAG	3	31291	31307	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_008359	AAT	4	31423	31434	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_008359	TTC	4	31548	31558	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
55	NC_008359	TATT	3	32188	32199	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_008359	TCTTT	3	32452	32465	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
57	NC_008359	GAAA	3	32539	32549	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_008359	TCTT	3	32984	32995	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
59	NC_008359	TTTC	3	33082	33093	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
60	NC_008359	TTTAAA	3	33094	33112	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
61	NC_008359	TAT	4	33177	33187	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_008359	ATAGT	4	33780	33798	19	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
63	NC_008359	CAAT	3	33929	33941	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
64	NC_008359	GAAA	3	36155	36166	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	114804261
65	NC_008359	AT	7	37243	37255	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_008359	GA	6	37376	37387	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_008359	A	12	38118	38129	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_008359	TAA	4	38133	38143	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_008359	A	16	38142	38157	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
70	NC_008359	AT	6	38178	38188	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_008359	GAA	4	38699	38709	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_008359	ATG	4	40676	40686	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	114804264
73	NC_008359	AATG	3	42169	42180	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	114804265
74	NC_008359	GCA	4	42574	42585	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	114804265
75	NC_008359	TG	6	42611	42621	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	114804265
76	NC_008359	TTAAA	4	44441	44460	20	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
77	NC_008359	TAAATT	3	46396	46413	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	114804266
78	NC_008359	TAAA	3	46432	46444	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	114804266
79	NC_008359	TAAAT	3	46799	46814	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
80	NC_008359	CTAT	3	47592	47603	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
81	NC_008359	GATC	3	48591	48601	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
82	NC_008359	TAAA	3	48657	48667	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_008359	AT	6	48921	48931	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_008359	T	12	49011	49022	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008359	AAAG	4	50074	50088	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
86	NC_008359	TTGA	3	50727	50737	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_008359	TTAT	3	51021	51033	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_008359	TTTA	3	51269	51280	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_008359	T	16	51440	51455	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_008359	GTCT	3	52645	52656	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	114804269
91	NC_008359	GTTT	3	53401	53413	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_008359	A	12	53591	53602	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008359	T	19	53633	53651	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_008359	TTA	4	53734	53745	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_008359	TTGAT	3	54735	54749	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
96	NC_008359	TAG	4	56721	56732	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	114804272
97	NC_008359	TTAA	3	56829	56841	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_008359	T	19	57141	57159	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
99	NC_008359	TGCA	3	58355	58367	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	114804273
100	NC_008359	T	16	59157	59172	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_008359	GTTA	3	59520	59530	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_008359	TAAA	3	59715	59726	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	114804274
103	NC_008359	TGACAA	3	60177	60194	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	114804274
104	NC_008359	ATTT	3	61732	61743	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008359	ATTTT	3	61944	61958	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
106	NC_008359	T	23	63455	63477	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_008359	TA	6	63855	63865	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_008359	GATC	3	64820	64831	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
109	NC_008359	AT	6	65093	65103	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	114804276
110	NC_008359	ATAAG	3	66324	66337	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_008359	ATA	4	67887	67897	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_008359	AAAG	3	67966	67977	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_008359	T	15	68137	68151	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_008359	TTTA	3	68356	68366	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_008359	ATTC	3	68408	68418	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
116	NC_008359	TAA	9	68605	68632	28	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
117	NC_008359	T	14	69185	69198	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_008359	AT	7	69416	69428	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_008359	TCTT	3	69646	69657	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
120	NC_008359	ATA	4	69720	69730	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_008359	T	14	69814	69827	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008359	TTA	4	70457	70468	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_008359	ATTG	3	70470	70481	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_008359	TCT	4	70543	70554	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
125	NC_008359	TA	6	70873	70883	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_008359	AAGAA	3	71416	71429	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
127	NC_008359	GAA	4	71435	71446	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_008359	TGAA	3	71943	71954	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_008359	T	16	72104	72119	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
130	NC_008359	AGTAA	3	72175	72189	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
131	NC_008359	GAATA	3	73424	73437	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	114804288
132	NC_008359	AT	6	73646	73656	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	114804288
133	NC_008359	A	14	73786	73799	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	114804288
134	NC_008359	TTTC	3	73866	73876	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	114804288
135	NC_008359	T	17	74301	74317	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	114804288
136	NC_008359	AAAT	3	74432	74443	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	114804288
137	NC_008359	ATGAT	4	74822	74840	19	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	114804288
138	NC_008359	TCT	4	77018	77028	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	114804288
139	NC_008359	TA	6	79557	79567	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	114804288
140	NC_008359	ACTTA	3	80017	80030	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	114804288
141	NC_008359	T	19	80975	80993	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	114804288
142	NC_008359	TTTC	3	81345	81355	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	114804288
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153	NC_008359	AT	6	86949	86960	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	114804288
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179	NC_008359	TAAA	3	113067	113078	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	114804287
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199	NC_008359	AATA	3	122339	122350	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	114804287
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212	NC_008359	T	14	130676	130689	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	114804287
213	NC_008359	TCT	4	131488	131499	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	114804287
214	NC_008359	T	12	131574	131585	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	114804287
215	NC_008359	ATT	4	131781	131792	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	114804287
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217	NC_008359	TTCTT	3	132816	132829	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	114804287
218	NC_008359	TTC	6	133640	133658	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	114804287
219	NC_008359	CTTA	3	135671	135681	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	114804287
220	NC_008359	GGAT	3	140255	140266	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	114804287
221	NC_008359	AAGA	3	144048	144059	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	114804287
222	NC_008359	AAG	4	144126	144137	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	114804287
223	NC_008359	ACCGG	3	148347	148361	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
224	NC_008359	AT	7	148582	148594	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
225	NC_008359	CTCCTT	3	150093	150110	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	114804324
226	NC_008359	ATCA	3	151759	151771	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	114804324
227	NC_008359	CTTT	3	151780	151790	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	114804324
228	NC_008359	ATC	4	153439	153450	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	114804324
229	NC_008359	AAAG	3	153595	153605	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	114804324
230	NC_008359	ATC	4	156506	156516	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
231	NC_008359	AT	7	157844	157856	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	114804326
232	NC_008359	ATC	4	157894	157904	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	114804326

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Morus indica chloroplast