ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Platanus occidentalis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008335	A	12	124	135	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008335	CATT	3	148	158	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
3	NC_008335	TTTC	3	173	184	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
4	NC_008335	AT	8	312	326	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_008335	AT	7	332	347	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_008335	CAG	4	1205	1216	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	114329726
7	NC_008335	AAGT	3	1311	1321	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	114329726
8	NC_008335	AT	7	1815	1828	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_008335	TGAAA	3	2131	2144	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_008335	CATT	3	2841	2852	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	114329727
11	NC_008335	GGATG	3	3261	3274	14	20 %	20 %	60 %	0 %	7 %	114329727
12	NC_008335	AAAT	3	3526	3537	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	114329727
13	NC_008335	AAAT	3	4528	4539	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008335	TCTT	3	4671	4681	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_008335	T	13	4694	4706	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_008335	ATA	8	4986	5009	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_008335	ATAAAT	5	5099	5128	30	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_008335	GAA	4	5132	5142	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_008335	TTGT	4	5200	5215	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_008335	A	13	5459	5471	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_008335	TCTCT	3	5767	5780	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	114329728
22	NC_008335	GAAAAA	3	6005	6023	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	114329728
23	NC_008335	T	12	6377	6388	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	114329728
24	NC_008335	TCTT	3	6609	6620	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	114329728
25	NC_008335	TCA	4	7354	7364	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
26	NC_008335	A	12	7699	7710	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008335	TA	8	9496	9510	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_008335	TAGA	3	9540	9551	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_008335	GATA	3	9566	9577	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_008335	TA	7	9590	9602	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_008335	A	12	9709	9720	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_008335	TA	6	9937	9947	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_008335	CCTT	3	10014	10024	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
34	NC_008335	AATA	4	10057	10072	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_008335	ATCT	3	11270	11281	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
36	NC_008335	TACA	3	11480	11492	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
37	NC_008335	A	15	13312	13326	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_008335	T	18	14025	14042	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	114329732
39	NC_008335	ATT	4	14760	14771	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_008335	TTAATA	4	14834	14857	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_008335	TAATAT	3	14888	14906	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
42	NC_008335	TAT	5	14909	14924	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_008335	A	12	15216	15227	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_008335	AAAT	3	15519	15530	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_008335	ATTA	4	16205	16220	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
46	NC_008335	T	12	20562	20573	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	114329736
47	NC_008335	GAAT	3	24771	24781	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	114329737
48	NC_008335	GTT	4	25615	25626	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	114329737
49	NC_008335	TCAT	3	28921	28931	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
50	NC_008335	A	13	29377	29389	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_008335	CAG	4	30232	30243	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
52	NC_008335	AGTGT	3	30396	30411	16	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_008335	TAG	4	30468	30479	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_008335	GAAT	3	31977	31988	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_008335	ATGTAC	3	32036	32052	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
56	NC_008335	AT	6	32053	32064	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_008335	AT	6	32146	32157	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_008335	ACAATA	3	32185	32201	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
59	NC_008335	T	15	33057	33071	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_008335	ATTC	3	34453	34463	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
61	NC_008335	ATAGA	4	34493	34511	19	60 %	20 %	20 %	0 %	5 %	Non-Coding
62	NC_008335	TCTA	3	34538	34549	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_008335	TAA	4	34552	34563	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_008335	AATATA	3	34581	34599	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
65	NC_008335	TA	6	34626	34636	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_008335	T	13	34796	34808	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_008335	T	12	34888	34899	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_008335	ATTAG	3	35088	35103	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_008335	TTCA	3	35636	35646	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
70	NC_008335	ATTT	3	35864	35875	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_008335	AGAA	3	36040	36051	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_008335	TATAAA	4	36068	36091	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_008335	AAAAT	3	36466	36480	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008335	TATAA	3	36523	36536	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_008335	TA	6	36563	36573	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_008335	TA	6	36576	36586	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_008335	TA	6	36617	36627	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_008335	AT	7	36649	36661	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_008335	TGC	4	37751	37761	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	114329741
80	NC_008335	GAAA	3	38592	38603	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	114329742
81	NC_008335	GCTT	3	38995	39005	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	114329742
82	NC_008335	T	14	39688	39701	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_008335	AG	6	39792	39802	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_008335	TATTT	3	39898	39912	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008335	ATCT	4	39995	40010	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
86	NC_008335	TC	6	40410	40420	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	114329743
87	NC_008335	A	12	40572	40583	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_008335	GTAAT	3	40835	40848	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_008335	TCT	4	41481	41491	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	114329744
90	NC_008335	ATG	4	43024	43034	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	114329745
91	NC_008335	AATG	3	44517	44528	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	114329746
92	NC_008335	CTA	4	44587	44598	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	114329746
93	NC_008335	GCA	4	44922	44933	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	114329746
94	NC_008335	TTCCT	3	46221	46234	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
95	NC_008335	TATTAC	3	46469	46485	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
96	NC_008335	ATA	5	46765	46779	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
97	NC_008335	TAA	4	47144	47156	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	114329747
98	NC_008335	TCTT	5	47634	47653	20	0 %	75 %	0 %	25 %	5 %	114329747
99	NC_008335	ATA	4	47992	48003	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	114329747
100	NC_008335	ATAA	4	48604	48618	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	114329747
101	NC_008335	A	13	48620	48632	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	114329747
102	NC_008335	GTA	4	48979	48989	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_008335	A	12	49412	49423	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_008335	AT	6	49450	49461	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_008335	ATTT	3	49861	49871	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_008335	TTTA	3	51361	51373	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_008335	CAAT	3	51466	51476	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
108	NC_008335	AT	10	51682	51702	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_008335	TTAT	4	51953	51967	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
110	NC_008335	A	13	52211	52223	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_008335	GAT	4	53474	53485	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_008335	CTTT	3	53960	53972	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
113	NC_008335	TTCT	3	56350	56361	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
114	NC_008335	TA	7	56399	56413	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
115	NC_008335	AT	7	56414	56427	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_008335	T	12	56498	56509	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_008335	AAT	4	56642	56653	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_008335	AT	6	56652	56665	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_008335	TA	7	58091	58103	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_008335	TA	9	58106	58122	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
121	NC_008335	ATT	4	58167	58177	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_008335	AATTA	3	58189	58204	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_008335	T	12	58342	58353	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_008335	T	17	59284	59300	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
125	NC_008335	ATA	5	61285	61298	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	114329753
126	NC_008335	A	15	61344	61358	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008335	TTG	4	61995	62005	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_008335	AT	7	63589	63601	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_008335	AT	7	63702	63714	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_008335	TAATA	4	63715	63733	19	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
131	NC_008335	TTTATA	7	64064	64102	39	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
132	NC_008335	TA	7	66107	66119	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_008335	AAAATA	3	66140	66156	17	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
134	NC_008335	TTTA	3	66531	66542	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	114329756
135	NC_008335	AT	6	66700	66710	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_008335	TTA	4	66837	66847	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
137	NC_008335	TGAAA	3	67546	67560	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
138	NC_008335	TCA	5	67989	68002	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
139	NC_008335	AAAAG	3	70756	70770	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
140	NC_008335	TTC	4	71014	71025	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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233	NC_008335	AAAAG	3	161731	161745	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Platanus occidentalis chloroplast