ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Hexa-nucleotide Imperfect Repeats of Zea mays subsp. parviglumis mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008332	GAATGG	4	27413	27436	24	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_008332	CGTAAA	3	102993	103011	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	10 %	11415164
3	NC_008332	AAAGAA	3	104754	104772	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	11415164
4	NC_008332	ATACTA	4	110465	110488	24	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	8 %	11415164
5	NC_008332	TCTTTA	3	111289	111306	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	0 %	11415164
6	NC_008332	ACTTAG	4	121686	121708	23	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	8 %	11415163
7	NC_008332	TATAGA	3	122578	122595	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	0 %	11415163
8	NC_008332	GGGAGA	3	123479	123497	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10 %	11415163
9	NC_008332	AGTACT	3	129475	129492	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	0 %	11415163
10	NC_008332	TATTAC	5	131158	131193	36	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	8 %	11415163
11	NC_008332	AATGGA	4	131188	131211	24	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	8 %	11415163
12	NC_008332	AGGAGA	3	134586	134603	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	11415163
13	NC_008332	GCATAG	3	140515	140531	17	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	5 %	11415163
14	NC_008332	TCGTAG	3	141594	141610	17	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	5 %	11415163
15	NC_008332	GTACTA	3	142373	142390	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	0 %	11415163
16	NC_008332	TAGTAA	7	165068	165109	42	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	9 %	11415163
17	NC_008332	ATGAGT	3	178510	178527	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	11415163
18	NC_008332	TTCTAT	3	217569	217586	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	0 %	11415163
19	NC_008332	TCTTAT	5	222169	222198	30	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	0 %	11415163
20	NC_008332	GTATTC	4	229940	229963	24	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	4 %	11415163
21	NC_008332	CTAGCC	3	235896	235912	17	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	5 %	11415163
22	NC_008332	CCCGTA	3	241517	241533	17	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	5 %	11415163
23	NC_008332	CCAGTA	3	271388	271405	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11415163
24	NC_008332	GGACAG	3	290706	290722	17	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	5 %	11415163
25	NC_008332	TCTCTG	3	296402	296418	17	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11415163
26	NC_008332	TTACCA	3	297597	297613	17	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	11415163
27	NC_008332	TCATAG	3	301956	301972	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	11415163
28	NC_008332	ACAGGA	3	309464	309480	17	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	5 %	11415163
29	NC_008332	ATAAGG	3	317620	317637	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11415163
30	NC_008332	CTCTCG	4	319760	319783	24	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	4 %	11415163
31	NC_008332	AGGAAG	3	321630	321648	19	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	11415163
32	NC_008332	TTCTTT	3	328849	328867	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	11415163
33	NC_008332	TTGGCT	3	329052	329069	18	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	5 %	11415163
34	NC_008332	CTATCT	3	333750	333767	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	11415163
35	NC_008332	GAAAAA	3	342094	342112	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	11415163
36	NC_008332	GCAGAA	4	342490	342512	23	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	8 %	11415163
37	NC_008332	TCCAGT	3	343466	343483	18	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11415163
38	NC_008332	AAGCTA	3	353149	353167	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	10 %	11415163
39	NC_008332	CAGATA	3	356673	356690	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	11415163
40	NC_008332	TCTTCA	3	361123	361140	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	11415163
41	NC_008332	TATATT	3	371931	371948	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	11415163
42	NC_008332	AGCTTT	4	386184	386207	24	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	4 %	11415163
43	NC_008332	AGCTTT	3	386235	386252	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	11415163
44	NC_008332	CATTTT	3	386334	386351	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	11415163
45	NC_008332	TACTCT	4	391022	391045	24	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	8 %	11415163
46	NC_008332	ATTTCT	3	393074	393091	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	11415163
47	NC_008332	TTCTGG	3	396364	396381	18	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	11415163
48	NC_008332	TTCTTT	3	409477	409495	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	11415163
49	NC_008332	TTCAAT	3	411487	411505	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	11415163
50	NC_008332	TTCCAT	3	411976	411993	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	0 %	11415163
51	NC_008332	ATGGCA	4	417117	417139	23	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	8 %	11415163
52	NC_008332	ACCATA	7	420624	420664	41	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11415163
53	NC_008332	TTAGTT	3	423138	423155	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	11415163
54	NC_008332	ACTGAA	3	430139	430156	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	11415163
55	NC_008332	AAAGTA	4	432757	432781	25	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	8 %	11415163
56	NC_008332	TCTCTG	3	443055	443071	17	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11415163
57	NC_008332	TTACCA	3	444250	444266	17	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	11415163
58	NC_008332	TCATAG	3	448609	448625	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	11415163
59	NC_008332	ACAGGA	3	456117	456133	17	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	5 %	11415163
60	NC_008332	ATAAGG	3	464273	464290	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11415163
61	NC_008332	CTCTCG	4	466413	466436	24	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	4 %	11415163
62	NC_008332	AGGAAG	3	468283	468301	19	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	11415163
63	NC_008332	TTCTTT	3	475502	475520	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	11415163
64	NC_008332	TTGGCT	3	475705	475722	18	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	5 %	11415163
65	NC_008332	CTATCT	3	480403	480420	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	11415163
66	NC_008332	GAAAAA	3	488747	488765	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	11415163
67	NC_008332	GCAGAA	4	489143	489165	23	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	8 %	11415163
68	NC_008332	TCCAGT	3	490119	490136	18	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11415163
69	NC_008332	AGAGAA	3	490994	491011	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	11415163
70	NC_008332	TACTAA	3	499525	499543	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	11415163
71	NC_008332	CTTTAT	3	502975	502992	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	0 %	11415163
72	NC_008332	TCCTTA	4	505633	505656	24	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	0 %	11415163
73	NC_008332	TATAGA	6	505984	506019	36	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	8 %	11415163
74	NC_008332	CTATAA	3	515173	515190	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	0 %	11415163
75	NC_008332	TTCATT	4	516488	516511	24	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	8 %	11415163
76	NC_008332	ACAATG	3	520393	520410	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	11415163
77	NC_008332	TTACTT	4	530715	530737	23	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	8 %	11415163
78	NC_008332	CCTTTT	3	531242	531260	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	11415163
79	NC_008332	TTCAGT	3	533334	533351	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	11415163
80	NC_008332	CTATTC	3	535577	535594	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	11415163
81	NC_008332	AACTAA	3	540335	540352	18	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	11415163
82	NC_008332	TATGGT	7	542826	542866	41	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	9 %	11415163
83	NC_008332	TGCCAT	4	546351	546373	23	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	8 %	11415163
84	NC_008332	ATGGAA	3	551497	551514	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11415163
85	NC_008332	ATTGAA	3	551985	552003	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	11415163
86	NC_008332	AAAAAG	3	553993	554011	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	11415163
87	NC_008332	TTTCAC	3	560013	560030	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	11415163
88	NC_008332	CAGAAC	3	567110	567127	18	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11415163
89	NC_008332	CACAAG	3	568826	568843	18	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11415163
90	NC_008332	AGAGTA	4	572445	572468	24	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	8 %	11415163
91	NC_008332	AATCTA	3	580921	580938	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	0 %	11415163
92	NC_008332	GAATGG	4	621863	621886	24	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	8 %	11415163
93	NC_008332	TAAGTG	3	636502	636519	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	11415164
94	NC_008332	AAGAAA	3	640624	640642	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	11415164
95	NC_008332	GTGAAA	3	646978	646995	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11415164
96	NC_008332	CCATAG	3	651174	651190	17	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11415164
97	NC_008332	TAGGGT	7	654984	655025	42	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	7 %	11415164
98	NC_008332	TTCCTT	4	659592	659615	24	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	4 %	11415164
99	NC_008332	ATTCTG	3	677031	677048	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Hexa-nucleotide Imperfect Repeats of Zea mays subsp. parviglumis mitochondrion