ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Zea mays subsp. parviglumis mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008332	AATG	3	3789	3801	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_008332	TGGT	3	4634	4645	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008332	ATAG	3	4766	4776	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_008332	AAAT	3	7218	7228	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_008332	AACC	3	9726	9737	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008332	AATA	3	11204	11215	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_008332	CCAT	3	13309	13319	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
8	NC_008332	ATCT	3	14455	14466	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008332	AAGA	3	15120	15131	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008332	ATCC	3	21001	21013	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
11	NC_008332	TTCT	3	21519	21529	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
12	NC_008332	AAAG	3	21650	21661	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_008332	TAGG	4	22965	22980	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_008332	AATT	3	25125	25136	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_008332	GATT	3	26244	26255	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_008332	CTAT	3	27342	27354	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
17	NC_008332	CAAC	3	28550	28560	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
18	NC_008332	TAAG	3	28997	29008	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008332	TGAA	3	30172	30184	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_008332	TCTT	3	30928	30939	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008332	TATT	4	31139	31154	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_008332	CAAT	3	32600	32610	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
23	NC_008332	GAAA	3	33289	33299	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_008332	ATGA	3	33394	33405	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_008332	AGGA	3	35259	35269	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_008332	CAAC	3	35352	35363	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008332	AGAA	3	36510	36521	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_008332	GAAG	3	37196	37206	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_008332	GACT	3	41657	41668	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008332	TTAT	3	46127	46138	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11415163
31	NC_008332	CTTT	3	47777	47788	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
32	NC_008332	GAAA	4	53108	53123	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	11415164
33	NC_008332	TCTT	3	53519	53529	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11415164
34	NC_008332	GAAG	3	55844	55854	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	11415164
35	NC_008332	GTGA	3	59409	59419	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	11415164
36	NC_008332	GCAA	3	62101	62112	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	11415164
37	NC_008332	ACTT	3	64347	64358	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11415164
38	NC_008332	CTTA	3	66095	66106	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	11415164
39	NC_008332	GCAA	3	66482	66493	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	11415164
40	NC_008332	AAAT	3	70718	70729	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11415164
41	NC_008332	GGTA	3	70917	70929	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	11415164
42	NC_008332	TCTA	3	72457	72468	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11415164
43	NC_008332	AAAT	3	74135	74145	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11415164
44	NC_008332	CAAG	3	75468	75478	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11415164
45	NC_008332	TAGA	3	76538	76548	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11415164
46	NC_008332	CTGA	3	78821	78831	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11415164
47	NC_008332	TTCC	3	78921	78932	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11415164
48	NC_008332	TTGA	3	81775	81785	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	11415164
49	NC_008332	GCCA	3	84573	84583	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	11415164
50	NC_008332	CAGT	3	89130	89141	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	11415164
51	NC_008332	CTGT	3	89964	89975	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	11415164
52	NC_008332	AATG	3	92687	92699	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	11415164
53	NC_008332	TGGT	3	93532	93543	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	11415164
54	NC_008332	ATAG	3	93664	93674	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11415164
55	NC_008332	TGGC	4	96867	96882	16	0 %	25 %	50 %	25 %	6 %	11415164
56	NC_008332	AATT	3	97269	97280	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11415164
57	NC_008332	CAAT	5	105324	105345	22	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11415164
58	NC_008332	ATGG	3	105481	105493	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	11415164
59	NC_008332	CTTT	4	105594	105609	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	11415164
60	NC_008332	GATC	3	110711	110722	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	11415164
61	NC_008332	GGAG	3	111697	111709	13	25 %	0 %	75 %	0 %	7 %	11415164
62	NC_008332	AGGG	3	114468	114479	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	11415163
63	NC_008332	TTTA	3	118815	118826	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11415163
64	NC_008332	CATT	3	120327	120337	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11415163
65	NC_008332	ATCC	3	122630	122640	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	11415163
66	NC_008332	CCTT	3	122896	122908	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	11415163
67	NC_008332	GAAA	3	124596	124607	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	11415163
68	NC_008332	CTTA	3	124684	124695	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11415163
69	NC_008332	TTGC	3	127525	127536	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	11415163
70	NC_008332	AGCT	3	129645	129655	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11415163
71	NC_008332	CTAT	6	130312	130334	23	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11415163
72	NC_008332	GTGA	3	133971	133982	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	11415163
73	NC_008332	AAGT	4	137808	137822	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	11415163
74	NC_008332	TGAA	3	140952	140962	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11415163
75	NC_008332	GTTC	3	142317	142327	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	11415163
76	NC_008332	TGAG	3	143617	143628	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	11415163
77	NC_008332	GATA	3	144384	144395	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	11415163
78	NC_008332	AAAT	3	145240	145251	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11415163
79	NC_008332	TACC	3	149030	149040	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	11415163
80	NC_008332	GCTT	3	149242	149253	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	11415163
81	NC_008332	TTGA	3	151448	151459	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	11415163
82	NC_008332	ACAG	4	151692	151707	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	11415163
83	NC_008332	TTTC	3	152214	152224	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11415163
84	NC_008332	TCTA	4	152900	152915	16	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	11415163
85	NC_008332	AAGT	3	154087	154097	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11415163
86	NC_008332	TGAG	3	155989	156000	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	11415163
87	NC_008332	TCTT	3	156526	156537	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11415163
88	NC_008332	CTTG	3	158353	158363	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	11415163
89	NC_008332	AAGC	3	159581	159592	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	11415163
90	NC_008332	ATCT	3	163401	163411	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11415163
91	NC_008332	GAAA	3	164730	164741	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11415163
92	NC_008332	GATA	4	164945	164959	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	11415163
93	NC_008332	GAGT	3	168429	168441	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	11415163
94	NC_008332	GTGG	3	168798	168809	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	11415163
95	NC_008332	TTCT	3	171205	171217	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	11415163
96	NC_008332	CTTG	3	172927	172939	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	11415163
97	NC_008332	TCCA	3	174658	174670	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	11415163
98	NC_008332	TAGC	4	175334	175349	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	11415163
99	NC_008332	GAAA	3	177350	177361	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11415163
100	NC_008332	AAGT	3	177741	177751	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11415163
101	NC_008332	TCAA	3	178611	178622	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11415163
102	NC_008332	TTTC	3	179382	179392	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11415163
103	NC_008332	CCTT	3	186053	186064	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11415163
104	NC_008332	GATC	3	186406	186417	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	11415163
105	NC_008332	CTTT	3	186546	186557	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11415163
106	NC_008332	CGAA	3	186933	186943	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11415163
107	NC_008332	GGAT	3	186970	186984	15	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	11415163
108	NC_008332	TTCG	3	187626	187637	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	11415163
109	NC_008332	TCTT	3	189662	189673	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11415163
110	NC_008332	CTTG	3	189824	189834	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	11415163
111	NC_008332	AGGA	3	190112	190123	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	11415163
112	NC_008332	CTCG	3	191399	191409	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	11415163
113	NC_008332	TCCA	3	192158	192169	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	11415163
114	NC_008332	ATTG	3	197098	197110	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	11415163
115	NC_008332	TAAG	3	197277	197288	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11415163
116	NC_008332	AAAG	3	197379	197390	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	11415163
117	NC_008332	AAGA	3	197794	197804	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11415163
118	NC_008332	AGTA	3	199380	199391	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11415163
119	NC_008332	CTTT	3	200411	200421	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11415163
120	NC_008332	AATA	3	200877	200888	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11415163
121	NC_008332	TGGA	4	202082	202097	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	11415163
122	NC_008332	TCTA	3	202098	202109	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11415163
123	NC_008332	CCTT	3	203806	203816	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11415163
124	NC_008332	GAGC	3	207177	207188	12	25 %	0 %	50 %	25 %	0 %	11415163
125	NC_008332	AGAA	3	207976	207987	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11415163
126	NC_008332	TAAG	3	212209	212221	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	11415163
127	NC_008332	AATA	3	218511	218521	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11415163
128	NC_008332	AAAG	4	218524	218540	17	75 %	0 %	25 %	0 %	5 %	11415163
129	NC_008332	CCAG	3	219025	219035	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	11415163
130	NC_008332	AAAG	3	221840	221851	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	11415163
131	NC_008332	TTAC	3	222963	222973	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11415163
132	NC_008332	ACTT	3	226232	226243	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11415163
133	NC_008332	ATTT	3	229184	229195	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11415163
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Zea mays subsp. parviglumis mitochondrion