ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Penta-nucleotide Imperfect Repeats of Zea perennis mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008331	CATCT	3	15854	15867	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	11415157
2	NC_008331	CTTTT	4	16770	16788	19	0 %	80 %	0 %	20 %	5 %	11415157
3	NC_008331	CTTTA	20	38826	38925	100	20 %	60 %	0 %	20 %	2 %	11415157
4	NC_008331	CCTTT	4	40123	40143	21	0 %	60 %	0 %	40 %	9 %	11415157
5	NC_008331	ATTCC	3	47226	47239	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	11415157
6	NC_008331	GTATA	3	47454	47468	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	11415157
7	NC_008331	ATAGT	3	51768	51782	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	11415157
8	NC_008331	TTCAC	3	53072	53086	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	11415157
9	NC_008331	TGGAA	3	54911	54925	15	40 %	20 %	40 %	0 %	0 %	11415157
10	NC_008331	GCGTA	3	58239	58253	15	20 %	20 %	40 %	20 %	0 %	11415157
11	NC_008331	CTAGG	3	60012	60026	15	20 %	20 %	40 %	20 %	0 %	11415157
12	NC_008331	TACTT	3	61778	61797	20	20 %	60 %	0 %	20 %	5 %	11415157
13	NC_008331	CTATA	5	67823	67847	25	40 %	40 %	0 %	20 %	8 %	11415157
14	NC_008331	TACAG	3	78772	78786	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	11415157
15	NC_008331	TTTGA	10	82684	82731	48	20 %	60 %	20 %	0 %	8 %	11415157
16	NC_008331	TATAG	3	89119	89133	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	11415157
17	NC_008331	ATAGA	4	90473	90492	20	60 %	20 %	20 %	0 %	5 %	11415157
18	NC_008331	AGACG	3	98337	98350	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	11415157
19	NC_008331	TATAT	13	98878	98945	68	40 %	60 %	0 %	0 %	8 %	11415157
20	NC_008331	CATCA	3	104193	104206	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	11415157
21	NC_008331	TGGAT	3	111429	111443	15	20 %	40 %	40 %	0 %	0 %	11415157
22	NC_008331	ACTTT	13	119072	119136	65	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	11415157
23	NC_008331	TCTAT	3	124707	124720	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	11415157
24	NC_008331	ACTGT	3	126209	126222	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	11415157
25	NC_008331	TCATA	3	141644	141658	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	11415157
26	NC_008331	GATAG	6	147056	147085	30	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	11415157
27	NC_008331	TGCCT	3	148281	148295	15	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	11415157
28	NC_008331	TGTTT	3	151547	151561	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	11415157
29	NC_008331	GTATA	3	152603	152617	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	11415157
30	NC_008331	ACCCA	17	153001	153085	85	40 %	0 %	0 %	60 %	0 %	11415157
31	NC_008331	ACTAT	10	154799	154847	49	40 %	40 %	0 %	20 %	2 %	11415157
32	NC_008331	AAAAG	3	158198	158212	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	11415157
33	NC_008331	TCCAA	5	158583	158607	25	40 %	20 %	0 %	40 %	8 %	11415157
34	NC_008331	GAAAT	3	169518	169532	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	11415157
35	NC_008331	TTGAA	3	177488	177502	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	11415157
36	NC_008331	TCCTA	3	179273	179287	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	11415157
37	NC_008331	TGAAA	4	179453	179472	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	11415157
38	NC_008331	TTTCA	3	185000	185013	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	11415157
39	NC_008331	TTTAC	3	193077	193091	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	11415157
40	NC_008331	CTAAC	4	200277	200296	20	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	11415157
41	NC_008331	TCCTT	8	203276	203315	40	0 %	60 %	0 %	40 %	5 %	11415157
42	NC_008331	ATACA	3	213866	213880	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	11415157
43	NC_008331	TACTA	9	214073	214116	44	40 %	40 %	0 %	20 %	9 %	11415157
44	NC_008331	CCTAT	28	218191	218328	138	20 %	40 %	0 %	40 %	2 %	11415157
45	NC_008331	TCAAT	3	221072	221085	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	11415157
46	NC_008331	ACTTT	3	228829	228843	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	11415157
47	NC_008331	CTTTA	3	231391	231404	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	11415157
48	NC_008331	TCAAA	10	235424	235471	48	60 %	20 %	0 %	20 %	8 %	11415157
49	NC_008331	TACTT	7	249020	249055	36	20 %	60 %	0 %	20 %	8 %	11415157
50	NC_008331	ATAGT	12	249559	249616	58	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	11415157
51	NC_008331	AGCTT	3	251112	251126	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	11415157
52	NC_008331	ATCAA	3	259625	259639	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	11415157
53	NC_008331	CTGAC	3	276761	276774	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	11415157
54	NC_008331	CATTT	3	277933	277947	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	11415157
55	NC_008331	TCATT	3	280921	280934	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	11415157
56	NC_008331	ACCTT	3	281189	281203	15	20 %	40 %	0 %	40 %	0 %	11415157
57	NC_008331	CCCCA	3	284551	284565	15	20 %	0 %	0 %	80 %	0 %	11415157
58	NC_008331	AACTT	3	288386	288400	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	11415157
59	NC_008331	ACTCA	3	288896	288910	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	11415157
60	NC_008331	TTTAC	3	289507	289521	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	11415157
61	NC_008331	CCTTG	3	290175	290189	15	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	11415157
62	NC_008331	TGGGA	5	292536	292560	25	20 %	20 %	60 %	0 %	0 %	11415157
63	NC_008331	TGAAG	3	294682	294696	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	11415157
64	NC_008331	TTTCA	3	305041	305055	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	11415157
65	NC_008331	CTAAG	4	310706	310724	19	40 %	20 %	20 %	20 %	5 %	11415157
66	NC_008331	TAAAG	3	311475	311489	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	11415157
67	NC_008331	ACTAT	3	312038	312052	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	11415157
68	NC_008331	ATACA	4	313256	313275	20	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	11415157
69	NC_008331	ATTTC	3	314365	314380	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	11415157
70	NC_008331	CTTTT	3	315526	315540	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	11415157
71	NC_008331	TAAAG	4	316558	316577	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	11415157
72	NC_008331	CTACA	3	323192	323206	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	11415157
73	NC_008331	TTGGA	3	326394	326408	15	20 %	40 %	40 %	0 %	0 %	11415157
74	NC_008331	TATAG	3	343601	343615	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	11415157
75	NC_008331	ATTTT	3	348800	348813	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	11415157
76	NC_008331	TTAGT	3	357004	357018	15	20 %	60 %	20 %	0 %	0 %	11415157
77	NC_008331	TTACC	3	367167	367182	16	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	11415157
78	NC_008331	TAATA	3	375612	375626	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	11415157
79	NC_008331	AAAGT	3	376246	376260	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	11415157
80	NC_008331	TCAAA	3	383492	383506	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	11415157
81	NC_008331	TAAGT	3	394253	394267	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	11415157
82	NC_008331	CTAAT	3	402572	402586	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	11415157
83	NC_008331	TTAGT	4	410345	410364	20	20 %	60 %	20 %	0 %	0 %	11415157
84	NC_008331	TATAG	3	413249	413268	20	40 %	40 %	20 %	0 %	5 %	Non-Coding
85	NC_008331	TATAT	3	414065	414079	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008331	AACAA	5	419513	419536	24	80 %	0 %	0 %	20 %	8 %	Non-Coding
87	NC_008331	CTTTT	3	421620	421634	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
88	NC_008331	TAAAG	4	422652	422671	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
89	NC_008331	CTACA	3	429286	429300	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008331	AAATG	3	433647	433661	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
91	NC_008331	TCTTT	3	437719	437733	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	11415157
92	NC_008331	TTCTT	3	437764	437778	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	11415157
93	NC_008331	TGCGT	3	438993	439006	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	11415157
94	NC_008331	TTAAG	3	448294	448308	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	11415157
95	NC_008331	TAGCC	3	451990	452004	15	20 %	20 %	20 %	40 %	0 %	11415157
96	NC_008331	AGAAA	3	461947	461960	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	11415157
97	NC_008331	TACTA	13	464432	464497	66	40 %	40 %	0 %	20 %	4 %	11415157
98	NC_008331	CAGTA	3	465379	465392	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	11415157
99	NC_008331	CTGAT	3	468910	468924	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	11415157
100	NC_008331	ATACA	3	469973	469987	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	11415157
101	NC_008331	AGTCT	3	484714	484728	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	11415157
102	NC_008331	AGTTA	4	485530	485549	20	40 %	40 %	20 %	0 %	5 %	11415157
103	NC_008331	TATAG	4	503591	503610	20	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	11415157
104	NC_008331	CTCTG	3	507831	507844	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	11415157
105	NC_008331	TTACA	3	507892	507906	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	11415157
106	NC_008331	GTAGA	3	508655	508669	15	40 %	20 %	40 %	0 %	0 %	11415157
107	NC_008331	AGGAA	3	509806	509820	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	11415157
108	NC_008331	CCGAT	7	515438	515472	35	20 %	20 %	20 %	40 %	0 %	11415157
109	NC_008331	CTATA	17	516102	516184	83	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	11415157
110	NC_008331	ACTAA	4	518158	518177	20	60 %	20 %	0 %	20 %	5 %	11415157
111	NC_008331	TACTA	6	518874	518903	30	40 %	40 %	0 %	20 %	3 %	11415157
112	NC_008331	TCTCT	4	523320	523340	21	0 %	60 %	0 %	40 %	9 %	11415157
113	NC_008331	ATTTC	3	523878	523891	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	11415157
114	NC_008331	TTCTC	3	524803	524817	15	0 %	60 %	0 %	40 %	0 %	11415157
115	NC_008331	GCAAA	3	525143	525157	15	60 %	0 %	20 %	20 %	6 %	11415157
116	NC_008331	GAAGT	3	530188	530202	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	11415157
117	NC_008331	CTTAA	3	532581	532595	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	11415157
118	NC_008331	TACTA	3	534910	534929	20	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	11415157
119	NC_008331	TATGA	4	534961	534979	19	40 %	40 %	20 %	0 %	5 %	11415157
120	NC_008331	GAATA	3	536949	536964	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	11415157
121	NC_008331	AAGTA	5	538936	538959	24	60 %	20 %	20 %	0 %	8 %	11415157
122	NC_008331	AGAAA	3	541077	541090	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	11415157
123	NC_008331	GAAAT	4	547646	547666	21	60 %	20 %	20 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_008331	ATTTC	4	548380	548399	20	20 %	60 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
125	NC_008331	GTAGA	9	548400	548444	45	40 %	20 %	40 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_008331	TCAAA	10	553334	553381	48	60 %	20 %	0 %	20 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Penta-nucleotide Imperfect Repeats of Zea perennis mitochondrion