ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Indica Group chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008155	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	109156643
2	NC_008155	GAA	4	8465	8476	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008155	TTG	4	10705	10715	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	109156585
4	NC_008155	ATT	4	15988	16000	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_008155	TAT	4	16872	16882	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_008155	CTA	4	18711	18722	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_008155	ATT	4	18813	18823	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_008155	AGA	4	19802	19813	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	109156587
9	NC_008155	AAC	4	22455	22466	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	200003948
10	NC_008155	AAT	4	24143	24154	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	200003948
11	NC_008155	GAG	4	26719	26729	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	109156589
12	NC_008155	GAA	4	27600	27611	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	109156589
13	NC_008155	ATT	4	29385	29397	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_008155	AGA	4	29868	29878	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	132444674
15	NC_008155	GTT	5	31061	31075	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	132444675
16	NC_008155	TGC	4	32013	32024	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	109156592
17	NC_008155	TAG	5	35715	35729	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_008155	TCC	4	36666	36677	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
19	NC_008155	ATG	4	38102	38112	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	109156595
20	NC_008155	GCA	4	40000	40011	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	193885686
21	NC_008155	GAA	4	58238	58250	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_008155	GAA	4	58254	58264	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_008155	TTC	4	60418	60429	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	109156605
24	NC_008155	ATA	4	62784	62794	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_008155	AAG	4	64163	64175	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_008155	TTC	5	65064	65078	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
27	NC_008155	TAA	4	71397	71408	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_008155	AGA	4	74252	74263	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_008155	TAT	4	75309	75319	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_008155	TCT	4	80472	80485	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	109156624
31	NC_008155	TTC	4	81578	81588	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
32	NC_008155	TTA	4	84481	84491	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_008155	ATA	4	87278	87288	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_008155	TAC	4	89094	89105	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
35	NC_008155	AAG	4	102749	102760	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	109156630
36	NC_008155	TTG	4	103498	103509	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	109156630
37	NC_008155	CAA	4	107827	107837	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	109156633
38	NC_008155	TAT	5	108635	108648	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_008155	TAA	4	113966	113976	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_008155	GTA	4	125945	125956	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_008155	ATA	4	130558	130568	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Indica Group chloroplast