ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Oryza sativa Indica Group chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008155	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	109156643
2	NC_008155	AAGT	3	781	791	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	109156643
3	NC_008155	TCTTT	3	2574	2588	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	154362192
4	NC_008155	AG	6	3223	3234	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_008155	A	17	3536	3552	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
6	NC_008155	CATT	3	3699	3710	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_008155	TAAA	4	4152	4167	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008155	TTTA	3	4466	4477	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008155	TCTCT	3	4650	4663	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
10	NC_008155	ATAA	3	5336	5346	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_008155	CTTA	3	5382	5394	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
12	NC_008155	TTTAA	3	5927	5940	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_008155	TTGAC	3	6460	6474	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
14	NC_008155	TTCT	3	8045	8055	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_008155	TTTA	3	8216	8226	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_008155	GAA	4	8465	8476	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_008155	GAAA	3	10300	10311	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	109156585
18	NC_008155	TA	6	10399	10409	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	109156585
19	NC_008155	TTG	4	10705	10715	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	109156585
20	NC_008155	ACAAA	3	11377	11390	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
21	NC_008155	AG	6	11442	11452	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_008155	CGTAG	3	12266	12279	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_008155	CCCA	3	12710	12721	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
24	NC_008155	AATCT	3	13177	13190	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
25	NC_008155	TTTG	3	13472	13482	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_008155	CTTT	3	15154	15165	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008155	ATT	4	15988	16000	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_008155	GTAT	3	16067	16077	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_008155	TAT	4	16872	16882	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_008155	TTTC	3	16934	16944	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_008155	AAAG	3	17028	17039	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_008155	TAAGAA	3	17115	17133	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
33	NC_008155	TTTCTA	3	17269	17287	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
34	NC_008155	TTTCTA	3	17291	17307	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
35	NC_008155	AATAG	3	17317	17330	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_008155	CTA	4	18711	18722	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
37	NC_008155	ATT	4	18813	18823	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_008155	TTTC	3	19776	19788	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	109156587
39	NC_008155	AGA	4	19802	19813	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	109156587
40	NC_008155	AAC	4	22455	22466	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	200003948
41	NC_008155	AAT	4	24143	24154	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	200003948
42	NC_008155	GAG	4	26719	26729	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	109156589
43	NC_008155	GAA	4	27600	27611	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	109156589
44	NC_008155	GCGA	3	28817	28829	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	109156589
45	NC_008155	TTAA	3	29335	29346	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_008155	ATT	4	29385	29397	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_008155	GAAA	3	29428	29440	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_008155	GAAAA	3	29463	29476	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_008155	AGA	4	29868	29878	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	132444674
50	NC_008155	AT	6	30327	30337	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_008155	GTT	5	31061	31075	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	132444675
52	NC_008155	AT	6	31538	31548	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_008155	TGC	4	32013	32024	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	109156592
54	NC_008155	CTTT	3	32280	32290	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_008155	CATTTT	3	33324	33342	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
56	NC_008155	AAAG	3	33567	33577	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_008155	TAG	5	35715	35729	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_008155	TTTC	3	35909	35919	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_008155	CT	6	36548	36558	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	109156594
60	NC_008155	TCC	4	36666	36677	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
61	NC_008155	ATG	4	38102	38112	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	109156595
62	NC_008155	AAGA	3	39196	39207	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	193885686
63	NC_008155	GCA	4	40000	40011	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	193885686
64	NC_008155	TG	6	40037	40047	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	193885686
65	NC_008155	CTAG	3	40139	40151	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	193885686
66	NC_008155	ATCA	3	42152	42162	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_008155	AAGA	3	42305	42315	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_008155	A	15	43851	43865	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_008155	AACA	3	44617	44627	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
70	NC_008155	GGGGAA	3	44707	44725	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
71	NC_008155	TA	6	45533	45543	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_008155	ATCTTA	3	45804	45822	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
73	NC_008155	AT	6	46040	46050	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_008155	TTTTG	3	46124	46137	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_008155	TTGA	3	46529	46541	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_008155	CAGA	3	48105	48115	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	127711707
77	NC_008155	T	14	49215	49228	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_008155	TAGG	4	51229	51244	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_008155	AATT	3	53372	53383	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_008155	AATA	4	55721	55737	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
81	NC_008155	AAAG	3	56331	56341	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_008155	AAAGT	3	57581	57595	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008155	GAA	4	58238	58250	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_008155	GAA	4	58254	58264	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_008155	TTCT	3	59402	59413	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
86	NC_008155	ATTC	3	59433	59443	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
87	NC_008155	TTC	4	60418	60429	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	109156605
88	NC_008155	TCTT	3	60829	60839	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
89	NC_008155	ATA	4	62784	62794	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_008155	TTGAA	3	63577	63591	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	109156608
91	NC_008155	TTCT	3	63657	63668	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	109156608
92	NC_008155	AAG	4	64163	64175	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_008155	GAAA	3	64858	64868	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_008155	TATT	3	65011	65021	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_008155	TTC	5	65064	65078	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
96	NC_008155	GAAA	3	65338	65349	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	109156609
97	NC_008155	AGAA	3	68307	68318	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008155	AAAG	3	68446	68456	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_008155	TAA	4	71397	71408	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_008155	TTTA	4	71655	71670	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_008155	AT	6	72676	72686	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_008155	TTTC	3	74221	74231	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
103	NC_008155	AGA	4	74252	74263	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_008155	TAT	4	75309	75319	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_008155	ATTT	3	75888	75899	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_008155	AGAAA	3	76174	76188	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_008155	T	12	76481	76492	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	109156619
108	NC_008155	ATTT	3	77167	77177	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_008155	T	16	78368	78383	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008155	TCT	4	80472	80485	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	109156624
111	NC_008155	T	17	80554	80570	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
112	NC_008155	AGAAT	3	80950	80963	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_008155	AATG	3	80964	80974	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_008155	TTC	4	81578	81588	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
115	NC_008155	TTA	4	84481	84491	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_008155	ATA	4	87278	87288	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_008155	TTTGTT	3	88197	88215	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	112113313
118	NC_008155	TTCT	3	88336	88346	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	112113313
119	NC_008155	TAC	4	89094	89105	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
120	NC_008155	AAAC	3	93227	93239	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
121	NC_008155	ATCC	3	93359	93370	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
122	NC_008155	CTAT	3	93746	93757	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
123	NC_008155	ACGG	3	96614	96625	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
124	NC_008155	AGGT	3	96898	96909	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_008155	AACG	3	98223	98234	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008155	AAAG	4	99554	99569	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_008155	GAAT	3	101163	101173	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_008155	AAGG	3	101175	101186	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_008155	AAG	4	102749	102760	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	109156630
130	NC_008155	TTG	4	103498	103509	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	109156630
131	NC_008155	AATA	3	103703	103714	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_008155	CAAA	3	104478	104489	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	109156631
133	NC_008155	CAA	4	107827	107837	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	109156633
134	NC_008155	AAAT	3	108603	108613	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_008155	TAT	5	108635	108648	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
136	NC_008155	TAAC	3	112039	112050	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_008155	TC	6	113446	113457	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	146229322
138	NC_008155	ATTC	3	113877	113887	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
139	NC_008155	TAA	4	113966	113976	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_008155	AAAT	3	114292	114302	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_008155	CTTT	4	115481	115496	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
142	NC_008155	TCGT	3	116815	116826	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008155	CTTA	3	117022	117032	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
144	NC_008155	CCGT	3	118425	118436	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
145	NC_008155	AGGA	3	121457	121468	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
146	NC_008155	GGAT	3	121680	121691	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
147	NC_008155	ATAAGC	3	122281	122298	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
148	NC_008155	A	13	125432	125444	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
149	NC_008155	GTA	4	125945	125956	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
150	NC_008155	AGAA	3	126704	126714	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	112113314
151	NC_008155	GAAAA	3	127263	127278	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
152	NC_008155	ATA	4	130558	130568	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
153	NC_008155	TGAA	3	131275	131286	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
154	NC_008155	CTTT	3	131293	131304	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
155	NC_008155	CATT	3	134076	134086	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
156	NC_008155	ATTCT	3	134087	134100	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
157	NC_008155	A	12	134485	134496	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Oryza sativa Indica Group chloroplast