ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Zygnema circumcarinatum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008117	AGGT	3	1980	1991	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_008117	CATT	3	4107	4118	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008117	TTAA	3	5285	5295	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_008117	TAAT	3	6874	6885	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796740
5	NC_008117	TTAA	3	6992	7002	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108796740
6	NC_008117	AATT	4	8761	8776	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	108796740
7	NC_008117	CAAG	3	9448	9459	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	108796740
8	NC_008117	AGCA	3	9939	9949	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	108796740
9	NC_008117	ATAA	3	11037	11048	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796740
10	NC_008117	TATG	11	11199	11243	45	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	108796740
11	NC_008117	TCTA	3	11378	11389	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	108796740
12	NC_008117	TATG	18	11527	11599	73	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796740
13	NC_008117	CTTG	3	13337	13347	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	108796740
14	NC_008117	TACT	13	14270	14320	51	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	108796740
15	NC_008117	GAAA	3	14790	14800	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108796740
16	NC_008117	TTAA	3	16154	16165	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796740
17	NC_008117	TATG	28	17942	18051	110	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796740
18	NC_008117	TTAT	3	20021	20032	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108796740
19	NC_008117	ATTC	3	21455	21467	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	108796740
20	NC_008117	AATC	5	21598	21621	24	50 %	25 %	0 %	25 %	4 %	108796740
21	NC_008117	ATTT	3	22739	22749	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_008117	TAAA	3	23808	23820	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	108796687
23	NC_008117	TATT	3	24284	24294	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796687
24	NC_008117	ATAC	18	24499	24569	71	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	108796687
25	NC_008117	GCAT	3	25193	25204	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	108796687
26	NC_008117	TTAT	3	25296	25307	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108796687
27	NC_008117	TTAA	3	26734	26745	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_008117	ATTA	3	29962	29973	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_008117	ATGT	3	30273	30283	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_008117	CATA	3	30299	30310	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
31	NC_008117	TAAG	4	32713	32727	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_008117	ATAC	32	34892	35019	128	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
33	NC_008117	TTAA	3	35889	35901	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_008117	GAAA	3	37518	37529	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108796728
35	NC_008117	ATTG	3	39242	39252	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796747
36	NC_008117	TAGT	7	39529	39556	28	25 %	50 %	25 %	0 %	10 %	Non-Coding
37	NC_008117	TTTG	3	39704	39715	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	108796727
38	NC_008117	AGTT	3	42170	42180	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796734
39	NC_008117	TTCT	3	43188	43198	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
40	NC_008117	AAAT	3	45103	45113	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796735
41	NC_008117	TGTA	9	45234	45269	36	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_008117	ATGC	3	45663	45674	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	108796757
43	NC_008117	TTGT	8	47053	47084	32	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_008117	AATG	3	49914	49925	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008117	TTAT	3	50108	50119	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_008117	ATTT	3	50184	50194	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_008117	TTTA	3	50314	50325	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_008117	AATT	3	50774	50785	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_008117	TAAT	3	51455	51466	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_008117	TATG	15	51522	51581	60	25 %	50 %	25 %	0 %	1 %	108796758
51	NC_008117	ACAA	51	51617	51819	203	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	108796758
52	NC_008117	TTTA	3	57749	57761	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	108796689
53	NC_008117	GCTT	3	57953	57963	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	108796689
54	NC_008117	TATT	8	59608	59640	33	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_008117	ACCA	3	60092	60103	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
56	NC_008117	AAAG	3	63772	63783	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	126507953
57	NC_008117	ATTT	3	64068	64079	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	126507953
58	NC_008117	TGTA	6	67957	67979	23	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_008117	CTTT	10	68722	68761	40	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
60	NC_008117	TAAA	4	71681	71696	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	108796672
61	NC_008117	CAAA	3	72505	72516	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
62	NC_008117	TTTA	3	72925	72937	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_008117	AAAT	4	72977	72991	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_008117	AACA	3	73012	73023	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
65	NC_008117	TACT	9	73115	73150	36	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
66	NC_008117	TACT	16	73506	73569	64	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_008117	ACAT	8	73871	73902	32	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
68	NC_008117	ACTT	6	73891	73914	24	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
69	NC_008117	GTAT	9	73919	73954	36	25 %	50 %	25 %	0 %	5 %	Non-Coding
70	NC_008117	AAAT	3	74224	74235	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_008117	AGAA	3	75104	75114	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	126165875
72	NC_008117	ATGT	3	76967	76977	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796679
73	NC_008117	GTTT	3	79936	79947	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	108796751
74	NC_008117	TTAG	3	84639	84650	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008117	AATA	4	85833	85848	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
76	NC_008117	TCAA	3	87923	87933	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	108796686
77	NC_008117	ACAT	15	88869	88932	64	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
78	NC_008117	ATTG	4	89562	89577	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_008117	TATG	3	89713	89723	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_008117	ATTT	3	90212	90222	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796692
81	NC_008117	TAAG	9	90383	90418	36	50 %	25 %	25 %	0 %	5 %	Non-Coding
82	NC_008117	AAAC	3	90423	90434	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
83	NC_008117	GAAT	13	90534	90585	52	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_008117	AATT	3	91801	91811	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108796755
85	NC_008117	ATGA	4	93009	93024	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
86	NC_008117	ATTG	3	94735	94750	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_008117	TAAA	3	94908	94919	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796718
88	NC_008117	TCTA	3	98781	98791	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
89	NC_008117	GTAT	3	100323	100334	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	108796762
90	NC_008117	TCTA	3	102783	102795	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	108796765
91	NC_008117	CTTT	3	103008	103019	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
92	NC_008117	AATT	11	103129	103171	43	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_008117	ATTT	8	103152	103183	32	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796766
94	NC_008117	ACAT	13	103623	103675	53	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
95	NC_008117	TATG	9	104930	104964	35	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	108796767
96	NC_008117	ATGT	8	104967	104998	32	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796767
97	NC_008117	ATGT	21	105014	105095	82	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796767
98	NC_008117	ATGT	11	106696	106739	44	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_008117	ACAA	3	109206	109217	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
100	NC_008117	AAAT	3	109518	109528	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_008117	AAAT	4	109995	110010	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_008117	ATTA	3	112247	112258	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_008117	AATA	3	112675	112687	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_008117	TGTA	3	114097	114109	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_008117	TTGT	3	114127	114138	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_008117	CAAT	4	114658	114673	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	108796691
107	NC_008117	GTTT	3	117306	117317	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_008117	TCTA	3	118845	118855	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
109	NC_008117	ATTG	4	120861	120876	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
110	NC_008117	ATTT	13	120869	120920	52	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_008117	AAAT	3	122737	122748	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796732
112	NC_008117	TAAA	3	124439	124449	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796684
113	NC_008117	ATTA	3	125791	125801	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108796684
114	NC_008117	ATTT	3	126737	126747	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796684
115	NC_008117	CTAT	3	132481	132492	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
116	NC_008117	ATTT	3	132633	132644	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008117	TAAG	6	134854	134877	24	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_008117	TAAA	3	134878	134889	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_008117	TACT	9	134895	134930	36	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
120	NC_008117	AATG	3	137825	137836	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	108796704
121	NC_008117	TAAA	11	143398	143441	44	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_008117	AAAT	4	143921	143937	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
123	NC_008117	TAAA	3	144160	144170	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_008117	CAAT	3	144400	144411	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008117	TTAA	3	144447	144457	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_008117	AATA	3	145630	145641	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_008117	TCTT	3	153499	153510	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108796737
128	NC_008117	ATTT	3	155114	155124	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796737
129	NC_008117	TATT	3	155276	155286	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796737
130	NC_008117	GTTT	3	155728	155739	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	108796737
131	NC_008117	AATA	3	160159	160170	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_008117	TAAA	3	164998	165008	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Zygnema circumcarinatum chloroplast