ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Staurastrum punctulatum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008116	AGGT	3	1821	1832	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_008116	TTTC	3	3410	3420	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
3	NC_008116	AAAT	3	5991	6001	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796779
4	NC_008116	CTTG	3	7942	7952	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	108796791
5	NC_008116	TTAC	3	8082	8092	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	108796791
6	NC_008116	TCTT	3	9285	9296	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_008116	AAAT	4	10106	10121	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_008116	AAAT	3	12576	12587	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008116	TTAA	3	13006	13017	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796792
10	NC_008116	AAAT	3	16068	16079	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796795
11	NC_008116	ATGG	4	17090	17105	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	108796795
12	NC_008116	AATT	3	18437	18447	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108796853
13	NC_008116	ATTT	3	20034	20044	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796853
14	NC_008116	TTTA	3	25886	25896	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_008116	AATT	3	26278	26288	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_008116	TAAT	3	27742	27753	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_008116	TCTT	3	28613	28624	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
18	NC_008116	ATTT	3	33849	33861	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	108796859
19	NC_008116	AAAC	3	34232	34243	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108796859
20	NC_008116	AAAT	3	35858	35868	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_008116	AAAT	3	35976	35986	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_008116	AACG	3	37097	37108	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	108796798
23	NC_008116	GGTA	3	39900	39911	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	108796774
24	NC_008116	AAAT	3	41420	41432	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_008116	AAAC	3	45240	45251	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
26	NC_008116	AATA	3	47106	47117	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008116	TAAA	3	47183	47195	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_008116	TTAA	3	48569	48580	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_008116	ATTT	3	49155	49165	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_008116	TCTT	3	51426	51436	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108796839
31	NC_008116	ATTT	3	53983	53993	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796840
32	NC_008116	TTGA	3	55682	55693	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_008116	TCAA	3	55722	55733	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_008116	TATT	3	55973	55984	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_008116	TAAA	3	58469	58479	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_008116	GTAT	3	59006	59016	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796772
37	NC_008116	CATT	3	60121	60132	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
38	NC_008116	TTAC	3	62868	62879	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
39	NC_008116	AAAG	3	65272	65284	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_008116	TGTA	3	66218	66228	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796812
41	NC_008116	AATA	3	66553	66564	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_008116	TTTA	3	67165	67176	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_008116	AAAC	3	69628	69638	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
44	NC_008116	AAAT	3	69778	69789	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_008116	CTTA	3	73053	73064	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008116	AAAT	3	73353	73364	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_008116	AAAG	3	74744	74755	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_008116	AGAA	3	75054	75065	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_008116	AATT	3	77305	77317	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108796838
50	NC_008116	TTTA	3	77499	77509	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796838
51	NC_008116	AAAT	3	79446	79457	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_008116	TCTA	3	79646	79657	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_008116	CAAT	3	80625	80635	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	108796858
54	NC_008116	GAAA	3	81496	81508	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_008116	CCAA	3	81559	81570	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
56	NC_008116	TTCG	3	82245	82255	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
57	NC_008116	TTTG	3	86743	86753	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	108796842
58	NC_008116	AAAC	4	88194	88208	15	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	108796842
59	NC_008116	TTTG	3	88915	88926	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	108796842
60	NC_008116	CTTT	3	92562	92572	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108796842
61	NC_008116	ATTA	4	96724	96739	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	108796842
62	NC_008116	AAAG	3	97156	97167	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108796842
63	NC_008116	ATTT	3	97622	97633	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108796842
64	NC_008116	TAAA	3	99581	99591	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796842
65	NC_008116	AGAA	3	99772	99783	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108796842
66	NC_008116	AACC	3	100222	100233	12	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	108796842
67	NC_008116	TCTT	3	100825	100835	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108796842
68	NC_008116	TCTT	3	101612	101623	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108796842
69	NC_008116	CTTT	3	103569	103579	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108796842
70	NC_008116	TAAT	3	104351	104362	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796842
71	NC_008116	TTAA	4	105345	105359	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_008116	TTTA	3	106601	106611	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_008116	TAAC	3	107410	107422	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	108796846
74	NC_008116	AAAG	3	108444	108455	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_008116	TAAA	3	108840	108851	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_008116	GAAA	3	109760	109771	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_008116	CAAT	3	118810	118820	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	108796773
78	NC_008116	AAAT	3	120001	120012	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796776
79	NC_008116	GTTT	3	121599	121609	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_008116	TCTT	3	128012	128022	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
81	NC_008116	AAAT	3	128047	128058	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_008116	AAAT	3	128419	128429	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_008116	AGAA	3	128460	128471	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_008116	TAAT	3	128622	128633	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_008116	TTTA	3	131080	131091	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_008116	TATT	3	132953	132964	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108796799
87	NC_008116	AAAT	3	133095	133107	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	108796799
88	NC_008116	AAAT	3	134748	134758	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796786
89	NC_008116	AAAT	3	136625	136637	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	108796786
90	NC_008116	AAAT	3	136768	136778	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796786
91	NC_008116	TTTG	3	139174	139184	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	108796786
92	NC_008116	TTGA	3	140082	140093	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_008116	AGAA	3	140389	140400	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_008116	TTAT	3	141667	141678	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008116	GTTT	3	141897	141908	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_008116	TTTG	3	142499	142511	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	108796863
97	NC_008116	AGTT	3	142689	142701	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_008116	TAAA	3	145115	145127	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_008116	TTAA	3	145956	145967	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_008116	GAAA	3	150518	150529	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108796868
101	NC_008116	AATG	3	151754	151765	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_008116	TTTA	3	154488	154498	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

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Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Staurastrum punctulatum chloroplast