ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Pseudendoclonium akinetum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008114	AAAG	3	875	885	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108796876
2	NC_008114	TAAA	3	895	906	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796876
3	NC_008114	AAAC	3	1019	1029	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	108796876
4	NC_008114	AAAT	3	1035	1046	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796876
5	NC_008114	AAAC	3	4346	4356	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	108796876
6	NC_008114	GAAA	3	5837	5847	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108796876
7	NC_008114	GAAA	3	8181	8192	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108796877
8	NC_008114	AAGT	3	13221	13233	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_008114	AATT	3	14167	14177	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108796878
10	NC_008114	TAAA	3	15213	15223	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796878
11	NC_008114	ATTT	3	18966	18976	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796878
12	NC_008114	TTCT	3	19009	19019	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108796878
13	NC_008114	TTTA	3	19159	19169	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796878
14	NC_008114	CTTT	3	22353	22364	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108796878
15	NC_008114	TTGA	3	22442	22454	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	108796878
16	NC_008114	TTAT	3	26809	26819	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_008114	TAAA	3	28577	28587	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_008114	AAGG	3	35961	35971	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_008114	GATT	3	36698	36709	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	108796891
20	NC_008114	TTAA	3	38660	38671	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796892
21	NC_008114	ATTT	3	39828	39839	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_008114	GTTT	3	40041	40052	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_008114	TTTA	3	42036	42046	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796894
24	NC_008114	ACAA	3	42057	42068	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108796894
25	NC_008114	ACAA	3	42416	42427	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108796894
26	NC_008114	ATTT	3	46338	46350	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	108796894
27	NC_008114	TATT	3	47142	47157	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	108796894
28	NC_008114	AATA	3	47519	47530	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796894
29	NC_008114	GAAA	3	47738	47748	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108796894
30	NC_008114	ATTA	3	48854	48865	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796894
31	NC_008114	TTTA	3	50900	50910	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_008114	CTAA	3	51085	51096	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
33	NC_008114	AAAT	3	51777	51787	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_008114	AATA	3	55242	55253	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796897
35	NC_008114	AATT	3	57354	57364	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_008114	TATT	4	59881	59896	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_008114	TTAA	3	60344	60354	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_008114	ATTT	3	60559	60569	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_008114	TAAT	3	60603	60614	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_008114	CAAA	3	60736	60747	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	108796901
41	NC_008114	TTTA	3	63493	63504	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108796903
42	NC_008114	TTAA	3	63971	63982	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796903
43	NC_008114	GTTA	3	64640	64651	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	108796904
44	NC_008114	CATT	3	65397	65407	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
45	NC_008114	TAAA	3	65780	65791	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_008114	TATT	3	66213	66223	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_008114	TTAA	3	66739	66750	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796906
48	NC_008114	AATA	4	69491	69505	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	108796909
49	NC_008114	AAAT	3	70396	70407	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796909
50	NC_008114	GAAA	3	71654	71664	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108796909
51	NC_008114	TTAG	3	74875	74885	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796909
52	NC_008114	CGGA	3	76694	76704	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	108796909
53	NC_008114	TCAA	3	78895	78906	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	108796909
54	NC_008114	AAAG	3	79303	79314	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_008114	AAAT	3	82186	82196	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_008114	TTTA	3	83428	83438	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796920
57	NC_008114	ATTT	3	83629	83640	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108796920
58	NC_008114	ATAA	3	85295	85305	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_008114	TTTA	3	85459	85470	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_008114	TAAT	3	85767	85778	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_008114	ATTT	3	87021	87031	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_008114	TAAA	3	89187	89197	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_008114	TTTG	3	89446	89457	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_008114	ATTT	3	93615	93626	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108796980
65	NC_008114	GTAA	3	93722	93733	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	108796980
66	NC_008114	TAAA	3	97101	97111	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796980
67	NC_008114	TATT	3	98430	98440	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_008114	TTTA	3	102599	102610	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_008114	TTTA	3	102901	102911	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796929
70	NC_008114	AAAT	3	103442	103452	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_008114	TTTA	4	103938	103953	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_008114	TAAA	3	105977	105988	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_008114	GCTT	3	106311	106323	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
74	NC_008114	TGAT	3	107255	107266	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_008114	AATA	3	107273	107283	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_008114	AAAG	3	108050	108060	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_008114	TAAA	3	110294	110305	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_008114	ATTT	3	110641	110652	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_008114	AATT	3	110788	110799	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_008114	GTTT	3	110970	110980	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_008114	TTTA	3	111349	111360	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_008114	GTAT	3	111651	111662	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	108796935
83	NC_008114	CTTT	3	117430	117440	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108796940
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85	NC_008114	TAAT	3	118523	118534	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_008114	TTTA	3	119091	119102	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_008114	AAAG	3	119428	119439	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_008114	CTTT	3	122509	122519	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
89	NC_008114	AAAC	3	122605	122616	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
90	NC_008114	TAAA	3	123385	123395	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_008114	AAAC	3	124276	124287	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
92	NC_008114	CAAA	3	127954	127965	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108796947
93	NC_008114	TTAA	3	128047	128058	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796947
94	NC_008114	ATTT	3	128155	128166	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_008114	GAAA	3	130361	130371	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_008114	TTTA	3	135570	135581	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_008114	ACTG	3	136986	136997	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	108796955
98	NC_008114	AAAT	3	138210	138220	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_008114	AAAC	3	138284	138294	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
100	NC_008114	CTAC	3	143269	143280	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008114	TCAA	3	144668	144679	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
102	NC_008114	ATTT	3	145127	145137	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_008114	AACA	3	145304	145315	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
104	NC_008114	ATTT	3	146925	146936	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_008114	CCAA	3	147472	147483	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
106	NC_008114	ATAA	3	147652	147663	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_008114	TAAA	3	147749	147760	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_008114	AAAC	3	149140	149150	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
109	NC_008114	AAAC	3	151160	151170	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
110	NC_008114	TTAA	3	151697	151707	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_008114	AATT	3	155578	155588	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_008114	ACAA	3	155955	155966	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
113	NC_008114	TTAA	3	156838	156849	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_008114	ATAA	4	158280	158295	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
115	NC_008114	AAAT	3	161179	161190	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	108796963
116	NC_008114	ATTT	4	163948	163964	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
117	NC_008114	TAAA	4	167141	167156	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
118	NC_008114	TAAA	3	168897	168908	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_008114	AATT	3	169248	169258	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_008114	AGTT	3	170391	170402	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	108796967
121	NC_008114	CTTT	3	174158	174168	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
122	NC_008114	ATTT	3	175887	175897	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_008114	TTAA	3	175937	175948	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_008114	ATTT	3	176078	176089	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_008114	AAAT	3	181156	181167	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796974
126	NC_008114	AATT	3	182084	182095	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796974
127	NC_008114	AAAG	3	183245	183255	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108796974
128	NC_008114	AAAG	3	185053	185064	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108796974
129	NC_008114	TATT	3	187585	187596	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_008114	AAAT	3	188767	188778	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_008114	ATTA	3	188996	189008	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
132	NC_008114	ATTA	3	189017	189028	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008114	ATTT	3	189050	189060	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_008114	TTTA	3	189754	189765	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008114	CAAA	3	189845	189856	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
136	NC_008114	TATT	3	192100	192112	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_008114	AATT	3	192142	192152	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_008114	AGGT	3	193500	193511	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Pseudendoclonium akinetum chloroplast