ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Scenedesmus obliquus chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008101	AGA	4	1	11	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_008101	GAA	4	2036	2047	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008101	GAA	4	2067	2078	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_008101	GCA	4	3489	3500	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	108773034
5	NC_008101	GTT	4	4163	4173	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773035
6	NC_008101	AGA	4	7140	7151	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108773035
7	NC_008101	TTG	4	7962	7972	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773035
8	NC_008101	GTT	4	8368	8379	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	108773035
9	NC_008101	CTT	4	19466	19476	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	196154822
10	NC_008101	AGA	4	20250	20261	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	196154822
11	NC_008101	TTG	4	24650	24660	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773037
12	NC_008101	GAA	4	29085	29096	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_008101	TAA	4	29365	29375	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773039
14	NC_008101	GTT	4	29457	29467	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773039
15	NC_008101	GAA	4	31079	31090	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_008101	GAA	4	31140	31150	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_008101	GAA	4	31162	31173	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_008101	ATA	4	34679	34689	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_008101	CAA	4	36019	36030	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
20	NC_008101	GAA	4	36135	36146	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_008101	AAT	4	44262	44273	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773051
22	NC_008101	AGA	4	44424	44435	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108773051
23	NC_008101	ACC	4	48863	48874	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	108773051
24	NC_008101	TTC	4	52496	52506	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
25	NC_008101	TAT	4	57139	57149	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_008101	ATT	4	59406	59417	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008101	TTA	4	60646	60657	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773063
28	NC_008101	AGC	4	63189	63200	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	108773065
29	NC_008101	TCT	4	66047	66057	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108773067
30	NC_008101	CAG	4	67420	67431	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	108773067
31	NC_008101	TGT	5	68108	68122	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	108773067
32	NC_008101	TGC	5	72474	72488	15	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
33	NC_008101	GAA	4	75028	75039	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_008101	ACT	4	80762	80773	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
35	NC_008101	GAA	4	83010	83021	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_008101	TTG	4	84567	84577	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773072
37	NC_008101	CTT	4	84587	84597	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108773072
38	NC_008101	TCT	4	84748	84758	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108773072
39	NC_008101	TTG	4	86438	86448	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773073
40	NC_008101	TAA	4	88956	88967	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773075
41	NC_008101	ATT	4	91076	91087	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_008101	CAC	4	92601	92612	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	108773078
43	NC_008101	TGT	4	93223	93234	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	108773078
44	NC_008101	CAA	4	99208	99219	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	108773081
45	NC_008101	ACA	4	100794	100805	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	108773082
46	NC_008101	AAG	4	102233	102243	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	108773082
47	NC_008101	GTT	4	106529	106539	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773084
48	NC_008101	GAA	4	110122	110133	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_008101	GAA	4	110154	110165	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_008101	CTT	4	110668	110678	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108773086
51	NC_008101	AAT	5	112766	112781	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	108773087
52	NC_008101	CTT	4	117270	117280	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108773090
53	NC_008101	TGT	4	118280	118292	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	108773090
54	NC_008101	GAA	4	118428	118439	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108773090
55	NC_008101	TAA	4	121323	121334	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_008101	AAT	4	122879	122889	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773091
57	NC_008101	GAA	4	123165	123176	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108773091
58	NC_008101	CAA	4	124062	124073	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
59	NC_008101	CTC	4	124892	124902	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	108773092
60	NC_008101	ATA	4	132968	132978	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773098
61	NC_008101	TAA	4	133891	133902	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773099
62	NC_008101	GAA	4	135986	135997	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	108773101
63	NC_008101	ACC	4	140439	140450	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	108773104
64	NC_008101	GAA	4	141832	141843	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_008101	CGA	4	144190	144201	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	108773106
66	NC_008101	GAA	4	144871	144882	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108773106
67	NC_008101	TTG	4	147995	148006	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	108773106
68	NC_008101	GAA	4	150265	150276	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_008101	GAA	4	150321	150332	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_008101	GAA	4	150377	150388	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_008101	AGT	4	153119	153130	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_008101	GAA	4	159311	159322	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_008101	GAA	4	159336	159347	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_008101	CAG	5	161405	161419	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Scenedesmus obliquus chloroplast