ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Scenedesmus obliquus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008101	AGA	4	1	11	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_008101	TTTA	3	1466	1477	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008101	T	12	1598	1609	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_008101	ATAA	3	1640	1651	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_008101	AAAT	4	1699	1713	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_008101	ATTT	3	1823	1834	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_008101	CTTT	3	1998	2009	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_008101	GAA	4	2036	2047	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008101	GAA	4	2067	2078	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008101	AAAGA	3	2714	2728	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_008101	GCA	4	3489	3500	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	108773034
12	NC_008101	ATATT	3	3558	3572	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008101	CAAA	3	3586	3596	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
14	NC_008101	T	13	3614	3626	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_008101	A	18	3715	3732	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
16	NC_008101	GTT	4	4163	4173	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773035
17	NC_008101	AATG	3	4372	4383	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	108773035
18	NC_008101	ATTT	3	4825	4836	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773035
19	NC_008101	TGTT	3	5424	5434	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	108773035
20	NC_008101	AGA	4	7140	7151	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108773035
21	NC_008101	AAAT	3	7564	7574	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773035
22	NC_008101	TTG	4	7962	7972	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773035
23	NC_008101	AAAG	3	8240	8250	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108773035
24	NC_008101	AAAG	3	8287	8297	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108773035
25	NC_008101	GTT	4	8368	8379	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	108773035
26	NC_008101	TGAA	3	9908	9918	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	108773035
27	NC_008101	TTTTC	3	11160	11173	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	108773035
28	NC_008101	AAAT	3	11883	11893	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773035
29	NC_008101	GTTT	3	12742	12752	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	108773035
30	NC_008101	TTTC	3	13332	13343	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773035
31	NC_008101	AAAG	3	13945	13956	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108773035
32	NC_008101	CTTT	3	14535	14546	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773035
33	NC_008101	ATTT	5	14601	14619	19	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	108773035
34	NC_008101	ATTTT	3	14880	14894	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_008101	ATTTTT	3	15118	15135	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
36	NC_008101	TTTG	3	15778	15788	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	196154822
37	NC_008101	ATTTT	3	17049	17062	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	196154822
38	NC_008101	GAAT	3	17322	17332	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	196154822
39	NC_008101	AAAG	3	17383	17394	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	196154822
40	NC_008101	TGTT	3	18821	18832	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	196154822
41	NC_008101	TTTG	3	18952	18963	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	196154822
42	NC_008101	GTTTT	3	19272	19286	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	196154822
43	NC_008101	CTT	4	19466	19476	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	196154822
44	NC_008101	TTTG	3	19555	19565	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	196154822
45	NC_008101	TTTG	3	19772	19783	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	196154822
46	NC_008101	TTTG	3	20119	20129	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	196154822
47	NC_008101	AGA	4	20250	20261	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	196154822
48	NC_008101	TTTG	3	21191	21201	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	196154822
49	NC_008101	ATTT	3	22180	22192	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	196154822
50	NC_008101	AATA	3	22282	22293	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	196154822
51	NC_008101	ATTT	3	23287	23298	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_008101	A	17	23410	23426	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_008101	GTTT	3	23659	23669	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_008101	AAAT	3	23974	23984	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_008101	T	13	24023	24035	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_008101	CAAT	3	24171	24181	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	108773037
57	NC_008101	TTTA	3	24569	24579	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773037
58	NC_008101	AAAT	3	24635	24645	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773037
59	NC_008101	TTG	4	24650	24660	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773037
60	NC_008101	TTTC	3	25608	25618	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108773037
61	NC_008101	TTGTT	3	25633	25646	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	108773037
62	NC_008101	TTTC	3	27773	27784	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773038
63	NC_008101	AAAT	3	28492	28503	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008101	CTTT	3	28509	28519	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
65	NC_008101	ATTTT	3	28857	28870	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_008101	CTTT	3	28975	28986	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
67	NC_008101	GAA	4	29085	29096	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_008101	AAAT	3	29126	29136	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_008101	TAA	4	29365	29375	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773039
70	NC_008101	GTT	4	29457	29467	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773039
71	NC_008101	CTTT	3	31018	31029	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
72	NC_008101	GAA	4	31079	31090	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_008101	GAA	4	31140	31150	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_008101	GAA	4	31162	31173	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_008101	AATA	3	31262	31272	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_008101	AAAAAC	3	31337	31355	19	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
77	NC_008101	AAAT	3	31480	31490	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_008101	A	16	31772	31787	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_008101	TTTA	3	32758	32768	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773040
80	NC_008101	TTTC	3	33063	33074	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773040
81	NC_008101	AAAT	3	33986	33997	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773040
82	NC_008101	TTTA	3	34112	34123	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_008101	ATTT	3	34374	34385	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_008101	AAAT	3	34400	34411	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_008101	ATA	4	34679	34689	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_008101	AAAG	3	34806	34817	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_008101	CAAA	3	34948	34958	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_008101	AATA	3	34969	34979	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_008101	T	17	35083	35099	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
90	NC_008101	A	23	35219	35241	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_008101	AAAC	3	35697	35708	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
92	NC_008101	CAA	4	36019	36030	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
93	NC_008101	GAA	4	36135	36146	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_008101	TTCTT	3	36580	36594	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	108773042
95	NC_008101	A	14	36635	36648	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_008101	AAAT	3	36919	36930	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_008101	A	12	37049	37060	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_008101	TAAAAA	3	37638	37656	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
99	NC_008101	A	15	37724	37738	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_008101	AAAT	3	37783	37794	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_008101	ATTT	3	38273	38284	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773044
102	NC_008101	CTAAA	4	38857	38875	19	60 %	20 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
103	NC_008101	AAAAT	4	39239	39257	19	80 %	20 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
104	NC_008101	T	13	39607	39619	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_008101	T	12	39683	39694	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008101	CAAA	3	39695	39705	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
107	NC_008101	AATGAT	3	39953	39970	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	126165874
108	NC_008101	AGAA	3	40632	40643	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_008101	TATT	3	40757	40768	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_008101	AAAAT	3	41024	41037	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_008101	AAAAT	3	41404	41417	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_008101	AATA	3	41475	41486	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_008101	A	16	41985	42000	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_008101	AAAAGC	4	42139	42161	23	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	4 %	Non-Coding
115	NC_008101	AAT	4	44262	44273	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773051
116	NC_008101	AAGT	3	44334	44344	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	108773051
117	NC_008101	AGA	4	44424	44435	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108773051
118	NC_008101	AAAT	3	44646	44657	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773051
119	NC_008101	ATTTT	3	44724	44737	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	108773051
120	NC_008101	TTTC	3	45048	45058	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108773051
121	NC_008101	ATTT	3	45703	45714	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773051
122	NC_008101	ACAA	3	46432	46443	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108773051
123	NC_008101	T	12	46478	46489	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	108773051
124	NC_008101	TTTA	3	46823	46834	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773051
125	NC_008101	A	12	46984	46995	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	108773051
126	NC_008101	ACC	4	48863	48874	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	108773051
127	NC_008101	A	12	49496	49507	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_008101	ATTT	3	49560	49570	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_008101	TTTA	3	49641	49651	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_008101	T	16	51492	51507	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
131	NC_008101	AAAC	3	51663	51673	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
132	NC_008101	AAAT	3	51867	51877	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773054
133	NC_008101	GAAAAA	3	52191	52209	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
134	NC_008101	CTTT	3	52237	52247	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
135	NC_008101	TTC	4	52496	52506	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
136	NC_008101	AAAT	3	53128	53139	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
137	NC_008101	AAAC	3	54172	54183	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108773056
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402	NC_008101	TACC	3	154519	154530	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
403	NC_008101	TCGGT	3	155459	155472	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
404	NC_008101	CTTTT	3	156328	156343	16	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
405	NC_008101	AATTTT	3	157068	157086	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
406	NC_008101	A	14	157190	157203	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
407	NC_008101	TCCTC	3	157599	157612	14	0 %	40 %	0 %	60 %	7 %	Non-Coding
408	NC_008101	TTTG	3	159089	159099	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
409	NC_008101	TTTAT	3	159134	159148	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
410	NC_008101	TTTA	5	159151	159169	19	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
411	NC_008101	GAA	4	159311	159322	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
412	NC_008101	GAA	4	159336	159347	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
413	NC_008101	ATTT	3	159383	159394	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
414	NC_008101	ATTT	3	159398	159409	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
415	NC_008101	ATTT	3	159519	159529	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
416	NC_008101	A	12	159538	159549	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
417	NC_008101	TTTAA	3	159761	159775	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
418	NC_008101	TTTA	3	160106	160117	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
419	NC_008101	ACAA	3	160151	160162	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
420	NC_008101	AAAG	3	160472	160482	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
421	NC_008101	TATT	3	160872	160882	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
422	NC_008101	CAG	5	161405	161419	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Scenedesmus obliquus chloroplast