ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Scenedesmus obliquus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008101	TTTA	3	1466	1477	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_008101	ATAA	3	1640	1651	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008101	AAAT	4	1699	1713	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_008101	ATTT	3	1823	1834	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_008101	CTTT	3	1998	2009	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008101	CAAA	3	3586	3596	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
7	NC_008101	AATG	3	4372	4383	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	108773035
8	NC_008101	ATTT	3	4825	4836	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773035
9	NC_008101	TGTT	3	5424	5434	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	108773035
10	NC_008101	AAAT	3	7564	7574	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773035
11	NC_008101	AAAG	3	8240	8250	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108773035
12	NC_008101	AAAG	3	8287	8297	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108773035
13	NC_008101	TGAA	3	9908	9918	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	108773035
14	NC_008101	AAAT	3	11883	11893	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773035
15	NC_008101	GTTT	3	12742	12752	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	108773035
16	NC_008101	TTTC	3	13332	13343	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773035
17	NC_008101	AAAG	3	13945	13956	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108773035
18	NC_008101	CTTT	3	14535	14546	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773035
19	NC_008101	ATTT	5	14601	14619	19	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	108773035
20	NC_008101	TTTG	3	15778	15788	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	196154822
21	NC_008101	GAAT	3	17322	17332	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	196154822
22	NC_008101	AAAG	3	17383	17394	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	196154822
23	NC_008101	TGTT	3	18821	18832	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	196154822
24	NC_008101	TTTG	3	18952	18963	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	196154822
25	NC_008101	TTTG	3	19555	19565	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	196154822
26	NC_008101	TTTG	3	19772	19783	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	196154822
27	NC_008101	TTTG	3	20119	20129	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	196154822
28	NC_008101	TTTG	3	21191	21201	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	196154822
29	NC_008101	ATTT	3	22180	22192	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	196154822
30	NC_008101	AATA	3	22282	22293	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	196154822
31	NC_008101	ATTT	3	23287	23298	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_008101	GTTT	3	23659	23669	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_008101	AAAT	3	23974	23984	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_008101	CAAT	3	24171	24181	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	108773037
35	NC_008101	TTTA	3	24569	24579	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773037
36	NC_008101	AAAT	3	24635	24645	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773037
37	NC_008101	TTTC	3	25608	25618	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108773037
38	NC_008101	TTTC	3	27773	27784	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773038
39	NC_008101	AAAT	3	28492	28503	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008101	CTTT	3	28509	28519	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
41	NC_008101	CTTT	3	28975	28986	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
42	NC_008101	AAAT	3	29126	29136	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_008101	CTTT	3	31018	31029	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
44	NC_008101	AATA	3	31262	31272	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_008101	AAAT	3	31480	31490	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_008101	TTTA	3	32758	32768	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773040
47	NC_008101	TTTC	3	33063	33074	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773040
48	NC_008101	AAAT	3	33986	33997	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773040
49	NC_008101	TTTA	3	34112	34123	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_008101	ATTT	3	34374	34385	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_008101	AAAT	3	34400	34411	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_008101	AAAG	3	34806	34817	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_008101	CAAA	3	34948	34958	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
54	NC_008101	AATA	3	34969	34979	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_008101	AAAC	3	35697	35708	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_008101	AAAT	3	36919	36930	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_008101	AAAT	3	37783	37794	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_008101	ATTT	3	38273	38284	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773044
59	NC_008101	CAAA	3	39695	39705	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
60	NC_008101	AGAA	3	40632	40643	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_008101	TATT	3	40757	40768	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_008101	AATA	3	41475	41486	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_008101	AAGT	3	44334	44344	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	108773051
64	NC_008101	AAAT	3	44646	44657	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773051
65	NC_008101	TTTC	3	45048	45058	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108773051
66	NC_008101	ATTT	3	45703	45714	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773051
67	NC_008101	ACAA	3	46432	46443	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108773051
68	NC_008101	TTTA	3	46823	46834	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773051
69	NC_008101	ATTT	3	49560	49570	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_008101	TTTA	3	49641	49651	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_008101	AAAC	3	51663	51673	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
72	NC_008101	AAAT	3	51867	51877	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773054
73	NC_008101	CTTT	3	52237	52247	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
74	NC_008101	AAAT	3	53128	53139	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_008101	AAAC	3	54172	54183	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108773056
76	NC_008101	ACAA	3	55317	55328	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108773057
77	NC_008101	TTTA	3	56037	56047	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_008101	TTTC	3	56088	56099	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
79	NC_008101	GAAA	3	56105	56116	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_008101	AAAT	3	57207	57217	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_008101	TCTT	3	57279	57289	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
82	NC_008101	AGTA	3	57369	57380	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_008101	ATTT	3	59633	59643	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_008101	AGAA	3	59722	59732	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_008101	TGTT	3	59970	59980	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_008101	TTTA	3	60830	60841	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_008101	GTTT	3	60932	60942	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_008101	AAAT	3	64632	64643	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_008101	ACAA	3	65110	65120	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
90	NC_008101	ATAA	3	65705	65715	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_008101	AGAA	3	66405	66416	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108773067
92	NC_008101	AATA	3	70127	70137	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773067
93	NC_008101	AAAC	3	70197	70208	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108773067
94	NC_008101	TAAA	3	70571	70582	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_008101	TTAA	3	70932	70942	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_008101	AATA	3	71060	71072	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_008101	TTTA	4	71408	71424	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
98	NC_008101	AAAT	3	73009	73019	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_008101	CTTT	3	73410	73420	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
100	NC_008101	TCTT	3	73477	73488	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
101	NC_008101	ATAA	3	73774	73785	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_008101	AAAT	3	74363	74373	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_008101	AAAT	3	74483	74494	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_008101	AAAT	3	74498	74509	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_008101	CAAA	3	74793	74803	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
106	NC_008101	AGCG	3	77824	77834	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
107	NC_008101	CCGA	3	78421	78433	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
108	NC_008101	ATTT	3	80494	80504	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_008101	TTTC	3	82885	82895	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
110	NC_008101	TGAA	4	84396	84411	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_008101	AAAG	3	85009	85019	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_008101	AGAA	3	85077	85087	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_008101	CAAA	3	85139	85150	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
114	NC_008101	TAAA	4	85238	85253	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
115	NC_008101	ATAA	3	87094	87104	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_008101	TAAA	3	87123	87133	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_008101	ATTT	3	87442	87452	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_008101	AAAT	3	87693	87703	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_008101	TAAA	3	87714	87725	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_008101	TTTA	3	89978	89988	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_008101	TTTA	3	90512	90522	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_008101	ATTT	3	90734	90745	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_008101	TTTA	3	91194	91205	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_008101	ATTT	3	92152	92163	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_008101	GTTT	3	92164	92174	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_008101	ATTT	3	94237	94248	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_008101	TTTA	3	94880	94891	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_008101	AAAT	3	95223	95234	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_008101	ATTT	3	95562	95573	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_008101	GTTT	3	95695	95705	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
131	NC_008101	AATA	3	96825	96835	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773080
132	NC_008101	ATTT	3	97382	97392	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_008101	AAAT	3	97398	97409	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_008101	TTTC	3	99340	99350	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
135	NC_008101	ATTT	3	99669	99680	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_008101	ACAT	3	99883	99893	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	108773082
137	NC_008101	TTGT	3	101511	101521	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	108773082
138	NC_008101	ATAA	3	101576	101587	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773082
139	NC_008101	AAAG	3	101732	101743	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108773082
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Scenedesmus obliquus chloroplast