ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Helicosporidium sp. ex Simulium jonesii plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008100	TAAAT	3	70	84	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_008100	T	12	1100	1111	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008100	T	16	2434	2449	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	108773397
4	NC_008100	ATG	4	2822	2833	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773397
5	NC_008100	ATA	4	3790	3801	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773398
6	NC_008100	TATT	5	4259	4277	19	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	108773399
7	NC_008100	AAAT	3	4534	4545	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773399
8	NC_008100	TAA	4	4856	4866	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773399
9	NC_008100	TTA	4	4874	4885	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773399
10	NC_008100	AATT	3	4888	4899	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773399
11	NC_008100	A	12	4959	4970	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	108773399
12	NC_008100	ATTA	3	5064	5075	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773399
13	NC_008100	A	14	5525	5538	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	108773399
14	NC_008100	AAAT	3	5834	5846	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	108773399
15	NC_008100	TTAA	3	5923	5934	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773399
16	NC_008100	GAA	4	6417	6428	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108773399
17	NC_008100	TTTA	3	7280	7290	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773399
18	NC_008100	ATT	4	7448	7458	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773399
19	NC_008100	ATTTTA	3	8476	8499	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773400
20	NC_008100	GAG	4	8908	8919	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	108773400
21	NC_008100	TAG	4	9209	9220	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773400
22	NC_008100	AAAT	3	9226	9236	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773400
23	NC_008100	TA	8	9495	9509	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	108773422
24	NC_008100	ATAAA	3	9753	9767	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	108773422
25	NC_008100	ATA	4	10020	10030	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773422
26	NC_008100	TAAA	3	10085	10096	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773422
27	NC_008100	ATT	4	10652	10663	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773422
28	NC_008100	ATG	4	11815	11826	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773422
29	NC_008100	TA	6	12169	12179	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773422
30	NC_008100	AT	6	12271	12282	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773422
31	NC_008100	TAA	7	12602	12622	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773422
32	NC_008100	TTTA	3	12811	12822	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_008100	TAAA	3	12823	12833	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_008100	TCA	4	13095	13105	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	108773401
35	NC_008100	AAATTA	3	13977	13995	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	108773401
36	NC_008100	ATTT	3	14107	14117	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773401
37	NC_008100	GAAA	3	14168	14178	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108773401
38	NC_008100	TTAAA	3	14834	14847	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	108773403
39	NC_008100	AAAG	3	15205	15216	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108773403
40	NC_008100	ATTC	3	15699	15709	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	108773403
41	NC_008100	TAA	4	15759	15771	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773403
42	NC_008100	AAT	4	15785	15796	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773403
43	NC_008100	TA	6	15830	15841	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773403
44	NC_008100	A	17	15964	15980	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	108773403
45	NC_008100	TTCT	3	17115	17125	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108773403
46	NC_008100	A	12	17424	17435	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	108773403
47	NC_008100	AATT	3	18350	18362	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773403
48	NC_008100	AT	6	18381	18391	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773403
49	NC_008100	TAT	4	22779	22789	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773405
50	NC_008100	TTA	6	22981	22999	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	108773405
51	NC_008100	ATTT	3	23277	23287	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773405
52	NC_008100	TGTT	3	23745	23755	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	108773405
53	NC_008100	TTTAT	3	23835	23848	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	108773405
54	NC_008100	AAT	4	24221	24232	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773405
55	NC_008100	AAAT	3	24438	24449	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773405
56	NC_008100	TTAA	3	24695	24706	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773405
57	NC_008100	TTGT	3	25982	25993	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	108773406
58	NC_008100	TAT	4	26722	26733	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773406
59	NC_008100	AAAT	3	27178	27189	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	108773406
60	NC_008100	AATA	3	27888	27899	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	108773406
61	NC_008100	GAA	4	28086	28098	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	108773406
62	NC_008100	ATTT	4	28124	28139	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	108773406
63	NC_008100	TTTA	3	28214	28224	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773406
64	NC_008100	TTTA	3	28355	28367	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	108773406
65	NC_008100	AAT	4	28412	28422	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773406
66	NC_008100	TTC	4	28807	28818	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773407
67	NC_008100	ATA	4	29286	29296	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773408
68	NC_008100	ATTT	3	29329	29339	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773408
69	NC_008100	TAT	4	29400	29410	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773408
70	NC_008100	TAT	4	29473	29483	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773408
71	NC_008100	GTT	4	29728	29738	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773408
72	NC_008100	T	16	31248	31263	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	108773412
73	NC_008100	TA	6	31513	31523	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773413
74	NC_008100	AAT	4	32387	32399	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773415
75	NC_008100	TTTTA	3	32481	32496	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	108773415
76	NC_008100	AAAT	3	32700	32710	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773415
77	NC_008100	TTTTTA	3	33381	33397	17	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	108773417
78	NC_008100	TAAA	3	33597	33608	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773417
79	NC_008100	CTTTA	3	33620	33633	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	108773417
80	NC_008100	TTCAA	3	34436	34449	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
81	NC_008100	TAAT	4	34616	34631	16	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	108773418
82	NC_008100	CTT	4	34867	34878	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773418
83	NC_008100	TCTTT	3	36034	36047	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	108773419
84	NC_008100	T	12	36273	36284	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	108773419
85	NC_008100	TTAATT	3	36346	36363	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	108773419
86	NC_008100	TA	7	36801	36813	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_008100	ATA	4	36815	36827	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

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All Imperfect Repeats of Helicosporidium sp. ex Simulium jonesii plastid