ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Oltmannsiellopsis viridis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008099	ATT	4	1886	1897	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_008099	TTAA	3	2071	2081	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_008099	A	13	2342	2354	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_008099	ACTA	3	2364	2375	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
5	NC_008099	AATT	3	2513	2524	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773361
6	NC_008099	CTT	4	4026	4036	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
7	NC_008099	TTAT	3	4072	4083	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_008099	TTAA	3	4509	4519	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_008099	GCAA	3	4623	4633	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
10	NC_008099	CTTTT	3	5391	5404	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
11	NC_008099	TTAT	4	6431	6446	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_008099	TAA	4	6928	6938	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_008099	TTTA	3	7137	7148	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773366
14	NC_008099	CTT	4	7691	7701	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
15	NC_008099	AAAAT	3	8054	8069	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_008099	ACAT	3	8076	8086	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
17	NC_008099	AGT	4	9475	9486	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773367
18	NC_008099	ATT	4	10137	10148	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773367
19	NC_008099	CTTT	4	12222	12237	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	108773370
20	NC_008099	C	12	12283	12294	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	108773370
21	NC_008099	AAAG	3	12407	12418	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008099	GTG	4	12746	12756	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	108773371
23	NC_008099	GGTA	3	13194	13204	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	108773371
24	NC_008099	TTA	4	13466	13476	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_008099	C	15	15478	15492	15	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008099	GTT	4	15967	15978	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	108773374
27	NC_008099	GATT	3	18408	18419	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	108773377
28	NC_008099	TTAA	3	19688	19698	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_008099	CAAAA	3	19736	19749	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	108773380
30	NC_008099	C	23	20268	20290	23	0 %	0 %	0 %	100 %	4 %	Non-Coding
31	NC_008099	AAGC	3	20298	20310	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
32	NC_008099	TAT	4	24931	24943	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_008099	TTTC	3	25657	25667	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_008099	TTC	4	25739	25750	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
35	NC_008099	TGT	4	27409	27420	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	108773385
36	NC_008099	TTC	4	27627	27638	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773385
37	NC_008099	TTCT	3	30003	30014	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773385
38	NC_008099	TCTT	4	30300	30314	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	108773385
39	NC_008099	AAAC	3	32692	32702	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	108773385
40	NC_008099	TAAA	3	33887	33897	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773385
41	NC_008099	ATAA	3	34448	34459	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008099	TCT	4	34886	34896	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108773386
43	NC_008099	TTA	4	36797	36807	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_008099	GTAA	3	37580	37590	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	108773388
45	NC_008099	ATG	4	38635	38646	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773389
46	NC_008099	GTG	5	38861	38875	15	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	6 %	108773389
47	NC_008099	CAC	4	39692	39703	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	108773389
48	NC_008099	AAGC	3	40396	40408	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
49	NC_008099	AAGC	3	40830	40842	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
50	NC_008099	CCAT	3	44844	44854	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	108773394
51	NC_008099	ATC	4	45454	45464	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
52	NC_008099	GTTT	3	46552	46563	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	108773395
53	NC_008099	TCGGT	3	48301	48314	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
54	NC_008099	GTTT	3	48754	48765	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_008099	AAGC	3	51427	51439	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
56	NC_008099	AAGC	3	51730	51742	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
57	NC_008099	AAGC	3	55498	55510	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
58	NC_008099	TTCGC	3	55511	55525	15	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	Non-Coding
59	NC_008099	TAT	5	56455	56468	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_008099	AG	6	56632	56643	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_008099	GTT	4	56727	56738	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_008099	GA	6	57015	57026	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_008099	CTTT	3	57117	57127	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_008099	ATTT	3	57135	57145	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_008099	TAAA	3	57160	57170	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_008099	TTTTTA	3	57614	57631	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
67	NC_008099	TAA	5	58772	58786	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	108773307
68	NC_008099	TCT	4	59833	59844	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
69	NC_008099	AAGC	3	60187	60199	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
70	NC_008099	TTA	4	60351	60361	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_008099	AAT	4	60364	60374	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_008099	AACG	3	60585	60596	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
73	NC_008099	CAA	4	62727	62737	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	108773308
74	NC_008099	TTTA	3	63080	63090	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_008099	ATTT	3	63304	63315	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_008099	GCAGT	3	63388	63402	15	20 %	20 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
77	NC_008099	GGGAA	3	65568	65581	14	40 %	0 %	60 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_008099	G	13	66933	66945	13	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008099	AAAT	3	67238	67249	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_008099	ATT	4	71341	71352	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_008099	AAGC	3	71663	71675	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
82	NC_008099	AACA	3	72755	72766	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108773314
83	NC_008099	ACT	4	73015	73026	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	108773314
84	NC_008099	ACCC	3	73802	73813	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
85	NC_008099	CTA	4	75688	75699	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
86	NC_008099	AAGC	3	76116	76128	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
87	NC_008099	GTT	4	77476	77486	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773317
88	NC_008099	AGT	4	78422	78433	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773317
89	NC_008099	ATT	4	78557	78568	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773317
90	NC_008099	TGTT	3	78605	78615	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	108773317
91	NC_008099	CTTT	3	79164	79174	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108773317
92	NC_008099	AAC	4	80795	80806	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	108773317
93	NC_008099	GAA	4	82211	82222	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_008099	ATG	5	82498	82511	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	108773318
95	NC_008099	TTGCT	3	82557	82571	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	108773318
96	NC_008099	CAA	4	83217	83228	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	108773318
97	NC_008099	GATC	3	85007	85017	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	108773318
98	NC_008099	ACCC	3	87062	87073	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	108773319
99	NC_008099	GTTTGT	3	87579	87595	17	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	5 %	108773319
100	NC_008099	CTAA	3	88608	88619	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	108773319
101	NC_008099	TGT	4	88757	88768	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	108773319
102	NC_008099	TAA	4	88920	88932	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773319
103	NC_008099	GACC	3	89152	89162	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	108773319
104	NC_008099	AAAT	3	90385	90396	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_008099	GTT	4	91255	91265	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773320
106	NC_008099	TGT	4	95081	95093	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	108773323
107	NC_008099	AAGCTA	3	95656	95673	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	108773323
108	NC_008099	GT	6	95746	95757	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	108773323
109	NC_008099	GTG	4	95843	95853	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	108773323
110	NC_008099	GGTC	3	97115	97125	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
111	NC_008099	GTT	5	98546	98560	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	108773324
112	NC_008099	AAT	4	98649	98660	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773324
113	NC_008099	GTT	4	99684	99695	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	108773324
114	NC_008099	AAAG	3	99973	99984	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_008099	CCTC	3	100708	100719	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
116	NC_008099	AAGC	3	102009	102021	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
117	NC_008099	TTTGG	3	102661	102674	14	0 %	60 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_008099	TGT	4	105027	105038	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	108773330
119	NC_008099	A	16	105156	105171	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
120	NC_008099	TATT	3	105346	105357	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008099	TAC	4	106088	106099	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	108773331
122	NC_008099	TTGT	3	111894	111905	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	108773335
123	NC_008099	T	13	112153	112165	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008099	AAG	4	112347	112357	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_008099	TCT	5	112379	112393	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
126	NC_008099	ATT	4	113893	113903	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_008099	AAC	4	114348	114359	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	108773336
128	NC_008099	GACC	3	115496	115506	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
129	NC_008099	G	23	118593	118615	23	0 %	0 %	100 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_008099	AATAAA	3	118721	118738	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
131	NC_008099	ATA	4	119084	119094	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_008099	AATA	3	119559	119570	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008099	AAAC	3	122425	122436	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108773342
134	NC_008099	CCA	4	124081	124091	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
135	NC_008099	AT	6	124339	124350	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_008099	GGTT	3	125067	125079	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	108773343
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138	NC_008099	ATT	4	125240	125251	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773343
139	NC_008099	TCT	4	127286	127297	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773344
140	NC_008099	AAAT	3	127638	127648	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_008099	AATA	3	128268	128279	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
142	NC_008099	AC	6	128928	128938	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	108773345
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146	NC_008099	TTCGC	3	134183	134197	15	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	Non-Coding
147	NC_008099	AGGT	3	138140	138151	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
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155	NC_008099	G	13	147398	147410	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
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157	NC_008099	AAGC	3	147662	147674	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
158	NC_008099	TTAC	3	147954	147964	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	108773357
159	NC_008099	T	12	148660	148671	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
160	NC_008099	TAA	4	148737	148747	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
161	NC_008099	TCGGT	3	148887	148900	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	108773358
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163	NC_008099	TATT	4	151083	151097	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
164	NC_008099	TTTA	3	151647	151657	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Oltmannsiellopsis viridis chloroplast